しかし、3人もの主人公を一つの作品で抱え込むのは無理があったようで、 主役交代などストーリー・キャラクターの動向には無茶な点が見られ、現在でも議論が交わされており、日本のアニメでは最も議論が交わされたであろう作品の一つであろう事は想像に難くない。
特に、ガンダムの中でもかなり派手で生々しい世界観・キャラクターの設定や概念を持ち、脚本などで視聴者の間で賛否両論を巻き起こした。
[[コミックボンボン]]と[[ガンダムエース]]にてコミカライズも連載されたが、その中ではアニメ本編のストーリーに基づき、アニメでは描写しきれなかった設定や個々の登場人物の心情等が補完されており、ファンから一定の評価を得ている。

本作品の製作現場は、スタッフが「殺人的なスケジュール」と称する程の、納期的に非常に過酷な代物だったそうで、同じセル画を何度も使い回すなど苦肉の策が多く見て取れた。
また、そのしわ寄せでインパルスガンダムがストライクガンダムになっていたり、ストライクフリーダムガンダムがフリーダムガンダムになっていたり、全50話中4話が回想という異様とも言える事態を引き起こしていた。（後に発売されたDVD・BDでは作画が修正されている。）
バンクシーンの多用は本作の戦闘シーンの評価を下げてしまっている一方で、その後のガンダムシリーズにおいてはその反省を踏まえ、バンクシーンの使用を極力抑える方向で戦闘シーンのクオリティの底上げが成され、一種の転換期となった。

機動戦士ガンダムSEEDに続き、HDデジタルリマスター版が制作され、2013年3月29日よりバンダイチャンネル（日本国内）、YouTube（日本国外）にて第1話を先行配信（以降、毎週金曜日更新）。2013年4月7日よりBS11、同年4月9日よりTOKYO-MXでテレビ放映された。

後半になるにつれ世界情勢は混迷を極め、オーブの連合帰順とジブリール関連での二転三転劇、連合によるデストロイガンダムの大量虐殺、そしてギルバート・デュランダルによるデスティニープランの発動。多数の人間の思惑が絡み合い、戦争は激化していく。
しかし、最終的にはキラとデュランダル個人同士の戦いへと構図が変化し、シンとアスランは一兵士としての描写が増えていった。無論二人にも大きな考えがあり、シンは自分の力で争いの無い平和な世界を実現させようとし、アスランはそんなシンを無意味な戦いから開放しようと必死になって行った。

最終的にデスティニープランを否定したキラが勝利し、キラは勝者の責任を果たすと宣言。ザフト・オーブ両軍に所属し、アスランら仲間達と共に世界を平和へ導く戦いを開始する。
シンは追い詰められていた精神が開放され、長く避けていた、家族が眠るオーブの慰霊碑へとやってくる。己の本当の心境を吐露し、キラからの和解の持ちかけを受け、涙を流す。

こうして物語は終結し、キラ・シン・アスランの三人は新たな戦いに向けて歩みだすのだった。

*劇場版
2006年5月7日の「ソニーミュージックアニメフェスティバル'06」で公表され、製作などが行われている最中であるとされた。監督はTVシリーズと同じく福田己津央が担当することが決定していたが、発表してから続報が全くない状態が続いた。
平井久司や森田繁などの主要スタッフの多くは、他社の作品に参加していた。大河原邦男によると、メカニックデザインはある程度は進んでいたらしい。
その後、『月刊アニメージュ』2008年4月号のインタビューで脚本家の両澤千晶は、企画はまだ無くなっていないと述べたが、その後も続報はなく、2009年3月に機動戦士ガンダム00の劇場版化が公表され、2010年に全国公開されるに至る。（なおサンライズの宮河常務は、『アニメディア』2009年7月号のインタビューにて「映像化を検討中」と延べ、制作決定が検討中にまで大幅後退した事が判明している）

2011年現在、劇場版化のプロジェクトである「"X" plosion GUNDAM SEED」公式HPには、劇場版に関する広報・告知ページは存在しておらず、過去のニュース更新履歴に2006年5月の映画化発表の件が残っているのみである。また公式HPのコピーライト表記が2010年時点では「(C)創通・サンライズ・毎日放送」となっていたが、2011年現在では「(C)創通・サンライズ」となっており、毎日放送との権利・契約関係が解消された事が確認されている。

