劇場版独自のものだが、原作者の青山剛昌氏が毎回映画製作に参加している。
クライマックスなどの重要なシーンの原画の作成が主だが、しばしばゲストキャラクターのデザインや脚本の監修等も担当している。

それゆえか、原作からは独立したエピソードを描くことが多い一般的な劇場版アニメに比べ「劇場版で新設定が登場し、それがその後の原作・テレビシリーズに逆輸入され定着する」ケースが目立つ。劇場版で初登場した後に原作やテレビシリーズにも登場した人物も複数存在している。
他にも、劇場版同士の内容に繋がりがあるパターン（特に怪盗キッド関係）や、過去作品との繫がりがセリフで描写されるパターンなどもあり、原作『名探偵コナン』の世界観構築に大きな役割を果たしている。

原作との繋がり

特に94巻以降のエピソードからは、原作でも劇場版を意識した描写が随所に見られるようになっている。
逆輸入されたキャラクターについては上記参照。

『14番目の標的』では目暮警部や白鳥警部の下の名前、毛利小五郎と妃英理が別居に至った理由などの重要な設定が作られ、後の原作にも引き継がれている。
『異次元の狙撃手』でオープンしたベルツリータワーは、後の原作やアニメオリジナルエピソードにも登場している。ただし、元ネタに合わせてか高さが635mから634mに1m縮んでしまった。
94～95巻収録の修学旅行編は明確に『から紅の恋歌』の後日談として扱われており、主要人物が大岡紅葉や伊織無我と面識がある状態で物語が進む。
96巻収録の「キッドvs高明狙われた唇」で、服部平次が『世紀末の魔術師』でキッドが大阪に出没した件について言及している。
101巻収録の「怪盗キッドVS安室（仮）」で、榎本梓が以前安室透と一緒にいた事がきっかけで炎上したことがあると仄めかしているが、これは『ゼロの執行人』内での同様の描写を意識したものと思われる。
102巻収録の「群馬・長野県境殺人事件（仮）」では、大和敢助と上原由衣が「同じく両県境を跨いで死体が発見されたケースを含む連続殺人事件の捜査中」に山村ミサオに会ったことがあると話している。

また、原作の今後の展開に対する伏線のような描写が描かれることもある。

『異次元の狙撃手』では、原作に先駆けて沖矢昴の正体が（声（リンク先ネタバレ注意）だけとはいえ）明かされた。
『純黒の悪夢』では、ラムの喋り方が判明。ただし、原作のラムの喋り方は確かに劇場版と同じなのだが、ラムが現在化けている姿（リンク先ネタバレ注意）の印象とはかなり異なるため、この描写だけでラムの正体を推理することは難しい。
『緋色の弾丸』では、赤井秀一がメアリー世良の正体に気付いたかのような描写がある。（元々赤井は原作の時点で既に予測はしていたが「実際に会うまでは信じられない」としていた）

登場人物

全作品に渡って登場しているのは江戸川コナン（工藤新一）、毛利蘭、毛利小五郎、阿笠博士、少年探偵団（吉田歩美・小嶋元太・円谷光彦）、鈴木園子であり、コナンと新一を同一人物とカウントすると計8名である。これに加えて『世紀末の魔術師』以降の全作品に登場する灰原哀、そして警視庁の面々（目暮十三・白鳥任三郎・高木渉・佐藤美和子・千葉和伸）が劇場版のレギュラーキャラクターとなる。

作品によっては服部平次、遠山和葉、怪盗キッド、世良真純、安室透、京極真、赤井秀一を含むFBI、黒の組織などの重要キャラクターも登場し、メインを張ることもある。『絶海の探偵』以降は先述の人物のうち誰かは必ず登場する体制が続いている。

上記のように、劇場版オリジナルキャラクターが後に原作・テレビアニメに逆輸入されることもあり、白鳥、栗山緑、綾小路文麿、風見裕也などが該当する。

構成

オープニングではおなじみのメインテーマ曲をバックに第1話のダイジェスト（流用ではなく新規収録、さらに映画毎の演出などが加わる）が流れ、工藤新一が江戸川コナンになった経緯と彼の周辺人物や登場する原作キャラ、博士の秘密メカなどがコナンによって説明・紹介される。

