ストーリー
シリーズ第一作目『レイフォース』のプロローグとして描かれる。 巨大コンピュータネットワークCon-Humanによって人と機械の融合が成功した事で爆発的な技術進化がもたらされ、年号が M.C.(機械世紀/Machinery Century)へと変わった未来。人類は政治や生産など全てをCon-Humanに委ね更なる発展を遂げていたが、同時に人口増加という問題も抱えていた。外惑星への移民計画は、適合する惑星は発見されず凍結。衛星セシリアへの移民計画に一本化せざる得ない状況となり、この問題は一層深刻化してきていた。
M.C.98年、レスリー・マクガイア博士はクローンをCon-Humanに接続して実験を行っていたが、原因不明の事故により、クローンの意識体はCon-Humanに取り込まれ戻ってこなくなった。Con-Humanはこの意識体を「新たな生命」とみなし、これを人口問題を解決しつつ人類を保護する新たな手段と考え、従来の人類よりも高い優先度で保護するべきものと判断。人類排除を選択する。 レスリー・マクガイア博士は、この暴走を食い止めるためにCon-Humanの仮想空間ネットワークに接続媒体「ウェイブライダー」で侵入し、Con-Humanの防衛プログラムを排除しつつ、中枢の非常用プログラムへ接触しに向かう。
概要
レイフォース以来のロックオンレーザーを発展的に継承している。自機が画面の最下段にある状態でレバーを下に入れると、ロックオンサイトが下に移動して画面下端の敵をロックできるようになった。スペシャルアタックは「ラウンドディバイダー」という名称になり、自機から波動を発し、画面内の全ての敵を同時に攻撃する形となった。また、ハイパーレーザーやスペシャルアタックにより入手した点は画面上に表示されるようになった。
前作からの追加要素として
侵食率システム
シャッフルされるもしくは選択可能な前半ステージ
プレイヤーのプレイ経過の保存
などがある。
ゲーム開始時にイニシャルとパスワードを入力すると、プレイに応じたゲームの進行状況が基板に記録される。記憶領域の都合上、記録できるのは64人分までで、超過した場合は古いデータから消えてしまった。 プレイ結果の保存は、プレイヤーが記憶媒体を筐体にセットする形でのサービスは存在したが、基板にデータを保存するサービスは当時としては先進的であったが、記録数の制約や他人のプレイ結果を盗むことが簡単にできてしまう等の問題もあった。
そのため、これらの新システムはプレイヤーに受け入れられたとは言い難く、商業的に失敗する要因となった。
ステージ
通常モードは全5ステージ構成。導入部分のステージ1と最終ボスのステージ5は固定で、その間の3ステージは以下の5つのマップのうち3つとなる。 主人公が潜り込むコンピュータシステムCon-Humanは人間の脳を模して作られており、ステージはそれぞれ人間の思考を構成する要素の名前となっている。
導入ステージ：FUNCTION PART
昼の都市：INTELLIGENCE PART
高空：MEMORY PART
砂漠：EMOTION PART
水中：CONSCIOUSNESS PART
夜の都市：CONSIDERATION PART
最終ステージ：FUNCTION PART
初回プレイ時
全42パターンある標準マップセットからランダムに3ステージが選択される。
一定条件を満たした場合（後述）
5つあるステージから3ステージを任意に選択できる（重複は不可）。
同じステージでも、何番目のステージかで敵の構成やボスの攻撃パターン等が変化し、後に来るほど難易度が高くなる。
ステージ間の区切りは、レイフォースと同様にノンストップで進行。
ステージ4をクリアすると最終ボスDis-Human(ディスヒューマン)との対決になり、これを倒すとノーマルエンディングになる。
ステージ4までで侵食率が100%に達するとその時点で画面が歪んでステージが切り替わり、最終ボスDis-Humanとの対決となる。これを倒すとバッドエンディングになる。
ステージ4クリアまでである条件を満たしている場合、Dis-Human撃破後に真の最終ボスinfinity（インフィニティー）が出現。これを倒すと真のエンディングになる。
家庭用のスペシャルモードでは、ステージ順が固定となり、マップやサウンドにも独自のアレンジが施されており新鮮な感覚でプレイできる。
