飛羽真と同じくソードオブロゴスを最近知った存在で、尚且つ飛羽真と同じ世界で生活していた為、組織に育てられた故に強い思い入れがある倫太郎や、賢人に並々ならぬ入れ込み具合を持つ蓮と違い、飛羽真に最も近い感性を持っている存在であり、ノーザンベースの面々の様に組織に対して贔屓目に見てしまう事態も無い為、飛羽真とノーザンベースのメンバー達に亀裂が生じた際も、基本的には飛羽真の味方である。

ソードオブロゴスの剣士と行動を共にする内に、言動こそ変わりないが内面は成長しており、飛羽真以外のメンバーにも率先してフォローを入れる、以前のように手当たり次第に同行しなくなる等、ムードメーカーかつサポーターとしても重要な存在となりつつある。

増刊号（最終回）では飛羽真のファンであるゲストキャラクターに「美人」と言われている。

劇中の軌道

第4章で鞄の中に「白（ブランク）のライドブック」が入っており、これまでのように飛羽真の後についていくのではなく、自らワンダーワールドに飛び込めるようにもなった。その際、持っていた花火を狼煙代わりに打ち上げ、ハンザキメギドに捕らえられた人々の居場所を、飛羽真達に教える役割を果たした。

何故ライドブックが彼女の鞄に入っていたのかは不明だが、ハンザキメギドがばらまいた物が、偶然彼女の鞄にも入っていた可能性が高い。それ故か、以降は自力でワンダーワールドに突入した描写がない（第7章ではファンタジック本屋かみやまのドアを開けると、既にワンダーワールドに入ってしまっていた）。

だが、そのような不思議体験を続けた結果「組織に入りたい！」と考えるようになり、第5章から倫太郎の調査に（強引に）同行するようになる。

第7章では、凡ミスからストリウスに捕まり、人質になってしまう。

「そんな事をしなくてもヤツラに勝てる!!」と逸るズオスに喰われそうになるが、修行を終えた倫太郎に助けて貰い難を逃れる。

そして、ズオス撤退後に彼に思い切り抱き付くのだった。

その後、飛羽真達を尾行してノーザンベースに侵入、剣士達を驚かせるも倫太郎が（SNS「インツタ」を用いた）情報収集能力を評価したのを聞き入れたソフィアの計らいにより、同施設へのある程度の滞在を許される（第8章）、ソフィアからソードオブロゴスに置ける役目と、それに必要な本を1冊与えられる（第9章）と、ソードオブロゴス内でもそれなりに取り立てられるようになった。

第11章では、自身に起こる最悪の事態を想定したソフィアから、金色の鍵を渡された事で彼女の代行（と言っても、ノーザンベースにおけるオペレーター）を任されるに至った。

以降は、与えられた本と鍵の機能を用いて、剣士達のサポートに従事するようになったが、非戦闘員であるのに事ある毎に現場に向かおうとして、その度に尾上達に窘められる状態になっている。

第15章では、メギドの猛攻で剣士達の心が折れ掛けた際、「顔を上げろ倫太郎！」と叱咤激励をして戦意を取り戻させる、「飛羽真は必ず帰ってくる！」と言い切り、柱の破壊を後押しする振る舞いを見せた。

ソードオブロゴスと分断後

第16章では元々飛羽真と同様、ソードオブロゴスとは成り行きで関わっている為、「カリバーの最期の言葉を信じる」と決めた飛羽真を信じる芽依。その後は行き違いにより、飛羽真とノーザンベースの剣士達とで亀裂が生じ戦う事態に陥る。

セイバーに襲い掛かるノーザンベースの剣士達が、戦意の無いセイバーに尚も攻撃を仕掛けた為に庇いに入るが、剣士達が全く攻撃を止めようとしなかった為に危機に陥る。しかし、ユーリが助けに入ったお陰で大事に至らずに済む。剣士達の撤退後は状況が飲み込めず、何が起こっているのかを問うが無視されてしまう。

第17・18章では、幸い本と鍵は取り上げられていなかった為、飛羽真にメギドの所在の指示は可能だったが、新たに現れたイエティメギドが、上司の白井をコアに誕生した存在と知って、飛羽真に「ゆきさんを助けて!!」と懇願し、逆にその意味を察せられないユーリを「あんた最低！」と一蹴した。

