概要
一年戦争が開戦した頃、一部のパイロットが高速でやってくるはずのメガ粒子砲のビームを高確率で避けるという事象が起こった。これを研究・解明するべく突撃機動軍のキシリア・ザビ中将は宇宙世紀0079年6月サイド6にこのフラナガン機関を設立した。
キシリアは当時は存在が疑問視されていたニュータイプに一定の理解を示し、なおかつそれを軍事利用出来ないかと考えており、フラナガン博士を中心に研究が行われていた。
研究対象はララァ・スンやシャリア・ブルと言った自然発生的なニュータイプだが、その一方で少年少女を使った人体実験や人体改造が行われており、キシリア直属のキマイラ隊の隊員であるユーマ・ライトニングもこの人体を強化された兵士の一人であったと言う。また同部隊のイングリッド0はクローン技術で生み出された兵士であった。
ちなみにクルスト・モーゼスもこのフラナガン機関の研究員だったが後に脱走して連邦へ亡命した。
この研究機関によってサイコミュが完成し、それを搭載したモビルアーマーエルメスやブラウ・ブロを開発している。
一年戦争終結後は地球連邦軍が研究資料を押収し、ムラサメ研究所などのニュータイプ研究所が創設され、さらには強化人間が開発されるようになり、専用MSやMAの開発が行われていった。
またジオンの残党であるアクシズことネオ・ジオンでもフラナガン機関の研究や技術を持っており、連邦と同じように強化人間やNT専用機開発へ繋がっていった。