エンディングでは本編に関係するもしくは参考にした実在の場所の実写映像が流れる。歌詞テロップも付いている。テレビアニメのEDのようなダイジェストを実写映像の合間に流していたが、『絶海の探偵』以降は主に本編の後日談を流している。
そして曲が終わった後にはエピローグがあり、基本的にはコメディタッチで締め括られる（例外は『水平線上の陰謀』『漆黒の追跡者』『純黒の悪夢』など）。

また最後には翌年のストーリーのヒントとなる映像が流れる。

クライマックスではメインテーマに歌詞をつけた挿入歌『キミがいれば』が処刑用BGMとして使われることがある。第1～4作までは連続して使用され、それ以降も不定期に使用されている。

演出面

映画という媒体から、従来のテレビシリーズと比べて主に以下のような特徴が見受けられる。

連続殺人や爆破事件といった大規模な事件が主体。
爆破シーンやハリウッド映画レベルの現実離れしたアクションなど、派手な演出が多く発生する。
原作やテレビシリーズでは共演することが少ない、接点の少ないレギュラーメンバー同士が一堂に勢揃いする。
「ターボエンジン付きスケートボード」、「伸縮サスペンダー」、「どこでもボール射出ベルト」など本編では登場シーンが限られた秘密メカの出番が多く、原作にはない改良が加えられていることも多い。
原作やテレビシリーズでは基本的に眠りの小五郎による推理ショーによって事件は解決されるが、映画では殆ど行われず、コナン自らが姿を見せた状態で、限られた相手だけに推理を披露する場面が多い。
アクションや特定キャタクターの深掘りに重きを置いた結果「真犯人を捜し当てる」「過去の事件の真相を暴く」といったミステリーの本筋が浅くなる事もしばしばある。

劇場版恒例として阿笠博士のダジャレによるクイズが名物にもなっている。たまに違う人物が出題者となる事もある。

ゲスト声優

第5作頃から小学館が発刊している子供向け雑誌などで小学生対象のアフレコ体験者が公募されている。
また初期にもコメディアンが一般市民役で出演するケースはあったが、第13作からは芸能人のゲスト出演を強く宣伝するようになり、メインだったり犯人役だったりと重要な役を演じる作品もある。

主題歌

テレビアニメと同様、第1作ではポリドール（後にユニバーサルミュージックに吸収）、第2作から第15作まではビーイング所属のアーティストが起用されており、その関係でB'z、ZARD、倉木麻衣等同じアーティストを複数の作品で起用することもよくあった。

第16作以降はビーイング以外のアーティストをメインに起用するようになっている。これらの楽曲も映画主題歌ベストには収録されるが、ビーイング系に限定されたテレビアニメ主題歌集には収録されない。