**プラント/ザフト

[[アーサー・トライン]]（CV:[[高橋広樹]]）

ヴィーノ・デュプレ（CV:[[小田久史]]）
[[ヨウラン・ケント]]（CV:[[杉田智和]]）
ショーン
デイル
マッド・エイブス（CV:[[楠大典]]）
チェン・ジェン・イー（CV:[[泰勇気]]）
バート・ハイム（CV:[[野島健児]]）
マリク・ヤードバーズ（CV:[[諏訪部順一]]）
[[ハイネ・ヴェステンフルス]]（CV:[[西川貴教]]）
[[アビー・ウィンザー]]（CV:[[根谷美智子]]）
[[キングT@KED@]]（CV:[[竹田青滋]]）
グラスコー（CV:[[西前忠久]]）
[[サトー]]（CV:[[山口太郎]]）
サラ（CV:[[山田美穂]]）
ヨアヒム・ラドル（CV:[[高塚正也]]）
[[ヨップ・フォン・アラファス]]（CV:[[吉田尚記]]）

**地球連合軍

イアン・リー（CV:[[西前忠久]]）
ジョゼフ・コープランド（CV:[[楠大典]]）
イサワ
ハラダ
ミラー・ジョーン（CV:[[杉田智和]]）
[[ロード・ジブリール]]（CV:[[堀秀行]]）

**オーブ連合首長国
[[ユウナ・ロマ・セイラン]]（CV:[[野島健児]]）
アマギ（CV:[[千葉進歩]]）
イケヤ
ゴウ
ニシザワ
ウナト・エマ・セイラン（CV:[[松本大]]）
ソガ（CV:[[西前忠久]]）
タツキ・マシマ（CV:西松和彦）
[[トダカ]]（CV:[[一条和矢]]）
ババ（CV:[[花田光]]）

**その他
[[ヒルダ・ハーケン]]（CV:[[根谷美智子]]）
ヘルベルト・フォン・ラインハルト（CV:[[楠大典]]）
マーズ・シメオン（CV:[[諏訪部順一]]）
[[マユ・アスカ]]（CV:[[坂本真綾]]）
コニール・アルメタ（CV:[[笹本優子]]）

その他の登場人物は　⇒　『[[機動戦士ガンダムSEED]]』を参照。

*登場メカニック
本稿ではDESTINYで登場した機体のみを挙げる。
**ザフト
***MS
[[インパルスガンダム]]

[[セイバーガンダム]]
[[デスティニーガンダム]]
[[レジェンドガンダム]]
[[ザクウォーリア]]
[[ザクファントム]]
[[グフイグナイテッド]]
[[ガズウート]]
[[ゲイツR]]
[[バビ]]
[[アッシュ]]
[[ジオグーン]]
***艦船
[[ミネルバ]]
ゴンドワナ

**地球連合軍・ロゴス
***MS
[[カオスガンダム]]
[[アビスガンダム]]
[[ガイアガンダム]]
[[デストロイガンダム]]
[[ダガーL]]
[[ダークダガーL]]
[[ウィンダム]]
[[フォビドゥンヴォーテクス]]
[[エグザス]]
[[ザムザザー]]
[[ゲルズゲー]]
[[ユークリッド]]
ペルグランデ

***艦船
[[ガーティ・ルー]]

**オーブ・クライン派
[[ムラサメ]]

[[ドムトルーパー]]
[[アカツキ>アカツキガンダム]]
[[ストライクフリーダムガンダム]]
[[インフィニットジャスティスガンダム]]

***艦船
タケミカズチ
[[アークエンジェル]]

*専門用語
-ユニウス条約
前大戦終結の折に制定された条約。
ミラージュコロイド、ニュートロンジャマーキャンセラー（NJC）の使用禁止、モビルスーツの保有数制限といった軍事行動に対する制限が加えられている。

