性別：男/女（任意）
声：選択したボイスによって異なる
クラス：選択したクラスによって異なる
概要
PSO2における主人公であり「貴方自身」。第三世代のルーキーアークスで全てのクラスに対するフォトン適性を持つ。そのことからイオやジグからはあらゆる武器を使いこなすと言われ、公式サイトには全クラスマスターに等しい実力と記載されている。
当初は才能のある普通のアークスに過ぎなかったが、数々の強敵との戦いや仲間たちとの出会いにより、オラクル最大戦力と呼ばれるほどに成長し、人々から信頼される英雄となっていく。
EP4からは守護輝士（ガーディアン）に任命され、EP5の登場人物（オメガ人）からはこの名前で呼称されるようになる。守護輝士とはアークスの中でリミッターの影響を受けず力を行使できる存在であり、またあらゆる指揮系統に属さず己の意志での行動が許されている。ただしドラマCD「~シエラ'sリポート~」のユクリータのコメントによれば「もしもの時に都合よくコキ使えるようにしただけ」と言われている。
ちなみに公式サイトのアップデート紹介動画では、ストーリーの主人公は男性キャラクターの「アッシュ」が代役を行っている。
戦闘能力
EP1開始当初は、先輩のゼノやゲッテムハルトに助けられるなどルーキーらしい面が見え、六芒均衡のヒューイやダークファルス【巨躯】に後れを取るところも見られた。
しかしEP2の半ばでは世が世ならレギアスが六芒均衡に指名したかもしれない（カスラ）と称され、EP4では上述のようにオラクル最大戦力と呼称されており、終盤ではドラゴンボールばりの戦闘を繰り広げる人類の極致に一騎討ちで勝利するなど、完全に規格外の存在と化している。そのためEP3からは基本的に負けイベントは存在せず、個人の戦闘能力では殆ど負け知らずとして描写されている。
能力
ストーリーが進むにつれて様々な能力を見せている。
時間遡航
主にEP1～EP3で使用。シオンから授かったマターボードを用いて時間を移動し、過去を改変する能力。色々と矛盾が生じるがその辺は上手く噛み合うようになっているらしい。
ダーカー因子吸収
ダーカーの侵食を受けた生物からダーカー因子を吸収し救い出す能力。ダークファルスの力も例外ではなく、主人公は無意識に【巨躯】の力を喰らっている。因子を吸収するのはアークスなら誰もが持つ能力だが、主人公やマトイは格段にその力が強いという設定。
ダーカーやダークファルスの力を弱められるが、因子を吸収し過ぎると大変なことに…
ダークファルスの力の浄化（中和）
EP4で（唐突に）初めて使用した能力。ダークファルスに自身のフォトンをぶつけ、邪気のない無害な存在へと変えてしまう。設定資料によれば記憶と力も封じることができるとのこと。
ダークブラスト
EP5から獲得した能力。ダークファルスの力を用いて変身する。さながらダークヒーロー。
人間関係
味方内での人間関係は良好。一部の敵からも「好敵手」と気に入られている。
マトイやテオドール、ゲッテムハルトなど「ダーカーを殺すため」に絶大な力を振るい、アークスたちを恐怖させたのに対し、プレイヤーは信頼を得ながら強くなっていったため基本的に尊敬されているなどの違いがある。
女性キャラクターの中では、相棒のマトイを始めに後輩のイオや同僚のカトリなどから好意を向けられている。
しかし例外もあり、敵対していたオークゥやフルはこの限りではなく、味方としてオラクルにやってきた際は互いに不信感を見せている（プレイヤーは「何しに来た？」という顔をしていたと指摘される）。
劇中での役割
EP1の頃はカメラマンと呼ばれていた。理由はイベント中は基本的にプレイヤーは動かず、NPCが行動・会話するため。なのでプレイヤー自身はイベント中に棒立ちで、NPC勢だけ動くというシュールな光景が見られる。身もふたもない言い方をすれば、ストーリーを進めイベントを起こすのはプレイヤーだが、イベントで活躍するのはNPCということ。選択肢など存在するが、ポジティブなのもネガティブなのも選んでも結果は変わらない。
EP2からは徐々にプレイヤーに動きが見られるようになり、EP1と比べてイベント中に棒立ちしなくなった。後半になってくるとイベントにおける戦闘シーンも描写されるようになったが、固有の武器を所持していない関係上、落ちている武器を拾って使うというこれまたシュールな光景がみられる。特定の武器を使わせるとプレイヤーの方々から自キャラはこんな武器は使わないという苦情を考慮したのかもしれないが……
