利点として、野ざらしで積み上げて保管できることはすでに挙げた。これは限られた敷地でもたくさんのコンテナを置いておくことができるということである。しかし、異常気象や地震災害などが発生すると、それらのコンテナが将棋倒しになって、最悪海に流れ出ることがある。実際に、2011年の東日本大震災の時には仙台港の海上コンテナが津波によって流失し、宮城県などの海岸に打ち上げられている。

海上などで事故が起こった場合

もしコンテナ船が輸送中に海難事故が起こると、積まれていたコンテナは崩れ、海へ投げ出されてしまう。投げ出されたコンテナは当然海を漂流する。もし、漂流しているコンテナに気づかずに船が衝突してしまうと、たとえ大型船でも無事では済まされず、最悪沈没してしまうおそれがある。

また、上記と同じく海岸に打ち上げられたり、中身が流失して海を汚してしまうこともある。

コンテナの種類

コンテナには輸送するものや条件、大きさに合わせて様々な種類、規格のコンテナが存在する。

規格

海上コンテナ

コンテナ船を主にして海陸一貫で輸送される国際的な規格のコンテナ。

長さは20フィート(約6m)とその2倍の40フィートが基本。さらに長い45フィートも存在するが、日本国内は道路交通法の規定で通行できない為、港以外で目にすることはまれである。

高さは8フィート6インチ(約2.6m)が標準だが、「ハイ・キューブ・コンテナ」「クンロク」と呼ばれる9フィート6インチ(約2.9m)もある。

近年ではコキ100系（線区限定）・コキ73形のようなクンロク対応可能な鉄道車両も存在するが、さらにその先の道路輸送に難がある。日本の道路の車両限界は大多数がクンロクに対応しておらず、ごく一部の特例区間しか運行できない。日本発着のコンテナの多くはハチロクである。

ドライコンテナと、冷却器を装着したリーファーコンテナが一般的だが、他にも多種多様なコンテナが存在する。

日本の鉄道輸送用コンテナ

JR貨物のコンテナ車に積載できる規格のコンテナ。規格はJR貨物によって定められており、12フィート、20フィート、30フィート(実際には31フィートがほとんど)がある。この規格を超えるコンテナは規格外として扱われ、運用に制約がある場合がある(「コキ50000系積載禁止」など)。

但し現在は当のコキ50000が淘汰されて床面の低いコキ100系以降の形式ばかりなのでこの文言が死文化している。交流電化区間では元々上方向の車両限界を大きく直しており（レール面より4,300mm）この限りでもなかった。

この規格外コンテナには高さ (H)、長さ (L)、幅 (W)、総重量 (G)のいずれかが超えていることを示す菱形のマークが張り付けられており、通称「ハローマーク」と呼ばれている(規格内に収まっているものは黒く塗りつぶされる)。

航空機用コンテナ

飛行機の貨物室などに積載されるコンテナ。機種や搭載箇所に応じて作られる。上記2種ほどの強度は求められないので、ジュラルミンなどで作られている。

その他のコンテナ

これらのほかにも、国内での内航輸送向けの独自規格のコンテナも存在する。

積荷による分類

ドライ・コンテナ(有蓋コンテナ)

日用品や工業品などを積み込んで輸送できる最も代表的なコンテナ。

内部は床以外は内張りすら張られていないので、外気温の影響を受けやすい。完全に密封される(簡単な換気構造を備えたタイプもある)ため、内部で変質したりするので、注意が必要。

ただし、日本の鉄道貨物用コンテナは内貼りが張られている。かつては内貼りがないコンテナもあったが、荷主から「荷物が傷つく!」と苦情が来たためすぐに廃れた。

リーファー・コンテナ(冷凍コンテナ・定温コンテナ)

ドライ・コンテナの次によく使われるコンテナ。生鮮食品や冷凍食品、厳格な温度管理が必要な電子部品や医薬品、美術品などの輸送に使われるコンテナ。

内部は断熱材で覆われている。温度管理にはコンテナに収められている冷凍機が使われ、その電源は外部から得るもの(その場合は供給設備が必要なる)、あらかじめ発電機を積んでいるもの、あるいはその両方を機能を持っているタイプもある。

サーマル・コンテナ(冷蔵コンテナ)

リーファー・コンテナと同様に断熱構造になっているが、冷却機能はないために、あらかじめ保温されたものや、凍結を嫌うものを輸送するために使われるコンテナ。ドライアイスなどを一緒に積んで、冷蔵状態にする場合もある。

ベンチレーター・コンテナ(通風コンテナ)

コンテナ内部が常に換気できるような構造のコンテナ。野菜や果物、樹木などの輸送に使われる。なお、換気口から密輸品が投げ込まれないように開口部は網目の大きさや強度などが厳格に定められている。

タンク・コンテナ

コンテナの規格内に収まるように作られ、ラック状に固定されたタンク。液体や気体の輸送に使われる。

ラック・コンテナ

ドライ・コンテナに積載できないような大型機械、木材、石材、鋼材、小型ボート、各種ケーブルドラムやロール状の鉄板などを積載するため、両側の壁がなく土台となる床のほかに前後の壁または、四隅の柱だけの開放型コンテナ。後述のフラット・コンテナと同様、コンテナの規格からはみ出して積載することもできるが、その場合は制約が大きいので、特別運賃をとられる。

また、最近ではJR貨物用の12フィートコンテナ3個を40フィートサイズのラック・コンテナに搭載できるものも登場している。