選べる妹は、一人だけ。
えらべるいもうとはひとりだけ
妹の為に剣を取るか。
妹を照らす光となるか。
選べる概要は、一つだけ。
サクラは主人公カムイの生まれた白夜王国王家での、エリーゼは主人公が連れてこられた暗夜王国王家での妹であり、敵対する両国の間で主人公はどちらの国の下につくか、決断を迫られることになる。
白夜王国・暗夜王国の2つに分岐していく物語を象徴するワード、「選べる道は、一つだけ。」
その道を選ぶということは、同時にどちらの妹とともにその道を歩み、もう一方の妹を裏切るかという苦渋の選択でもあるともいえる。ちなみにどちらとも結婚可能である。もう一度言おう。どちらとも結婚可能である。
白夜王国の妹王女
サクラ「兄さま！」
暗夜王国の妹王女
エリーゼ「お兄ちゃんっ！」
貴方はどちらの妹と共に歩み、
どちらの妹を裏切るか…
両ルートとも最初はエリーゼがサクラに嫉妬心を露にするが程なくして打ち解けている。
第3のルートのストーリー中でも仲良くしている描写が多く、同じ立場にある王子王女の中では唯一お互いを名前で呼び合っている(サクラはエリーゼに対してさん付けで、エリーゼはサクラに対しては呼び捨て)。
倒れた虹の賢者を2人して回復させようとしたり、エンディングムービーで手を取り合って喜び2人でカムイの手を取ってきょうだいたちのもとへ連れて行ったりもする。
支援会話ではサクラにバイオリンの演奏を聴かせ、サクラが琴を演奏できると聞いてエリーゼが町中を捜し、バイオリンと琴の合奏をしたりするなど、仲睦まじい様子が描かれている。
なおこの合奏がどういう曲なのかはその描写がないため不明だったが、後に発売されたサントラに「ENISHI ～サクラとエリーゼのために～」のタイトルで収録されている。
DLC「絆の暗夜祭」では、白夜・暗夜両国に咲いている花について語り合い、もっと話をするためにお泊り会をしようという約束をするなどここでも仲のいい様子を見せている。
二人とも軍の中では癒し要素的存在であるため、二人が仲良くしている光景はまさに天使が二人である。
なお本作発売前に秋葉原駅に貼られたポスターのキャッチコピーが「巫女か、魔法少女か。」だったことがシリーズ25周年記念本『メイキング オブ ファイアーエムブレム』の中で語られており、公式でも妹の二択は意識されていたようだ。
ちなみにカムイとアクアがそれぞれ誘拐されたとき、サクラはまだ物心つかない年でエリーゼはまだ生まれていなかったことから、サクラが少し年上と思われる。
実はカムイにはもうひとり妹がいる（リンク先ネタバレ注意）のだがここでは深く触れないでおく。
選べる関連動画は、一つだけ。
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妹戦争(意味はほぼ同じである)