飛羽真のギリギリの賭けにより、白井とイエティメギドの分離に成功すると、彼女と共に戦場から離脱した。

第19・20章では、新たに現れた王様メギドの対処すべく、飛羽真達の後についていく。

王様メギドの本体を助けようとする飛羽真と、彼への私怨を晴らすべく現れたレジエルとの戦いを観察するユーリを、自身のサポートで強制的に変身させたが、仮面ライダー剣斬とデザストの乱入により王様メギドは逃走した挙げ句、剣斬とデザストの（偶然の）合体攻撃の余波に巻き込まれてしまう。

一命こそ取り留めたが髪は酷く縮れ、衣服はズタボロ、片足はギプスを填める状態に陥ったが、王様メギドの行動指針を察し飛羽真に伝えようした（が、襲撃ポイントを纏めた地図を見て、飛羽真はすぐに察しユーリと共に出発した為、ほぼ放置の扱いを受ける）。

飛羽真が無事に王様メギドを倒した後、ユーリによって飛羽真と一緒に治療して貰った。

第21章では、飛羽真の覚悟を試そうとする大秦寺との決戦の場に、１人遅れて登場する芽衣。

尾上が「大秦寺が秘め持つ『剣を作り纏わる一族の覚悟』」に対し、芽依は「飛羽真だって同じ……『誰か助ける』為に戦い、何度だってやって見せた。今だってそう、これからも」と、飛羽真の覚悟を代弁した。

その後、カリュブディスメギドに追い詰められる飛羽真を大秦寺と共に見守る中、仮面ライダー最光の新たな姿・エックスソードマンの登場に「ユーリ!?　もう遅い!!」と憤慨していた。

続く第22章、被害者のマミからの連絡に当初は『インタビューのチャンス』と見て飛羽真を連れて向かったが、彼女の記憶が残っている事実に驚き、ユーリに抗議の電話をした（但し、肝心のユーリは大秦寺秦の魔手から逃れるのに必死で、彼女の呼び掛けに全く気付かなかった）。

仕方なく飛羽真と共に帰る途中、尾上と遭遇し飛羽真と尾上の決闘を見守る。

その後、新たにマミと彼女の妹・レミを取り込んで再び現れたカリュブディスメギドとの決着を終えた後、ユーリが口にするアメコミのセリフにツッコミを入れまくっていた。

第23章は行き詰まる飛羽真達に「その1番偉いマスター何とかに会って、裏切り者の事を話せば良いんじゃないか？」と、突拍子もない奇策を提案し、飛羽真とユーリがそれに賛同した為、折れた大秦寺が尾上に連絡しゲートブックを借り受ける場面に同行した。

尾上からゲートブックを借り受けた瞬間、本が光り出した為に飛羽真と大秦寺がソードオブロゴスに潜入、ユーリがメギドの迎撃を引き受けた所で、ユーリに掴まり強制連行された（芽衣自身はソードオブロゴスに潜入したかったのか、「うちのアイディアなのに～!?」と嫌そうに反論した）。

エックスソードマンと剣斬、ズオスとブレイズの4人が入り乱れて戦う最中、おぞましい力の奔流を感じた者達が一様にそちらへ向かった為、遅れじとそこを向かうと、獣の如く暴れ狂うセイバーを見つけ、その豹変ぶりに恐怖と混乱がない交ぜになった声を上げるしかなかった……。

第24章では、飛羽真と尾上の果たし合いをそらと共に見守り、無事に尾上が仲間になったのを見て安堵するが、謎の煙によるワンダーライドブックの奪取を逸早く気付いた。

その後、半ば発狂し暴れ回るレジエルの察知し、飛羽真とユーリにそれを報告し現場に向かった。

自身の命を捨てる勢いで力を奮うレジエルに追い詰められる内、飛羽真の目の前にプリミティブドラゴンワンダーライドブックが現れ、飛羽真が再び暴走。

飛羽真のその姿に思わず声を上げ、それを聞いたプリミティブドラゴンライオン戦記に狙われ掛けた直後、突如に仮面ライダーカリバーが現れて暴走した飛羽真を一蹴、元に戻すのだった。

第25章、暴走を止められずに苦悩する飛羽真に、望むような言葉も掛けられない自分に悩むものの、プリミティブドラゴンが奪った倫太郎のワンダーライドブックを返却しに動き、彼に着信拒否される中、懸命に脚を動かして倫太郎の許に到着した。

