概要
ジャンルは従来のＭＧＳシリーズと同じく「タクティカル・エスピオナージ・アクション」。
ＭＧＳ３ではさらに、自分が風景にどれだけ同化しているかを表す、「カムフラージュ率」が導入された。
負傷により体力の上限が低下するようになり、治療を行うことで回復を行う要素も存在している。
また、スタミナの概念が登場、物を食べ、スタミナを回復しながらゲームを進める必要性が生まれ、サバイバルゲーム的な要素も出た。
逆に、従来のシリーズで存在した「ソリトン・レーダー」は廃止。主観モードや動体探知機・生体探知機など多種多様な機器を駆使しなければならない。
また、主人公も変更、人気キャラクター「ソリッド・スネーク」に代わりその座に着いたのは、なんとMG・MG2にて登場した伝説の英雄「ビッグボス」であり、古参ファンの間で話題になった。
秀逸なストーリーもさることながら、新たな食糧を得るたびに繰り広げられるユーモアと皮肉に溢れた無線会話や、小島監督らしい映画作品的な演出など、ユーザーを引き込む作りの細かさと懐の深さは、シリーズ最高傑作との声も高い。
長谷敏司著の小説が2014年1月に発売。
ストーリー
キューバ危機の際、ソ連がキューバに設置した核弾頭発射基地を撤去する見返りとしてトルコからIRBMが撤去されたその裏で米国とソ連が結んだ秘密協定、それは米国に亡命した技術者、ソコロフの返還だった。
特殊部隊FOXに配属されたスネークに与えられた初の任務はソ連への潜入、ソコロフの奪還。
ソ連へ潜入するため、スネークは人類初のHALO降下を行う。
なお、時間軸的には「メタルギア」シリーズでもっとも古い時代を扱った作品となる。
登場キャラクター
ネイキッド・スネーク( ビッグボス )（CV:大塚明夫）
大戦の英雄、ザ・ボス最後の弟子で、CIAの特殊部隊FOXにおいても卓越した戦闘技術・精神力・忍耐力を併せ持つ戦いのエリート。
合衆国にFOXの有用性を認めさせるべく、バーチャスミッションに挑む。
作中「スネーク」の名を与えられた最初の人物で、正真正銘の真人間。
その為か、他のスネークと比べ人間臭い。
やや天然なところがあり、食べ物を手に入れるたびに味について尋ねたり、ワニを模したマスクを被ってはしゃいだりするおっさん。
時間軸上初めてダンボールに魅せられたスネークでもあり、彼によると「確信に満ちた、安らぎの様なものを感じる」らしい。
EVA（エヴァ）（CV:渡辺美佐）
元NSA所属の、美貌と戦闘技術を併せ持った女スパイ。
スネークとは別の、ある目的の遂行の為に彼に協力する。17式拳銃を所持しており、反動を利用し横に流し撃ちを行う「馬賊撃ち」の使い手。
ゼロ少佐（CV：銀河万丈）
特殊部隊FOXの発案者でスネークの上官。
FOXの有用性を知らしめるべくスネークを「貞淑なる任務（ヴァーチャスミッション）」に向かわせる。
イギリス人のため英国文化に誇りを持っており、アフタヌーンティーが日々の日課。
パラメディック（CV：桑島法子）
スネークの作戦サポート要員の一人。
医師免許を持っており、スネークの作戦中の体調管理とセーブを担当する。
作戦地域に生息している動植物の毒性の有無、生態なども解説してくれる。
大の映画好きでもあり、セーブ完了後に映画について紹介してくれる(ただし、ジャンルはSFやホラー等といったB級モノがほとんどである)。
シギント（CV：藤原啓治）
スネークの作戦サポート要員の一人。
武器や兵器の知識と軍事技術に長けており、「特別にスゴい専門家」と自称する。
双眼鏡やEZ-GUN等スネークの使用する武器、装備品を開発した人物でもある。
装備品についてはかなり変わった拘りを持っていて、周りの人物からは変人呼ばわりされている。
ソコロフ（CV:龍田直樹）
フルネームは「ニコライ・ステパノヴィッチ・ソコロフ」。
ソ連から合衆国に亡命してきた国内有数の兵器開発者。
ソ連の要求が彼の返還であり、彼の奪還がヴァーチャスミッションの目的である。
タチアナ（CV:渡辺美佐）
スマートな身体に知性的な眼鏡、意志の強さを感じさせる瞳を持つ美女。
周囲から愛人関係を疑われているソコロフからは「ターニャ」の愛称で呼ばれる。
ヴォルギン大佐（CV:内海賢二）
フルネームは「エヴゲニー・ボリソヴィッチ・ヴォルギン」。
「サンダーボルト」のコードネームが示す通り、常に体が帯電している特異体質の持ち主。
体内にため込んだ電気を放つでんきショックや無数に装備したライフル弾を銃無しで発射する事が可能なレベル５の能力者であり、拷問大好きなサディスト、さらには男も食えるなど向かう所敵無しの変態。
オセロット（CV:山崎たくみ）
若き日のリボルバー・オセロット。
当時から射撃技能に関しては抜きん出た才能を持つようだが、若さゆえの油断や傲慢さにより失敗する場面が目立つ。
ザ・ボス（CV:井上喜久子）
コブラ部隊創設者にして大戦の英雄。
女性ではあるがスネークの師であり、彼をも圧倒する戦闘技術の持ち主。
ジョニー(CV：今村直樹)
ジョニー佐々木の祖父である。
グロズニィグラードにある独房の看守を務めるGRUの兵士だが、スネークには友好な対応である。特徴としては目出し帽と袖の部分にJの文字が刺繍されている。
トイレに駆け込む状態も健在であり、トイレ中にしつこくノックするとドア越しから怒ってくる。
グロズニィグラード崩壊後は消息不明。例え彼を殺してもタイムパラドックスにはならないのだが、公式のシークレットシアターでは、スネークにぶん殴られたらしく気絶しての登場だった。
雷電（CV:堀内賢雄)
シークレットシアター「METAL GEAR RAIDEN」で登場。
MGS4の主役を奪取すべく、ソリッドのオリジナルであるネイキッドの抹殺の為にタイムワープする。
