デンシャロイド2の撃破後に亜空間から転送されて来たデンシャゾード2を目掛け、エンターは「マジェスティのお気が召せば良いのですが…」とぼやきながら「06」のメサイアカードを投擲。カードがデンシャゾード2に寄生すると共に近くのエネトロンタンクからエネトロンを吸引すると、上記の台詞を第一声にメガゾードロイドは誕生した。

イエロー「えっ？メガゾードでメタロイド…？」

ウサダ「どっちなの～！？」

そう困惑するイエローとウサダを他所に、メガゾードロイドとゴーバスターオーの間に緊張が走る。だが、直ぐにメガゾードロイドは《出発！進行～！》と言って自らを電車形態に変形させると、そのまま空の彼方へと消えてしまう。

その後、メガゾードロイドは電車形態のまま落ち込んだ人間達の前に現れては次々と拉致して行く。

仕事にミスし、会社に戻りたくない男性会社員の前に現れては《『意気地無し』～、『意気地無し』に停まりま～す》と言うアナウンスと共に連れ攫い、続いてサッカーボールを蹴り損ね、転んで泣き出した少年の前には《『弱虫』～、『弱虫』に停まりま～す》、甘い物断ちしようとするも、結局我慢出来ずにケーキを食べてしまった女性の前には《『根性無し』～、『根性無し』に停まりま～す》と、それぞれ相手の心を抉る様なアナウンスと共に無理矢理乗車させては空の彼方へ消えて行く。

そんな様子を観察するゴーバスターズだったが、「どうせ勉強したって無駄」と言う塾通いの男子学生の前に《『後ろ向き』～、『後ろ向き』に停まりま～す》と言って現れ、拉致しようとした所へヨーコが救出に駆け付ける。が、結局ヨーコ諸共連れ攫われてしまった。残る2人が駆け付けた時には時すでに遅し。連絡しようとするも、外部からの通信は遮断されて全く通じない。

一方、敵の体内では……

メガゾードロイド《ご乗車真に有り難うございます。この列車はお客様の『弱気なデータ』を集めております。ご協力下さい。》

……と言うアナウンスが流れていた。無理矢理にでもドアをこじ開けようとするヨーコだが当然開かない。連絡しようにも通信は途絶し、変身も出来ず、完全に八方塞がりであった。必死に出ようとする学生とヨーコに対して「無駄だよ……もう出れないよ……」と最初に乗せられたサラリーマンが言い出したために、学生も遂に心折れてそのまま弱気のデータを搾取させられる。

その様子をエンターが傍観している頃、特命部では攫われた人間達が皆落ち込んだり気弱な事を突き止めており、その上で中へ乗り込み動力部を叩いて動かなくする作戦を立てていた。その一環として仲村を囮に体内に潜入させようとする特命部だったが、メガゾードロイドも馬鹿では無く、《この駅通過致します》と言って無情にも素通りするだけであった。

だがその一方でヨーコが車内に囚われた人々を励ましたお陰で、彼等から弱気の心が消え始める。するとメガゾードロイドは《車内で前向きになるのはお止め下さい。従って頂けない場合、大変酷い目に遭って頂くのでご了承下さい。》と言うアナウンスと共に自身の体内にバグラーを召喚するも、自身も列車形態を解除して元の姿に戻って動きを止めていた為、その隙を突かれてバスターヘラクレスの伸ばしたクレーンで首元を掴まれ、そのままレッドとブルーの侵入を許してしまう。《駆け込み乗車はお止め下さ～い！》と言って体を横に揺らして抵抗し、そのまま両腕のブレードでバスターヘラクレスを攻撃するが、これも防がれてしまったため、再び列車形態になってメガゾードロイドは逃走する。

一方、車内に侵入したレッドは妨害に現れたエンターと車外へ、同じくブルーも妨害に現れたエスケイプと動力室でそれぞれ交戦。

お互いにパワードカスタムと強化形態で激戦を繰り広げるが、バグラーを蹴散らして動力室に駆け付けたイエローバスターパワードカスタムに動力源を破壊され、《ご乗車、ありがとうございました……》というアナウンスと共に機能停止してその場に倒れ込んでしまう。

その隙に乗車させられていた人々は全員救出されて逃走するが、直後にメサイアの人格がメガゾードロイドの中から出現しようとした為、そうはさせまいとバスターヘラクレスが繰り出したヘラクレスクライシスを受けてメガゾードロイドは爆散した。

しかし、メガゾードロイドが集めていたのは実は「人間の弱気のデータ」だけではなく、「弱さから立ち上がる人間の強さ」も含まれていたのだ。自身の体内に寄生していたタイプδの出現と共に、先述の人間の強さのデータから更なる進化を遂げた「06」のカードはδと融合。エスケイプ専用のメガゾードζへと変貌を遂げてしまう。だが、成長したてで不安定だったため、エンターに促されてそのまま退散。

メサイアとの最終決戦へ向け、新たな脅威の誕生の前にタテガミライオーとバスターヘラクレスは只呆然と立ち尽くすばかりであった……。