利敵行為そのものな行動に悩む倫太郎に、芽依は「どうして仲良く出来ないのかね？」ととぼけると、倫太郎は「このままだと世界と仲間を守る為に、（飛羽真君を）斬らなければならない」と苦しい胸中を吐露した為、「飛羽真は仲間じゃないの？」「もう答えは出てるんじゃないの？」と落ち着いた調子で諭した。

直後、両者のやり取りを盗み聞いていた飛羽真が現れ、飛羽真と倫太郎がプリミティブドラゴンに関わる事実から口論に陥るも、何時の間にか互いに信頼・尊敬すべき点を言い出し始めたので、「ブレイクゥッ！」と叫んでレフェリーストップを入れた所で、そらがノーザンベースの惨状を伝えた為、そら共に飛羽真達を見送った。

第26章では、サーベラが撤退したタイミングでノーザンベースに帰還、賢人の復活に困惑しつつも、彼の生存そのものは普通に喜んでいた。

その後、飛羽真と共に賢人とコンタクトを取ろうと動いたが、既に賢人はユーリとサーベラと剣戟を交えていた為、賢人がサーベラを拘束するまではまともに動けなかった。

そして、賢人が語る「繰り返される『様々な形で滅びゆく世界』の予知夢」に、口すら挟めず立ち尽くしていたが、賢人の予言通り飛羽真がプリミティブドラゴンに変身・暴れずに変身を解除した所で、急いで彼の許に駆け寄った。

続く第27章の冒頭、賢人の行動に疑問を覚えるものの、飛羽真がプリミティブドラゴンとのコンタクトを続ける意志を聞き、ユーリの後に続く形でそれを後押しをした。

決意した飛羽真がリベラシオンに進入、プリミティブドラゴンとのコンタクトを改めて開始した直後、メギドの出現を報告した。

そして、遂にプリミティブドラゴンと手と繋ぎ、レジエルとの因縁を清算した飛羽真の許に大秦寺と共に合流し、彼の労苦を讃えた。

第28章は白井から成長を認められ、飛羽真の代表作『ロストメモリー』の続編の催促を頼まれた。

状況が状況故に躊躇する芽依に、話を聞いた飛羽真はそれを快諾したが直後、賢人と蓮の交戦を察したデザストの反応を本から告げられ、飛羽真と共に現場へ急行。

改めて執筆活動が出来ない状況を察する芽依だが、飛羽真は様々な決意を込めて「このような状況だからこそ書く（要約）」と発言した。

続く第29章、密かに倫太郎とコンタクトを取って、飛羽真が起こした奇跡を語らう内、倫太郎が「飛羽真と共に戦う覚悟を決めた」と伝え、芽依は無邪気に喜んだ。

しかし、倫太郎が「『組織の剣士』としてのケジメを着ける」旨を聞き、芽依は「エクレアを用意して待っている」と笑顔で応えた後に別れた。

そして、ノーザンベースでそれを報告したが、倫太郎のケジメが『組織に潜む真の敵』を露にするだと察し、飛羽真達は急いで倫太郎を助けようとすると、現れたユーリの提案に飛羽真が乗りサウザンベースに向かい、その様子を大秦寺、尾上と共に見送った。

神代凌牙が変身する仮面ライダーデュランダルからどうにか逃げ、飛羽真達がノーザンベースに帰還すると、負傷した飛羽真を見て動揺する中、ソフィアも遅れる形でノーザンベースに帰還したのだった。

第30章、ノーザンベースに帰属した倫太郎に出来る限りのフォローをして、彼が秘め持つ罪悪感を軽減すべく立ち回った後、ある案を思い付きノーザンベースを後にした。

自宅（？）にて何かしらの小物を作っている最中、突如に天井がワンダーワールドと接続した状況に絶叫してしまう……。

その後、ズオスの策謀でネコメギドの本体にされてしまい、自由に動けない上に「何時、自分がアルターライドブックと化して消滅する」恐怖に苛まれてしまう。

続く第31章、自分を助けに現れた飛羽真に「ユーリはどこ？」と、確実に自分を助けてくれる存在の所在を尋ねるも、ユーリが居ない事実を知って意気消沈した芽依は、ネコメギドに主導権を奪われる形で意識を失う。

