このため、緩急車コキフ50000の高速走行時の乗り心地は筆舌尽くし難いほど劣悪であったと言われており、定数削減で余剰となった10000系から空気ばね台車を流用する(51000番台)、あるいはコキフ10000そのものの制動装置を改造し走行性能を揃えたうえで50000系に編入させる(59000番台)など様々な対策が取られた。

改造

国鉄時代

コキフ50000の台車交換(51000番台)

車掌の労働環境改善の為、1979年より余剰となっていたコキ10000やワキ50000・ワキ8000等から空気ばね台車のTR203を供出して交換した。同時にブレーキ装置も変更されている。

TR203の許容負担重量が元のTR223に比べて小さいため、車体中央部のコンテナ緊締装置が一部撤去され、積載能力が5tコンテナで3個、10tコンテナで1個に減っている。

識別の為に原番号に+1000した番号が与えられた。

コキフ10000からの編入改造(59000番台)

コキフ50000の台車交換と並行して余剰となっていたコキフ10000から14両がコキフ50000へ編入された。

改造は種車の電磁ブレーキを撤去して塗装を変えたのみである。

番号は原番号に+49000したものが与えられた。

指令変換弁追加改造(250000番台)

1985年に登場。ブレーキ装置に指令変換弁を追加する改造を施して応答性を上げ、機関車側のブレーキハンドルの操作から実際に作動するまでのタイムラグを短縮させることで空走距離を短縮し、従来編成重量1000tまでであったコンテナ列車を最大で1200tまで引き上げたほか、特定の条件下で最高速度100km/hでの運転に対応させた。

識別の為に原番号に+200000した車番が与えられた。

ただ、100km/hで運転できるのは編成重量が1000tまで、かつ常用減圧促進改造を受けた機関車が牽引する列車に限定されていた。

改造当初は塗装変更されなかったが、民営化後に識別の為に車体色を淡緑色、台車色を灰色に変更されている。

2012年に全廃。

民営化後

車掌室の撤去

民営化直前の1985年に貨物列車への車掌乗務が廃止された為、1987年よりそれまで車掌室が付いていた車両から車掌室を撤去し、通常の貨車とほぼ同様に運用できるよう改造が行われた。

台車を換装していたコキフ51000は、余剰のTR223に再度台車を交換した上で実施された。

番号はコキ50000新製車のラストナンバーから続くものが与えられ、晩年まで使用された。

しかしながら、コキフ51000から車掌室の撤去を行ってもTR223が用意出来ずにTR203のまま残った車両も存在していた。こちらは58000番台とされ、番号も新たに58000から振り直されている。

5tコンテナを4個、10tコンテナを2個までしか積載できない上、TR203自体の整備が煩雑であること、ブレーキパイプから空気バネ用空気の供給を受ける場合の組成制限(同一編成内6両まで)が適用されることから早期に淘汰された。

尚、コキフ10000から改造された59000番台はこれらの改造を受けることなく廃車されている。

電磁自動空気ブレーキ化改造(350000番台)

1988年に登場。コキ10000系と同様に制動装置に応荷重機構のほかに機関車からの操作で作動する電磁弁(CLE方式)を設けて最高速度110km/hでの運転を可能としている。台車もブレーキ周りを変更したTR223Cに換装された。

番号は250000番台と異なり、新たに350000から振り直されている。

識別の為に車体色は黄かん色、台車色は灰色に変更されたが、改造当初は担当した工場によって黄かん色の色合いが異なったり、台車が黒色のまま、文字の色が白色であるなどの差異が生じていた。

しかしながら、振動面で問題が多く、あくまでもコキ100系が出揃うまでのピンチヒッターという立場であったため、充分な数の後継車が揃うと高速運用から外れ徐々に数を減らされた。

後年は首都圏の小輸送に充当されたものの、複雑な制動装置の整備性の悪さが仇となり、2008年に全廃された。

一部は北海道新幹線の工事用貨車に改造転用された。

クールコンテナ対応車(57000番台・57100番台)

1988年に登場した電源集中式の冷凍コンテナに対応する車両。

車体中央に発電機能を備えた電源コンテナ(G30A形及びZG形)を積載する車両(57000番台)と、冷凍コンテナに電気を供給する引き通し線を備えた車両(57100番台)でユニットを組んで使用された。

57000番台に設置された電源コンテナは、自車のほかに前後それぞれ2両、合計5両に載せられた冷凍コンテナに電力を供給する能力があった。

番号もそれぞれ新たに与えられている。

塗色は青20号で、車体側面にCOOL EXPRESSのロゴが入れられていた。

1988年12月に発生した姫川事故で廃車された分を補うべく、1989年に追加で改造が行われている。

後に冷凍コンテナそのものに冷却装置(冷凍機械)とその動力源を内蔵し、単独で使用できる冷凍コンテナが普及し、1996年に事故廃車された車両を除く全車が本来の仕様に復元された。

台車交換

1990年代前半に装備するTR223台車の台車枠に亀裂が生じる事案が頻発し、1993年には羽越本線にて脱線事故が発生する問題が発生した。

これを受け1993～94年に掛けて在籍するコキ50000系列全てに対し、台車枠を強化型であるTR223Fに交換する工事が行われた。

それまではコキ250000、350000といった改造車でのみ塗られていた台車の灰色塗装が、未交換車両との区別の為に塗装されることになった。

2001年には台車からの微振動に起因する荷ズレなどの問題への対策を施したTR223Gへの改造が全車両を対象に行われた。

他用途への改造

チキ900

スライドバンボディシステム(Slide Vanbody System, SVS)の実用化に向けた試作車として1988年に改造された。

スライドバンボディシステムとはトラックの荷台の仮面にそりを設置し、トラックの油圧ウインチでワイヤーを介して荷台だけをスライドさせることで貨車への積替えを行うもので、JR貨物といすゞ自動車との共同開発によって誕生した。

試作車のために試験以外の定期運用に入ることもなく、2000年に廃車。

チキ100

チキ900で得られたデータを元に製作されたスライドバンボディシステムの量産車として5両が1989年に改造された。

運用コストの問題などから実用化されず、苫小牧～相模貨物間の自動車部品輸送用として運用され、1996年に運用を離脱。2000年廃車。

チ50000・チラ50000

北海道新幹線の新在共用区間へロングレールを輸送するためのレール輸送車として、コキ350000から12両が改造された。

JR北海道子会社の北海道ジェイ・アール商事がJR貨物からコキ350000を購入し、JR北海道が商事からリースを受ける形態で運用された。

チ50000は編成両端に連結され、レールの積み下ろし設備を供え、チラ50000は編成中間に連結されてレール積載設備、車両によっては作業用設備を供える。

レール輸送終了に伴い2012年に廃車。

去就

民営化後も長らく主力として使用されていたものの、製造から30年以上が経過し疲労の蓄積が激しかったことや、床面の高さから積載可能なコンテナに制約が存在すること、貨物列車の運転速度が向上して本車では要求を満たせなくなったことから、2008年からコキ100系のコキ107形が量産開始。これに伴いコキ50000形は淘汰が進み、2018年3月のダイヤ改正でJR貨物での定期運用が終了した。

コキ50000のうちトップナンバーで車掌室のない「コキ50000」が埼玉県さいたま市の鉄道博物館に保存された他、コキ51844が陸上自衛隊輸送学校に訓練用教材も兼ねて保存されている。

以上の他にコキ50009が明電舎沼津事業所の敷地内専用鉄道でコキ250000と共に使用されているのが確認されている。