ゲーム中ではシステムメッセージなどで使用されているのが確認できるが、ストーリー中でこの名称が使われることはほとんどない。
ゲーム中では司令部で行える「建造」でメンタルキューブと呼ばれるアイテムと資金を消費することでランダムで1人自軍に加えることができる。
その他にも、敵を倒した際のドロップ、任務（クエスト）の達成報酬などの形で入手することが可能。
設定
メンタルキューブから生み出される「人の姿をした艦船」であり、劇中世界とは違うどこかの世界で起きた「大戦」と呼ばれる戦争の記憶を持つ。
ただし、ここでいう「記憶」とは厳密には彼女たちのモデルである軍艦自体がその生涯において経験した「記録」であり、モデルに関わった人間たちの記憶ではないので注意が必要。
それを示す例としてミッドウェー海戦における「運命の5分間」のことを聞かれても知らない素振りを見せる赤城、原子爆弾のことを聞かれても「よくわからない」と答えるインディアナポリスなどが挙げられる。
（前者は「運命の5分間」の逸話は赤城の戦没後に語られるようになったこと、後者はインディアナポリスが関わっていたのはあくまでも輸送した材料の一部であることに加え、彼女自身は原爆投下が行われる前に戦没しているため）
また、艦船少女の多くは上述した「記憶」のことをあまり気にしておらず、ほとんどの者は「そういうこともあった」もしくは「自分であって自分ではない者のこと」として割り切っている模様。
もちろん、今もなおこの「記憶」に引きずられているかのような様子が描写されている者も少なからず存在する。
以下、ゲーム本編のネタバレが含まれております。ご注意ください。
実は艦船少女を生み出すメンタルキューブこそセイレーンが人類に意図的に流出させた「力の一部」の正体である。
つまり、艦船少女自体がセイレーンによって生み出された存在だったりする。
セイレーンは人類に敵対的な存在であるが、自分たちが進めている「計画」を実現させるためには人類の力が不可欠があるため、彼我のパワーバランスを調整する目的で彼らに艦船少女という存在をもたらした。
また、艦船少女には「素体」と呼ばれるオリジナルと「駒」と呼ばれる複製体の二種類が存在し、後者は同一の個体が劇中世界に何体も存在する。
史実における連合国をモデルとしているアズールレーンに重桜の艦船である明石や不知火、綾波などが存在するのはこのため。
各ステージの道中に同じ艦船少女が何度も出現するのもこれが理由と思われる。
なお、プレイヤーである指揮官が作中自軍の戦力として保有できる艦船少女は全て「駒」である。
素体
劇中に登場する艦船少女たちのオリジナルとなった個体。
詳細は現時点では不明な点が多いが、「駒」との最大の違いとして先述した「記憶」の他に独自の情報・人格を有していることが挙げられる。
また、「聖域」と呼ばれる領域においては「駒」をはるかに凌駕する力を振るうことができ、「駒」を思いのままに操ったり、果てには「駒」から「魂」を奪い取るといった超常的な事柄も可能。
日本版では17年秋に行われたイベント『紅染の来訪者』のストーリーにおいてはじめて上述した「駒」の設定と共に明らかにされ、同ストーリーには「素体」である赤城と加賀が登場した。
なお、同イベントのストーリーによると「素体」の中には「目覚めていない」者も少なからず存在するようで、そうした目覚めていない「素体」たちの今後の動向が注目される。
これまでストーリー中に登場した「素体」
赤城
上記のとおり、イベント『紅染の来訪者』において後述する加賀と共に初登場。
同イベントは時系列的には本編第3章後の出来事であることが瑞鶴の台詞から明らかになっており、彼女からは当初「AFの戦いで戦没したはずの2人がなぜ再び現れたのか？」と疑問視されていた。
性格や口調は本編に敵として登場した赤城に似ているが、瑞鶴からエンタープライズのことを言及されるとそれまでとは打って変わって激しい口調で怒り狂うなど、自軍の赤城や上記本編に登場した敵の赤城ともまた違ったキャラクターをしている。
セイレーンのことを「カミ」と称して崇拝しているかのような描写があり、彼女たちのために後述する「覚醒」を果たした「駒」の情報を「ログ」として回収し伝達する役目を担っている。