刻一刻と迫る自分の最期に思わず「うち……死ぬの？」と漏らすも、現れたズオスが「死ぬ訳じゃない、ワンダーワールドの一部になるだけだ。まぁ……死ぬ方が楽かも知れないがな！」と死刑宣告を受けてしまう。

それと平行するように、手合わせした飛羽真と倫太郎が互いに芽依との思い出を語り合い、飛羽真は初めて彼女に会った思い出（飛羽真が「好きな物語は何？」と問われ「北風と大陽！　うちは暖かい物語が好きだから」と見当違いな返答をした）、倫太郎は第15章のやり取りを口にした。

そして、覚悟が決まった２人がズオス達の前に現れたが、既に消滅寸前まで追い込まれた事で、憔悴からの自暴自棄に陥った芽依は「うち……もうダメ……」と自分の死を受け入れた……が、倫太郎の「顔を上げろ！　須藤芽依！」の一喝を受けて奮起、直後の飛羽真達の連携により遂に芽依は救われた。

救出された芽依は前回のエピソード回収として、似顔絵付きのピンバッヂをノーザンベースのメンバー配った（しかし、その似顔絵の出来は悪い意味で千差万別で、当然のように芽依自身は相当美化され、大秦寺は虚無に陥り、ソフィアは一瞬顔をしかめた風な出来であった）。

第33章では、託された黄金の鍵を失くした為、ソフィアに謝罪する所から始まった（尚、ソフィアの寛大な態度のお陰で叱責は免れた）。

直後、ノーザンベースに帰還したユーリに、上記のピンバッヂを手渡した後、賢人と蓮を連れ戻すべく、芽依は倫太郎とユーリと一緒に賢人の捜索に向かった。

……だが、ユーリはおでんの屋台を見つけるやそちらに向かい、倫太郎はそれを察して捜しに行った為にぼっちにされてしまうも、どうにかユーリを見つけた芽依は、仮面ライダーサーベラとの激闘を終えた倫太郎と合流した。

第34章冒頭、尾上がそらを連れてノーザンベースに帰還した折、そらにもピンバッヂを渡して残る賢人と蓮の２人の帰還と結束を改めて強めた。

その後、飛羽真が前回のマスターロゴス戦で起こった現象を再現すべく、ユーリとの勝負を決行する事態となり、件の本を手にそれを見守った。

だが、その最中に仮面ライダーファルシオン＝バハトが闖入した為にそれを中断し、バハトの過去とユーリとバハトの因縁を知るも、バハトはファルシオンに変身した為、飛羽真とユーリが迎撃する中、不意に火炎剣烈火が輝くやファルシオンが撤退、それに合わせるように本が輝き、僅かな時間だけ時空が歪みルナが姿を見せたが、瞬く間に時空が戻ってしまった。

同エピソード後半、倫太郎とデュランダルとの戦いに乱入する形でファルシオンが襲来、倫太郎が変身解除に追い込まれ、トドメを刺されそうになったタイミングで飛羽真とユーリと共に登場。

倫太郎の側に寄りつつ戦いを見守るも、賢人が変身したジャオウドラゴンが（結果的に）ファルシオンと連携攻撃を食らい、飛羽真は変身解除に、ユーリは聖剣として封印されてしまう。

しかし、その戦いによって飛羽真と賢人の力が合わさった為か、芽依が持つ本が強く輝いた後、遂に時空の狭間に消えたルナが帰還、その様子を倫太郎と共に黙って見ているのだった。

第35章、仮面ライダーサーベラの卑劣な策に倒れた飛羽真を心配する芽依は、彼が目覚めるまでノーザンベースで見守っていた。

遂に飛羽真が目覚めた時に現状（＝マスターロゴス奪われた聖剣と本を取り返す為、倫太郎と尾上、大秦寺の３人が儀式の場所に向かった）を教えると、それを心配し自らにムチを打ってまで動こうとする飛羽真を不安に思いその後を追った。

儀式の場所にて、マスターロゴス達にノーザンベースの剣士達が劣勢に追い込まれる中、飛羽真と共に参上し事態を見守った。

儀式の終盤、飛羽真とルナの絆が起こした奇跡により、マスターロゴスの策謀を一応は抑えるのに成功するも、幾度目となるルナとの離別に茫然自失に陥る飛羽真に「元気を出せ」「ルナちゃん、言ってたよね？　『また会える』って」と優しくなだめた。