-セカンドステージシリーズ
C.E.73年代にてザフトで同時期に開発された5種のモビルスーツ、およびそれに関連した機体の総称。
ユニウス条約においてNJCの使用が禁止されており、NJCの代わりとなる動力の補助機関として「デュートリオンビーム送電システム」が新たに採用されている。また、電力消費を抑える試みとして「ヴァリアブルフェイズシフト装甲（VPS装甲）」を採用している。
同条約において保有できる機体数の制限も布かれており、本シリーズは可変モビルスーツあるいは「モビルスーツとしても運用できる3機の航空機・航宙機」と言った機体を有する。

-ヴァリアブルフェイズシフト装甲
連合軍で開発されたフェイズシフト装甲（PS装甲）を発展させた装甲。
装甲に流すエネルギー配分を最適化する事で電力消費を抑えられる特徴を持つ。これによって元々バッテリーで駆動する稼働時間が短いモビルスーツへの搭載で問題視されていたPS装甲の電力消費の調整が可能になった。
また、電力を調整する事でPS装甲の強度も変える事も可能であり、インパルスガンダムはシルエットの換装と同時に装甲色が変わる仕様が導入されている他、これを逆手に取って搭乗者のパーソナルカラーをVPS装甲で再現するといった応用も成されている。

-デュートリオンビーム送電システム
セカンドステージシリーズの最大の特徴とも言える最新技術。
出撃後、戦闘が長期化するなどの状況において、モビルスーツが帰還することなくバッテリー電力を回復する事が可能となる。エネルギー送信機能を有する戦艦との連携によってその機能を生かす事が出来る。
このシステムを運用する上で、モビルスーツ側にも独自のOSが採用されている。
だが、供給可能なのは電力のみであり、弾薬や推進剤を供給する事は出来ない。いわば一時的に再稼働できるようにするだけであり、機体を出撃時と同等の状態に戻す訳ではない。

-ロゴス
ブルーコスモス盟主を含む10人の幹部で構成される軍需産業複合体。
詳細は[[ロゴス]]を参照。

-デスティニープラン
ギルバート・デュランダルが提唱する、遺伝子情報からその人間の適切な社会的役割を見出すことで人類社会の効率化を図る政策。
その発足は彼が研究者時代に提唱した計画書にまで遡るが、その詳細は不明。

-**各話リスト
話数 サブタイトル
PHASE-1 怒れる瞳
PHASE-2 戦いを呼ぶもの
PHASE-3 予兆の砲火
PHASE-4 星屑の戦場
PHASE-5 癒えぬ傷痕
PHASE-6 世界の終わる時
PHASE-7 混迷の大地
PHASE-8 ジャンクション
PHASE-9 驕れる牙
PHASE-10 父の呪縛
PHASE-11 選びし道
PHASE-12 血に染まる海
PHASE-13 よみがえる翼
PHASE-14 明日への出航
PHASE-15 戦場への帰還
特別編 EDITED
PHASE-16 インド洋の死闘
PHASE-17 戦士の条件
PHASE-18 ローエングリンを討て!
PHASE-19 見えない真実
PHASE-20 PAST
PHASE-21 さまよう眸（ひとみ）
PHASE-22 蒼天の剣
PHASE-23 戦火の蔭
PHASE-24 すれ違う視線
PHASE-25 罪の在処（ありか）
PHASE-26 約束
PHASE-27 届かぬ想い
PHASE-28 残る命 散る命
PHASE-29 FATES
PHASE-30 刹那の夢
PHASE-31 明けない夜
PHASE-32 ステラ
PHASE-33 示される世界
PHASE-34 悪夢
PHASE-35 混沌の先に
PHASE-36 アスラン脱走
PHASE-37 雷鳴の闇
PHASE-38 新しき旗
PHASE-39 天空のキラ
PHASE-40 黄金の意志
PHASE-41 リフレイン
PHASE-42 自由と正義と
PHASE-43 反撃の声
PHASE-44 二人のラクス
PHASE-45 変革の序曲
PHASE-46 真実の歌
PHASE-47 ミーア
PHASE-48 新世界へ
PHASE-49 レイ
PINAL PHASE 最後の力
FINAL PLUS 選ばれた未来

[[ガンダムSEEDDESTINY]]　[[種運命]]　[[種死]]

*シリーズ
[[機動戦士ガンダムSEED]]←　　→[[機動戦士ガンダム00]]