作品リスト

タイトルは『名探偵コナン ○○の△△』で統一されている。外語読みは「△△」部分がほとんど。

No.	副題	監督	脚本	公開日	備考
1	時計じかけの摩天楼	こだま兼嗣	古内一成	1997年4月19日	※1
2	14番目の標的（ターゲット）	こだま兼嗣	古内一成	1998年4月18日	※2
3	世紀末の魔術師	こだま兼嗣	古内一成	1999年4月17日
4	瞳の中の暗殺者	こだま兼嗣	古内一成	2000年4月22日
5	天国へのカウントダウン	こだま兼嗣	古内一成	2001年4月21日
6	ベイカー街（ストリート）の亡霊	こだま兼嗣	野沢尚	2002年4月20日
7	迷宮の十字路（クロスロード）	こだま兼嗣	古内一成	2003年4月19日
8	銀翼の奇術師（マジシャン）	山本泰一郎	古内一成	2004年4月17日
9	水平線上の陰謀（ストラテジー）	山本泰一郎	古内一成	2005年4月9日
10	探偵たちの鎮魂歌（レクイエム）	山本泰一郎	柏原寛司	2006年4月15日
11	紺碧の棺（ジョリー・ロジャー）	山本泰一郎	柏原寛司	2007年4月21日
12	戦慄の楽譜（フルスコア）	山本泰一郎	古内一成	2008年4月19日
13	漆黒の追跡者（チェイサー）	山本泰一郎	古内一成	2009年4月18日
14	天空の難破船（ロスト・シップ）	山本泰一郎	古内一成	2010年4月17日
15	沈黙の15分（クォーター）	静野孔文	古内一成	2011年4月16日
16	11人目のストライカー	静野孔文	古内一成	2012年4月14日
17	絶海の探偵（プライベート・アイ）	静野孔文	櫻井武晴	2013年4月20日
18	異次元の狙撃手（スナイパー）	静野孔文	古内一成	2014年4月19日
19	業火の向日葵	静野孔文	櫻井武晴	2015年4月18日
20	純黒の悪夢（ナイトメア）	静野孔文	櫻井武晴	2016年4月16日
21	から紅の恋歌（ラブレター）	静野孔文	大倉崇裕	2017年4月15日
22	ゼロの執行人	立川譲	櫻井武晴	2018年4月13日
23	紺青の拳（フィスト）	永岡智佳	大倉崇裕	2019年4月12日
24	緋色の弾丸	永岡智佳	櫻井武晴	2021年4月16日	※3
25	ハロウィンの花嫁	満仲勧	大倉崇裕	2022年4月15日	※4
26	黒鉄の魚影（サブマリン）	立川譲	櫻井武晴	2023年4月14日

※1：関東およびその他の地域での公開日。一作目ということもあり東京都での反応を見るために、あえて関西などの一部地域は1週間後の4月26日に公開日をずらしている。
※2：読売テレビ開局40周年・日本テレビ開局45周年記念作品。以降、5年ごとに周年記念として製作されている。
※3：当初は2020年4月17日公開予定であったが、新型コロナウイルスの感染拡大により中止・延期となった。
※4：作中の季節に合わせ、同年10月28日〜11月7日に再上映が行われた。

番外・スピンオフ

ルパン三世VS名探偵コナン THE MOVIE

2013年12月7日公開。テレビスペシャル『ルパン三世VS名探偵コナン』に続くコラボ作品。
『コナン』側の一部キャラは先にこちらで劇場版デビューしている。

名探偵コナン緋色の不在証明

2021年2月11日公開。
『緋色の弾丸』に先駆け、赤井家が登場したエピソードを振り返る特別総集編。

名探偵コナン灰原哀物語～黒鉄のミステリートレイン～

2023年1月6日公開。
『黒鉄の魚影』に先駆け、長編「漆黒の特急シリーズ」を軸に灰原哀の過去に迫る特別総集編。

余談

タイトルの読み方

上記の通りタイトルが「表記は日本語、読みは外語」部分を含むケースが多いことで有名。第2作の「標的（ターゲット）」を皮切りに「十字路（クロスロード）」「陰謀（ストラテジー）」や、果てには「棺（ジョリー・ロジャー）」などという力技も。
無論専売特許ではなく最近は頻度がやや減少傾向ではあるものの、本シリーズが特に有名で印象深いためか、このようなルビの振り方をした作品タイトル、例えば近年だと『仮面ライダーセイバー深罪の三重奏』（しんざいのトリオ）が「コナンの映画っぽい」とネタにされることもしばしば。

黒ずくめの組織とタイトルの法則

組織が登場するのは『天国へのカウントダウン』『漆黒の追跡者』『純黒の悪夢』『黒鉄の魚影』だが、『漆黒の追跡者』以降はタイトルに「黒」の字が入っている（『天国へのカウントダウン』ではジンとウォッカしか登場しない）。

鑑賞行為の俗称

また最新作を映画館で鑑賞したことを二字熟語で表現するのが一部で流行っており、公開が近づくと鈴木園子役の松井菜桜子女史も毎年Twitterのアカウント名に入れていたり、一部は公式キャンペーンでも使われている。

『ゼロの執行人』	執行
『紺青の拳』	出国	日本国外が舞台であることから
『緋色の弾丸』	被弾
『ハロウィンの花嫁』	参列	「花嫁」や「結婚式」からの連想
『黒鉄のミステリートレイン』	乗車	某列車映画で使用例あり
『黒鉄の魚影』	潜航/潜水	「サブマリン」＝「潜水艦」からの連想