第36章では、幾度となる『ルナとの離別』と『未だに至らない賢人との和解』に耽る飛羽真に芽衣が声を掛け、改めて『ルナ』と言う存在を考えてユーリに問うた。

その中、前回ルナを助けようと失敗し、自責の念に駆られるソフィアに倫太郎が諭し、それに追従するように芽衣も「うち、ソフィアさんが好きだしっ！」と口にした。

その最中、イザクが得た力の片鱗を用いて、世界中に暗雲を発生させた為に飛羽真達がそちらに向かい、芽衣も急いで追おうとしたが、雷鳴が鳴り響くや芽衣はそれに驚くしかなく、結果的にソフィアと共に彼等を見送った。

第37章、ユーリの口から出た「賢人が『世界と飛羽真』を守る為の自己犠牲」と、「飛羽真が『世界と賢人』を守る為の自己犠牲」の悲しい二者択一の現実を聞き、居ても立ってもいられず賢人を探しに出た飛羽真と倫太郎を見て、その後を追おうとする芽衣。

だが、直後にユーリに捕まり「お前にして貰いたい事がある」「お前が必要だ」との言葉に、芽衣は一瞬ときめいた風な表情を浮かべてしまう。

ユーリと共に向かった場所……そこにはバハトが居り、まさかの事態にユーリに文句を垂れるしかない芽衣。

険悪な空気に警戒しながら２人の遣り取りを聞く芽衣だったが、不意にユーリから「今の時代の事を話せ」と無茶振りされ、たじろぎながらもバハトとのコンタクトを開始する。

ユーリが語った話を覚えていたのか、恐る恐る「人間不信に陥っているんですよね？……」と口火を切った後、現代ならではSNS等での『人の繋がり』を語った後、「何だったら、うちが友達になるよ？。友達になったら、これをあげるし」といい終えるや、以前ノーザンベースのメンバーに配ったピンバッヂを取り出して見せた（尚、この時はユーリも笑顔で自分のピンバッヂを見せた）が、バハトは「それで終わりか？」と呆れるとその場から立ち去った。

どう見ても失敗した状況に心配する芽衣だったが、当のユーリからは「流石良くやった、人間代表」と誉められて一転、自信に満ちたドヤ顔を見せた。

第38章、イザクの凶行が着々と進む中、未だに賢人との関係に悩む飛羽真を察したユーリが後押しをした為、飛羽真が駆け出したのを笑顔で見送った。

その後、ノーザンベースとサウザンベースの剣士達とイザク、乱入したバハトとの戦いを見守り、バハトが遂に敗れた。

直後に世界の崩壊が始まったが、飛羽真を中心に剣士達の信念に、芽依が持つ本が反応するように輝くと、それに呼応するように全ての聖剣が天空へ向かうと、それらがセフィロトの樹を創ると、その力が刃王剣十聖刃へと変化した。

新たな力を得たセイバーを見て「凄いよ飛羽真！　キラキラで超美ボディ！」と興奮しつつその戦いを見守り、遂にイザクを追いやった為、ノーザンベースの剣士達と共に彼を囲むと「凄いよ飛羽真」と彼の健闘を讃えた。

第39章、イザクの策謀を止めてノーザンベースの一同が安堵する中、芽依は本から新たなページが現れたのに気づき興奮気味に報告した……が直後、ユーリが居ないのに驚きの声を上げた。

ノーザンベースから離れたとあるビルの屋上に向かうと、賢人を迎えんとする飛羽真の作戦（？）で『桃太郎』の猿役（尚、桃太郎役は飛羽真、犬役は倫太郎）をやらされるが、前回の飛羽真が起こした奇跡に絆され、遂に賢人がソードオブロゴスへの復帰を決意・長らく続いた不和の精算される光景を目にした後、ノーザンベースに帰還した折り、芽依は賢人にも自作のピンバッヂを手渡した。

再びノーザンベースに離れ、飛羽真の自宅にて飛羽真と倫太郎とで今後を話している最中、神代兄妹が乱入し驚くも、両者は「争う意思はない」「『組織の部外者』と馴れ合うつもりはない」旨を伝えると同時に、「借りは返す」としてゲートブックを飛羽真に手渡したので、飛羽真と倫太郎がイザクの許へ向かい、残る芽依は「兄妹を看る」ように飛羽真に頼まれた。

