概要
東北新幹線のスピ－ドアップに伴い、同区間を東北新幹線車両と併結して走る秋田新幹線「こまち」用に、E5系と同等の320km/hの走行性能を持つ新型車両として導入された。ぶっちゃけE5系の嫁である。2010年に量産先行車（S12）、2012年末に量産車（Z2～）が製造され、2013年3月の運用開始に備える。最終的に2014年春までに7連24編成（含S12編成）が投入され、E3系を置き換える見込み。
エクステリア・性能
先頭形状はE955型「FASTECH360Z」を踏襲した13m級アローライン形状。これと後述のシートピッチ拡大に伴い、定員確保のため7両編成となった。在来線区間での視界性を考慮してヘッドライトは運転台両斜めサイドに配置された。塗装は秋田の風土に根付いてきた赤色をアレンジした「茜色」、E5系との調和を表す「飛雲ホワイト」、高速運転の風の流れを表す「アローシルバー」で構成され、12･16号車のシンボルロゴは小野小町のシルエット、赤のラインで高速走行、シルバーラインで未来とのつながりを表現したものとなっている。
最高速度は東北新幹線区間で320km/h（但しE3系完全置き換えまでは300km/h）、秋田新幹線（奥羽本線）で130km/h。E5系同様車体傾斜装置を搭載し、最大傾斜角度は1.5度。在来線区間では作動しない。パンタグラフもE5系と同タイプの片持ち式シングルアーム形で、防音壁は在来線の車両限界に則した形状のものを装備する。車体の揺れを検知するフルアクティブサスペンションは、E3系の空気式から電気式に変更し全車に搭載。そしてE3系でおなじみの併結装置、新幹線区間で使用するステップもちゃんと装備する。
インテリア
編成あたりの定員はE3系と同じ336名。うちグリーン席は定員22名でシートピッチは1160mm。秋田の伝統工芸がモチーフで、樽岡焼きの釉薬「海鼠釉（なまこゆう）」イメージのブルー、「川連漆器（かわつらしっき）」の漆の茶色、ブナの色合いを配した落ち着きあるもの。全席にモバイルコンセントを装備する。
普通席は従来のE3系が、デビュー当時指定・自由席でピッチを変えていた関係で一部の座席が910mm（485系の普通車と同レベル）となっていたが、E6系では全席980mmに統一され居住性が大幅に上昇。実りを迎えた稲穂イメージの黄金色のモケットで明るい車内を演出する。コンセントは窓側・妻面に面した席に装備する。
11（グリーン車）･12号車に車椅子対応席を用意し、12号車に車椅子対応トイレ、洗面所、多目的室を配置。S12編成では14号車のトイレにあったオストメイト機能は量産車では12号車のトイレに移されている。また、各デッキに防犯カメラも装備されている。
