パイロット版（1998年）
ジャンプ・スーパー・アニメツアー'98のイベント内で限定上映された。スタッフは原作者の前作『幽☆遊☆白書』と同じく、阿部記之、北山真理、スタジオぴえろ。同イベントではONEPIECEと世紀末リーダー伝たけし!のアニメも上映されている。OVAは非売品で、応募者全員サービスとして配布された。ゴンのクジラ島から旅立つシーンと船上での戦闘を描いている。
旧アニメ（フジテレビ・日本アニメーション版）
1999年10月16日から2001年3月31日までフジテレビほかで放送（全62話）。
監督は古橋一浩。後藤隆幸によるリアルで肉感的なキャラクターデザインが特徴。劇伴は佐橋俊彦が担当。
日本アニメーションがアニメ事業縮小を行っていたため、実際にアニメーション制作に最も関わったのは制作協力のスタジオディーンである。
その為、現在はスタジオディーン制作と表記される場合もある。
原作者からの「原作で描けなかった部分をアニメで描いて欲しい」という要望により『軍艦島編』が新たに追加されている。
アニメが単行本に追いついてしまい、TV終盤はジャンプ本誌連載分から脚本を起こすという危機的スケジュール進行だったため、誤植がそのままセリフになった部分がある（向かうなら束が良い等）。
当時新進気鋭の若手アニメーターを多く起用している（松島晃など）。休載が続きアニメが原作に追いついてしまったためにテレビ放送は終了した。
緻密な演出や、重厚な画面づくりが特徴であり、特に少数精鋭で制作されたヨークシン編は現在でも評価が高い。
ただし、現在は再放送、ブルーレイ販売、映像配信などの全てのメディア展開が停止されており、レンタルか海外版のDVDを輸入するしか視聴手段がない。
主題歌
オープニングテーマ
「おはよう。」- Keno
「太陽は夜も輝く」- WINO
エンディングテーマ
「風のうた」- 本田美奈子
「Eじゃん -Do You Feel Like I Feel?」- 永井真人
「蛍」- 永井真人
OVA版
旧TVアニメ版の続編。発売元はマーベラスエンターテイメント。
ヨークシンシティ完結編を描いた第1期（4巻8話）、グリードアイランド編を描いた第2期（4巻8話）および第3期（7巻14話）までが発売された。
OVAはそれぞれスタッフと制作協力が異なり、監督は嵯峨敏（第1期）、ユキヒロマツシタ（第2期）、所俊克（第3期1話-4話）、佐藤真人（第3期5話-14話）。
主題歌
オープニングテーマ
「PALE ALE」（第1期）黒沢健一
「Pray」（第2期）Wish*
「Believe In Tomorrow」（第3期）Sunflower's Garden
エンディングテーマ
「Carry On」（第1期）黒沢健一
「POPCORN」（第2期）下川みくに
「もしもこの世界で君と僕が出会えなかったら」（第3期） Sunflower's Garden
新アニメ（日本テレビ・マッドハウス版）
2011年10月から2014年9月までテレビアニメのリメイク版が日本テレビ系列局(NNN加盟30局)で放送された。
スタッフ・キャストは一新され、ストーリーも最初からスタート。
吉松孝博による個性的なキャラクターデザインと、ポップで漫画的な演出が特徴。
劇伴は平野義久(departure!の作曲も担当)。
同局では毎週日曜・午前10時55分からという新たな枠を設けたが、同時ネットはミヤギテレビとくまもと県民テレビだけであり、ほとんどのネット局では深夜アニメとして放送された。結局2013年秋の改編で、日本テレビやくまもと県民テレビ、テレビ宮崎など深夜ではない時間帯に放送していたテレビ局も深夜アニメに移行している。
なお、放送開始時期によって終了時期は前後する。また、本作終了に伴い、深夜アニメが全く放送されない県が出現することになる。さらに言えば、開始当初から深夜アニメとして放送された地域では、3年間深夜アニメとして放送されたことになるが、これは深夜アニメ史上最も長生きしたことになる。
異なる放送局での再アニメ化は過去にもドラえもん、キャプテン翼、遊☆戯☆王などの作品でもあったが、どちらかといえば極めて異例である。
2021年4月期の『EDENS ZERO』が開始されるまでは、日本テレビ制作・系列全30局放送の深夜アニメに約6年半のブランクを置いた。
主題歌
オープニングテーマ
「departure!」- 小野正利
エンディングテーマ
「JUST AWAKE」- Fear, and Loathing in Las Vegas
「HUNTING FOR YOUR DREAM」- GALNERYUS
「REASON」- ゆず
「流れ星キラリ（ゆずバージョン）」- ゆず
「表裏一体」- ゆず
劇場版
初の劇場版として『HUNTER×HUNTER 緋色の幻影(ファントム・ルージュ)』が2013年1月12日公開。第二弾『HUNTER×HUNTER―The LAST MISSION―』が同年12月27日に公開されている。どちらも新TV版と同じマッドハウス制作だが、スタッフは少し異なる。