その後、蓮の説得に失敗し戻った賢人と共に、今後の趨勢を放している中、イザクを再び撃退した飛羽真達が自宅に帰還した際、どこかばつの悪そうな玲花に対し、芽依は「困った時はお互い様でしょう？」とのほほんと応えた。

そして、凌牙のか細い声の礼を飛羽真達と共に、改めて聞き返していた。

第40章、ユーリを介しルナがワンダーワールドに現れた事を聞き、喜ぶ飛羽真達だったが、ルナの詳細な所在自体は不明な為、芽依が「先にイザクに発見されるかも知れない」の危惧を口にした直後、その通りイザクが先手を取った上に、事前のサウザンベースによる工作が発動した為、芽依は飛羽真、倫太郎、賢人、ユーリの４人に同行しワンダーワールドへ向かった。

ユーリによってルナの無事が確約されたものの、イザクにより光剛剣最光と闇黒剣月闇が奪われ、更に悪足掻きで倫太郎と賢人が操られ、飛羽真が手も足も出ない状況に、思わず彼に代わって「うそでしょう……？」と漏らしてしまう。

しかし、今までの経緯からイザクが「強大な力こそ持つが、実態は『我欲から孤独に陥った普通の人間』」であると確信した飛羽真達の断言に反撃を開始、それを契機に飛羽真は３人の絆が紡いだ新たなセイバーへと変身、思わず芽依は「変わった」と感嘆の声を漏らした。

そして、怒涛の勢いでイザクを押して行く飛羽真を見て、芽依は興奮するままに「行っけぇっ！」と片足を蹴り上げながら叫ぶと、それに合わせるように飛羽真はイザクに一撃を放ち撃破、誰よりも先に勝鬨を上げた。

戦闘終了後、剣を天に掲げる飛羽真達３人を見た芽依は、「待ってぇ！」と言いながら自身もそこら辺で大きめの枝を拾うや、便乗するように同じ姿勢を取った。

第41章の冒頭、イザクの撃破を祝って蓮を除くノーザンベースの面々とで、『納涼流しそうめん大会』に興じていた。

大会終了後、突如としてタッセルが現れて、彼の口から『全知全能の書』に纏わる2000年末の歴史を、固唾を呑んで聞いた。

その中、過去の悲劇に干渉出来なかった理由を飛羽真に問われ、タッセルの「僕は干渉が出来ない」の返答に不思議に思った芽依は、「干渉出来ないって……今ここに居るんですけど？」と肩に触れようとしたが、触れられずすり抜けた事実に驚愕した。

そして、遂に本題である「ルナに会えばワンダーワールドの住民となって、現実世界に戻れない」事実をタッセルが告げると、そらや剣士達と同調するように飛羽真の身を案じる言葉を発した。

同章の後半、先の事実を知った飛羽真の決意に、芽依はノーザンベースの面々と共に、それを聞き入れ喜んだ。

タッセルがルナを飛羽真の許に連れるべく、ノーザンベースから離れた直後にストリウスの謀略に芽依の本が反応した為に、芽依は急いでそれに応対せざるを得なくなった。

第42章、激戦を終えた飛羽真達に、おにぎり等の簡素な料理を振る舞う芽依だったが、大秦寺がその１つのおにぎりを口にするや激昂する一悶着を起こしてしまう（但し、そのおにぎりはソフィアが作ったものだった為、騒動後は大秦寺は改めてそのおにぎりを頂き「美味しい」と答えるも、即座に芽依は「忖度した」と問い詰めた）。

だが、直後に飛羽真が「カリュブディスが境界を喰らったようだった」の発言に「何故それを先に言わなかった!?」とユーリが声を荒げた為、思わずそちらに視線を向けた。

その後、ソフィアがワンダーワールドの侵食を感知した為、思わず「うそっ!?」と叫び動揺した時、ユーリが「ビクトールがストリウスに倒された」「ルナが行方不明になった」等と事情を話す内、事態を沈静化する手段に「ビクトールの代わりとなる人物の力を使えば……」と漏らすや、「それって飛羽真の事でしょう!?」と、彼に睨み付けるも前回で飛羽真の決意を聞いたユーリは「飛羽真を犠牲にしない方策を取る」と口にしたので、険悪な空気は治まった。

ソフィアが先代炎の剣士が用いた術を伝え、ノーザンベースの剣士達がそれを行うべく、各自行動を起こした後、ソフィアと２人きりとなった芽依も「……うち、手伝ってくる」と言い残して、ノーザンベースから出て行った。