EP3ではなんと運営自身がプレイヤーにある程度の設定を設け、それをストーリーに組み込む形で描写されている。EP3設定資料集では制約が多く運営側で勝手な味付けはできないと述べているが、そんなことはなかった。例えばプレイヤーには特殊能力があり、それを主軸にストーリーが展開するようになっている。特殊能力に関しては上記の項目を参考にされたし。
EP4になるとプレイヤーにコートエッジ（ソード）とコートダブリス（ダブルセイバー）の二つの固有武器が設定され、イベントではこれらを振り回して立ち回ることに。EP1と比べると凄まじい進歩である。しかしEP4では主人公はプレイヤーではなくヒツギになっており、プレイヤーの役回りはヒツギのサポートであると運営が明言している。この辺りになると仲間のピンチに颯爽と駆けつける描写が多くなっている。
ちなみに各EPのクライマックスなどで見せ場が多く与えられているのがNPC勢であり、プレイヤーの役回りは基本的に彼らの補助である。EP4では序盤こそ見せ場も多かったが、中盤は完全にヒツギのサポートに回るため出番をとられがち。
EP5になるとその辺りの苦情が多かったらしく、「プレイヤーの皆さんにとって一番のキャラは自キャラ」と酒井Pが語り、EP5はプレイヤーに主人公らしい活躍をさせるのを一つのコンセプトにしている。EP4で主人公だったヒツギは人気投票では散々な結果であり、木村Dは「プレイヤーの見せ場を食ってしまった」ことを理由の一つに挙げている。
劇中にはそれなりに多くの敵キャラが登場するが、プレイヤーが倒したと言える敵はごくわずかであり、一騎討ち等もあったが殆ど引き分けに終わっている。このことから劇中におけるプレイヤーがどの程度の強さかはっきりしなかったが、上記の通りEP4では最大戦力と呼ばれたり、人類の極致さんに勝つなど単体での戦闘能力は最強クラスのものとして描写されるようになった。どちらかと言えば負けイベントを起こさせず、NPCの補助的な役割であるが。
ストーリーにおける軌跡
EP1
序盤は世界設定の紹介がメインとなる。プレイヤーは謎の女性シオンから授かったマターボードを用いて事象（武具）の回収を依頼される。プレイヤーは知らない内に過去を遡り、歴史を改変することとなる。終了任務の日に戻ったプレイヤーは、ダーカーの襲来から逃げ遅れた女の子マトイを保護。そして別のルートでは【仮面】なる謎の人物と出会い、いきなり命を狙われる。しかし居合わせたゲッテムハルトによって事なきを得る。
やがて情熱をなくした鍛冶屋ジグのために特殊な武器の破片を探すこととなり、敵として【仮面】なる人物と破片の争奪戦を繰り広げる。ジグに預けて修理を行ったが、アークスシップにダーカーの群れが強襲した際に何者かに盗まれてしまう。一方で地質学者ロジオと知り合い、アークスが惑星ナベリウスに何かを隠していることが判明する。調べていくうちにプレイヤーはダーカーの親玉ダークファルス（以下DF）との決戦場所が惑星ナベリウスだったことを突き止める。実は40年前、ダークファルス【巨躯】とアークスの闘いが起こったが、どうやっても倒せなかったためナベリウスに封印したのだ。ダークファルスは倒せないという事実を粉飾するためにこの事実を隠し、ナベリウスはダーカーが出現しない平和な惑星で探索する価値がないと広めていた。クラリッサとはこの封印を解くための鍵であった。
しかしその事実に気づいてしまった者がもう一人いた。それはプレイヤーの先輩アークスに当たる狂戦士ゲッテムハルトであった。彼は10年前の大規模な闘いでダークファルス【若人】に恋人シーナを殺されており、その復讐心からダークファルス【巨躯】の封印を解き殺そうとするが、強い闘争心に引き寄せられた【巨躯】はゲッテムハルトに憑依し、依代としてしまう。プレイヤーと仲間たちの力を合わせても【巨躯】の足止めが精一杯で、先輩ゼノと六芒均衡の三カスラが囮となって、プレイヤーたちは撤退。難を逃れる。後にカスラは帰還したが、ゼノは行方不明となってしまう。