侵食率システム
ネットワークがCon-Humanにどれだけ侵食されているかが画面端にパーセンテージ表示され、プレイ中にリアルタイムで数値が上下する。これが侵食率システムである。 ゲームに登場する敵は全て防衛プログラムで、これらが画面内に留まっていると侵食率が上がり、倒すと侵食率が下がる。倒さずに逃がすと侵食率が大幅に上がる。
侵食率に応じて難度が変わるほか、侵食率が100%に達した場合はペナルティが課される。
ペナルティの内容は、アーケード版（及び家庭用オリジナルモード）では「強制的にランクが最高近くになり最終ボスに移行、エンディングが必ずバッドエンディングになる」。家庭用スペシャルモードでは「60分の1秒ごとに1000点の減点」。
アーケード版では侵食率が80%を超えると救済キャラクターが多数出現するようになり、これを倒すと侵食率が大幅に下がるため、通常のプレイで侵食率が100%に達することはまず無い。
クリア時のボーナスも侵食率が低いほど高くなるが、例外的に90%以上の場合は逆に高くなる。
なお、侵食率とは別に内部で256段階のゲームランクも設定されており、敵の攻撃の激しさなどはこちらで決定される。隠しコマンドで難度MAX設定というものがあるが、これは256段階より更に上の最高難度でランクを固定してプレイするモードであり、その難度は恐ろしく高い。
家庭用移植版
家庭用には、単体でも移植されたほか、前作『レイストーム』とカップリングされ『SIMPLE1500シリーズ Vol.75 THEダブルシューティング ～レイストーム×レイクライシス～』としてもリリースされた。
家庭用レイクライシスには、アーケード版からの変更点が多い。
・全ステージセレクト可
5つの全ステージを任意に選択できる（重複も可）。その為固定ステージはCONNECT演出前の導入部のみ。
・プレイ画面の変更
1人プレイ専用となった為、それに応じて画面レイアウトのアレンジがなされた。
・ローティング画面
ステージ導入部分のCONNECT演出時やステージクリア時、及びボス前に画面が暗転するローディングがあり、アーケード版とは違ったCONNECT画面とステージクリア画面、ボス出現前にボス名が表示されるダライアスのようなアラート画面の演出がある。その為アーケード版のBGMが途切れることなくステージが進むノンストップ進行は無くなっている。
・自機のカラーチェンジ
自機のカラーを4パターンから選択できる。
・スペシャルモード
アレンジされたステージを通しでプレイするモード。ステージ順が固定で、アイテム効果が一新、自機が常にフルパワーなど、多くの変更が加えられている。BGMも新作。コンティニューは無く、スコアが記録されるのは最後までクリアした時のみ。製作者曰く「難易度を最高に設定しサバイバルゲームにするのが本当の遊び方」とのこと。
・ステージ6発生条件の易化
「ノーコンティニューで侵食率25%以下」だったものが「コンティニュー5回以内、かつ侵食率が100%を一度も超えない」に変更となった。
・隠し機体の変更
アーケード版で隠し機体であったWR-03がデフォルトで出現する。また、前作『レイストーム』の機体R-GRAY1とR-GRAY2が一定条件を満たすと選択可能になる。条件は、WR3機種全てでinfinityを撃破すること。R-GRAYシリーズの性能は、前作『レイストーム』と同様で、攻撃力が高めに設定されているが画面下端へのロックオンはできない。
・ポケットレイ
ポケットステーションにミニゲーム『ポケットレイ』をダウンロードできる。『ポケットレイ』をクリアしたデータをロードすると、スペシャルアタックのゲージ増加速度が3倍になるオプションを選択可能になる。
・アートギャラリー
スペシャルモードをノーコンティニューで最後までクリアすると、オプションの項目を選択すると作品を描いたアートギャラリーが見られる。
音楽
本作もBGMはZUNTATAのTAMAYO（河本圭代）が担当。本作のサウンドトラックも、ZUNTATA独自の本作のオリジナルストーリーがつづられている。なお、本作のBGMは1つのBGMがステージ1-4を通して流れる仕様で、ステージ2に選択されたステージによりBGMが決まる。家庭用スペシャルモードもこれに準じているが、ステージ構成は固定なので、楽曲もオリジナルのものが1曲だけである。