そして、芽依はどこかの公園でルナを発見するも、ルナに警戒され逃げられそうになったが、ルナの身を案じた言動を見せて彼女の警戒心を解いたのだった。

そして、公園のベンチに腰掛けながら、ルナに今までの飛羽真の事を話すも、不意に鳴り出したスマートフォンへの対応の僅かな隙を突かれ、ルナに逃げられてしまう凡ミスを犯してしまった。

第43章冒頭、ストリウスがオムニフォースを得た事実に剣士達に動揺が走る中、芽依は「うち、ルナちゃんと会った」を申し訳なさそうに呟いて、違う意味で一同を驚かせた。

その直後に芽依は「ルナちゃんがこの世界に居る」「ルナちゃんと出会うも話している途中で逃げられた」等の事実を告げたら、尾上が「（ルナが逃げたのは芽依が）余計な事を言ったからじゃないか？」と怪訝な目で見られるも「（飛羽真の話を聞いて）ルナちゃんは笑顔になっていた」と反論し口論となってしまったが、直後に飛羽真がルナの保護に謝礼を口にし、芽依の気分が良くなったので尾上との口論が収まった。

そのタイミングを見計らって、ユーリが事態の打開策を口にしたのを受け、尾上と倫太郎がノーザンベースを発つと、芽依も堪らずその後を追ったが、倫太郎との再会は叶わなかった。

その代わりに神代兄妹と再会し、凌牙から第39章の一件で謝礼を受けた為、芽依は「お礼だったら、手伝って欲しいんだけど！」と飛羽真の協力を要請した（尚、その際にプライドや恥ずかしさが入り交じって「ありがとう」を素直に言えない凌牙の様子を見て楽しむ、ちゃんと言えたら頭を撫でる、前述の要請の際に凌牙の掌を強く握る等の行動を取った為、玲花の怒りを買い斬られそうになった）。

特別章

同章の冒頭、飛羽真に新作の執筆依頼をしたようだが、飛羽真がスランプ陥っていた為、彼以上に焦る芽依。

暫くして賢人が流れ星を見つけたが、それはオリヒメワルドで直後にオリヒメワルドは自身の能力で混乱を撒き散らした。

その直後、オリヒメワルドは倒さんとゾックス/ツーカイザーが現れた為に、オリヒメワルドは撤退しようとした際に芽依にぶつかって短冊を落とし、何も知らない芽依は普通にそれを拾った。

その後、飛羽真の店にて互いの事情を話す飛羽真達だったが、ゾックスの話を聞いて飛羽真のインスピレーションが湧きメモを求めたので、芽依は先程拾った短冊を渡した為に、メモ書きの『宝を全て失ってしまう』が現実と化してしまい、聖剣及びワンダーライドブックを失う変事を起こしてしまう。

事態を解決すべく、ゾックスのサポートに回ってオリヒメワルドを探す中、再びオリヒメワルドを見つけたがオリヒメワルドの攻撃により、芽依は王様メギド以来の爆発落ちに遭ってしまった上に逃げられてしまう。

だが、飛羽真と賢人、ゾックスの３人がオリヒメワルドを追えない中、倫太郎だけオリヒメワルドを追えた事実から、オリヒメワルドの能力のカラクリ（＝能力の範囲内の人間にだけ作用する幻覚）を悟った飛羽真に頼まれ、芽依は失ったワンダーライドブックの実在を証明して、ワンダーライドブックが復活した。

これを契機に形勢が逆転、芽依の「行けぇっ!!」を鬨の声にオリヒメワルドとの決戦が始まり、最後は飛羽真とゾックスの連携攻撃により幕を閉じた。

これにて一連の騒動が終結したかに見えたが……（機界戦隊ゼンカイジャーに続く）。

絵本に魔王のようなどす黒い影が浮かぶ、新たなページが現れた事実を芽依が報告した所から、第45章が始まった。

ワンダーワールドの浸食を進める仮面ライダーストリウスと、彼の傀儡と化した四賢神の猛攻に追いやられた飛羽真達を介抱するも、ストリウスの圧倒的な力でノーザンベース内に暗鬱な空気が流れる中、賢人と飛羽真の決意表明を固唾を呑んで見守った。

