概要
原作のライトノベルでは第4巻。2004年8月1日初版発行。
時系列では12月18日～12月25日、アニメオリジナルの「サムデイ・イン・ザ・レイン」と原作の「ヒトメボレLOVER」の間のストーリーになる。
12月18日、キョンが朝登校するとハルヒがいない。不思議に思ったキョンの目の前に信じられない人物が現れる。その人物とは半年以上前に消えたはずの朝倉涼子、さらに追い討ちをかけるかのようにキョンに驚愕の事実が告げられる。
「涼宮ハルヒ？そんな人このクラスにはいないよ」
劇場化
原作で1番人気のエピソードであったため、2006年の放送終了以来、テレビアニメか映画化などなんらかのメディアで制作されると予想されていた『涼宮ハルヒの消失』が映画として2010年2月6日に全国公開された。
改めて放送された涼宮ハルヒの憂鬱(新アニメーション)でエンドレスエイトを8回繰り返すなどして、TVではやらず映画で消失はやるのか、ハルヒは終わった、でも観てみたい…などとファンの間でも意見が分かれており、賛否両論である。元々放送当時から、消失はTVアニメ派、劇場版派で争いが出来ていたが、エンドレスエイトの影響により冷めた意見もある。
また、消失単体での公開と言う事で、「TVアニメを見ていない人に話の内容が理解出来るのか」との指摘もある。
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