ただし、セイレーンに絶対的に服従しているというわけではなく、「あのお方」と呼ばれる存在を劇中世界に降臨させるという自らの目的を果たすために協力しているようだ。
（実際、イベントのストーリーではセイレーンから与えられた役目を終えたので引き上げるべきところを、「覚醒」した瑞鶴の力に興味を持ち、「聖域」が崩壊するギリギリまで同地に留まって瑞鶴と戦った）
上述した「あのお方」を招き寄せるために、「聖域」に重桜の艦船少女（駒）たちをおびき寄せ、その「魂」を回収している。
この「あのお方」が本編3章において本編の赤城と飛龍が同名で言及していた存在と同一人物であるかは現時点では不明。
ちなみに、彼女と加賀は当のセイレーンたちからは「小動物」扱いされており、自分たちとその「創造主」の目的を果たすための小間使い程度（もしくはそれ以下）にしか思われていない。
それどころか、赤城と加賀の劇中の行動自体がセイレーンのデータ集めのための実験ともとれる描写まであり、ここまで来るとあまりにも2人が道化過ぎて泣けてくる。
加賀
イベント『紅染の来訪者』にて赤城と共に登場。
赤城同様、普段の口調や言動は本編に登場した加賀や自軍の加賀と似ているが、時おり赤城のことを「姉さま」ではなく「赤城」と呼び捨てにして呼んだり、赤城に対する発言も丁寧口調ではなくタメ口という違いがある。
また、その台詞のひとつひとつを振り返ってみると、自軍の加賀のようなクールなキャラクターというよりもむしろ「冷めきってしまった」感があり、どこか哀愁が漂う。
赤城と共に「覚醒」を果たした「駒」の情報を「ログ」として回収し、セイレーンに伝達する役目を担っているが、赤城のようにセイレーンを信奉している様子は見られない。
また、セイレーンに従っている目的も赤城とは異なり「絶望の未来へと突き進んでいく祖国・重桜を救済するため」とシンプル。
ただし、翔鶴の発言によると、加賀たちのやり方では未来を救うどころか史実よりも最悪の結末を迎える可能性のほうがはるかに高いらしい。
加賀自身もそのことには気づいている節があるが、他の選択肢がもはや残されていないかのような発言を仄めかしている。
なお、彼女と赤城がセイレーンに協力しているのはあくまでも彼女たちの意思によるもので、全ての「素体」がセイレーンに協力的というわけではない模様。
（イベント中、瑞鶴の「素体」が目覚めていないことを安堵するかのような台詞がある）
駒
「素体」をベースに生み出された艦船少女の複製体。いわゆるクローン。
ゲーム中に登場する艦船少女のほとんどがこの「駒」である。
ここまで述べてきたとおり「記憶」のみを保有しているが、人間とコミュニケーションを取りやすくするためか、ある程度の人間性は与えられている。
（その割にはキャラクターがやたらと濃い者が多い気もするが……）
稀に「駒」の中から「覚醒」を果たした者が出現する。
この「覚醒」がどのような現象で、どのような条件を果たせば発現するのかなどの詳細は明らかにされてはいないが
- 基本的なスペックが「素体」に匹敵するレベルまで底上げされる
- 自らの「素体」のみが有している情報を自らの「素体」から無意識に引き出すことができる
- 記憶や人格が「素体」寄りになる（これにより「覚醒」前後に自身の記憶が曖昧になるなどの症状が出る）
- 「聖域」における「素体」からの支配を受け付けなくなる
といった恩恵が「覚醒」を果たすことで得られることが現時点で判明している。
また、「素体」の赤城と加賀の台詞から「覚醒」した「駒」は他の「駒」とは違い、以降は独立した存在として活動する模様。
ストーリー中、明確に「覚醒」したことを言及されている「駒」は2017年11月現在、イベント『紅染の来訪者』に登場した瑞鶴のみだが、それ以前から登場していたキャラクターでは本編における赤城と飛龍が「覚醒」していたのではないかと思わしき模写がある。
（両者とも「あのお方」のことを言及していること、口調が自軍のものと異なることなどが理由に挙げられる）
また、瑞鶴と共に上記イベントに登場した翔鶴が「覚醒」の兆しを見せている。