その後、神城兄妹とのやり取りを終えた倫太郎と２人きりでビルの屋上で話し、芽依は「何も出来ないけど……うちも一緒に行くから」と最後まで見守る旨を伝えるも、倫太郎が「この戦いが終わったら、伝えたい事があります」と制した為、芽依は聞き入れるのだった。

第46話、世界の融合の影響により、自身の体も揺らぎ始めた事実を芽依は目にしてしまう。

ノーザンベースから本屋かみやまに戻った芽依は、神妙な面持ちで黙考する最中、飛羽真の机から書き上がった原稿を発見しそれに手を伸ばした。

そして、『終焉』『破滅』『絶望』等の不穏な単語が散見される原稿を、一心不乱に読み進める芽依だったが、読み終えたのか不意に「『世界を救う』のは……うちに出来る事……！」と決心すると、そこからを駆け出した。

そして街中に出るや否や、唐突に絵本が輝いた為に周囲を見やると、偶然にもルナと再開するのだった。

第47章の冒頭で、再開したルナを保護しようと急いで駆け寄る芽依。

その際にルナも自分も再び揺らぎ出し、改めて世界の終焉の影響を受けている事実を察した芽依は「めそめそするな……！」と静かだが力強く呟いた。

茫然自失のルナに「顔を上げろ」と叱咤し「うち、前にも一度消え掛けた事がある」と過去の恐怖を告白する芽依。更に芽依は「ルナちゃんは何がしたいの？」と問い掛けると、ルナは意識を取り戻し「飛羽真の所へ行きたい」と吐露した為「だったら、早く行かなくちゃ」と彼女の背中を押した。

その後、ルナと別れた芽依は飛羽真の原稿を持って編集室に到着すると、「貴方にも忘れられない物語がありますか？」とワードを打ち始め「今、世界から物語が消えそうになっています」「物語が消えれば、この世界も消えてしまいます」と懸命に文章を記し続ける芽依。

編集室で作業を続ける芽依だったが、突如書籍や文字が消え「消えた、物語が……」と愕然とした。だが芽依は「この世界が消えるとわかった時、あなたはどんな物語を作りますか？」と尚も文章を認める。

ストリウスが飛羽真達3人に倒されるも、世界の終焉が確実に迫る最中、「『あなたの物語』が世界を救うの」と芽依の興した文章が人々に届いたのを見て「届いた……！」と感嘆の声を漏らす芽依。

飛羽真を中心に決して少なくない犠牲の果てに救われた世界にて、神山飛羽真の新作『エターナルストーリー』の受賞に、彼に代わって登壇する芽依。

スピーチを終えた芽依の許に突如、白井ゆきが戻って来たのを皮切りに、消滅した人々が次々と復活した事実から、芽依はソードオブロゴス剣士達と合流し、遂に飛羽真と再会するのだった。

増刊号

平和を感受するノーザンベースにて、倫太郎からかき氷に関する蘊蓄を聞き流す芽依。だが、そんな芽依に倫太郎は45章の回収をすべく声を上げたが、神代兄妹の登場と凌牙と倫太郎の決闘で遮られた。決闘を終えた倫太郎と凌牙に、芽依は「これで仲直り」として２人を握手させ……ようとしたが、玲花の嫉妬による妨害に遭ってしまう。

その後、ファンタジック本屋かみやまにて、飛羽真のファンと倫太郎からそろって「美人」「芽依さんは大変美しい」誉められた芽依は笑顔になるが、飛羽真と賢人は不思議な青年が口にした「悪魔」を調査しようとする中、芽依は倫太郎と共にかみやまで待機するのだった。倫太郎から改めて話を切り出される芽依だったが、飛羽真のファンが出て行ったのを気にして急いで後を追った。そして、１人で２人の仮面ライダーとセイバーエスパーダの活躍を無事に見終えた。

その後、再三にも渡る倫太郎の呼び掛けにキレ気味に応じると、「僕の……家族になってください!」とド直球な告白を受けるが「今更何言っているの？　私達ってもう……家族でしょ？」と見当違いな返答をする。

暫くして、サウザンベースで新体制となったソードオブロゴスの再出発を、飛羽真と共に見送る中、凌牙の爽やかな笑顔を向けられ同じく笑顔で応じた。

終盤ファンタジック本屋かみやまに「もう大丈夫みたいね」と言いながら、倫太郎と来た時は彼と同じような青い服（ペアルック？）を着て登場。

結局、告白の件はどうなったか不明である。