その後、【巨躯】のことを秘匿していた上層部にアークスたちの不信感が募ることとなり、これを誤魔化すため上層部はクーナなる少女をアイドルとしてデビューさせ、人々の興味をこちらへと移させた。実はクーナの正体はダーカー専門の始末屋であり、研究施設で実験体として育った過去があった。同じく研究施設で育った造龍（クローム・ドラゴン）ハドレッドとは姉弟のような間柄だったが、ハドレッドは突如研究室を破壊して逃走。クーナはこれを殲滅するべくアイドル活動をしつつ、始末屋としてハドレッドを追っていた。その過程でプレイヤーと知り合うこととなり、なんの疑問もなく裏切り者ハドレッドを殺そうとしていたクーナは、プレイヤーから裏切った理由について問われたことで疑問を覚えるようになる。
実はハドレッドはクーナが受けるはずだった死亡確定の人体実験の身代わりとなり、その結果大量のダーカー因子を投与されたことで暴走したのだった。ハドレッドはプレイヤーとクーナによって討たれ、クーナは死に行くハドレッドのために彼が好きだった歌を別れの言葉として告げたのだった。以降はクーナもプレイヤーに心を開き、仲間として接してくるようになる。
EP2
謎の少年シャオと出会ったプレイヤーは彼に導かれるまま歴史改変を行う。それは【巨躯】が復活し、ゼノが行方不明になったあの日だった。シャオの頼みによって現れた六芒均衡の二マリアとその弟子サラと協力し、ゼノを救出。【巨躯】を追い詰める。しかし突如現れた【仮面】の妨害により取り逃してしまう。
遺稿は研究室の総長ルーサーとの闘いに身を投じることとなる。ルーサーの正体はアークスやオラクルを生み出した支配階級フォトナーの一人であり、歴史の影でオラクルの裏トップとして君臨し、自身の傀儡として三英雄を従えていた。ルーサーの目的はシオンを吸収し、その膨大な知識を得て全知を得ること。シオンが渡したマターボードとは、それを阻止するためにプレイヤーを導くものだった。ついにルーサーはマザーシップに眠るシオン本体と接触が可能となり、全知を得るべく行動を起こす。プレイヤーはシオンの導きによりマトイと共にマザーシップへと向かう。だがそれを見越していたルーサーは三英雄レギアス（六芒均衡の一）に命じ、アークスのほぼ全員をアビス（催眠術）によって洗脳し、プレイヤーへの刺客として差し向ける。襲い掛かる仲間たちを退け、プレイヤーは三英雄（レギアス、カスラ、クラリスクレイス）と対峙。プレイヤー側には同じく六芒均衡の偶数番（イーブンナンバー）のマリア、ヒューイが味方に付いていた。そこへ六芒均衡の四として復活したゼノが駆けつけ、プレイヤーと共にカスラと死闘を繰り広げる。しかしカスラに勝つことはできず、彼の目的が時間稼ぎだったことが判明。放送をジャックしたクーナがアークス全員に向けてルーサーや研究室の悪事を暴露。その上でアビスを発動しアークスたちの洗脳を解いた。目論見が崩れたルーサーはクラリスクレイスの劣化クローンを送り込み、六芒均衡ごとプレイヤーたちを始末しようとする。レギアスはルーサーにオラクルを滅ぼすと脅されて従っていたに過ぎず、こうなってはルーサーに仕える意味がないと反旗を翻し、プレイヤーとマトイのために道を切り開く。
中核にてついにルーサーと対峙するが、彼はオラクルの管制を司っていたため、重力波を操ってプレイヤーとマトイを無力化。更には各アークスシップの生命維持装置を停止させ、オラクルを滅ぼそうとする。レギアスはこれを危惧していたため今まで逆らえなかったのだ。何もできないままシオンはルーサーに取り込まれてしまうが、その瞬間シオンが反旗を翻し管制を封じる。ルーサーの動きを止めている間にシオンはプレイヤーの手によって消滅。これこそがシオンが望んだ結末であった。オラクルの管制はシオンの分身シャオが引き継がれることとなり、逆上したルーサーはプレイヤーを殺そうとする。そこへ駆けつけたゼノとクーナを加え、ダークファルス【敗者】としての本性を現したルーサーと対決。拮抗する実力で渡り合うが、【敗者】は宇宙のすべてを滅ぼせば自分が全知というトンデモ理論を展開し、手始めにマザーシップを侵食して取り込み、プレイヤーたちを皆殺しにしようとする。しかしシオンの残留思念と滅びたフォトナーたちの精神により【敗者】は動きを封じられ、その間にプレイヤーたちはマザーシップを脱出。帰還後、ダーカー要塞へと変貌したマザーシップに乗り込み、今度こそ【敗者】と決着をつけた。
プレイヤーに追い詰められ倒されたかに思えた【敗者】だったが、密かに生き延び逃走しようとする。そこへ現れたのは彼の傀儡として動いていたレギアスだった。【敗者】はレギアスを懐柔しようとするが失敗し、胴体をぶった斬られてあえなく死亡。だが突如として現れた新たなダークファルス【双子】が【敗者】の死体を喰らって取り込み、複数の複製体（クローン）として出現させレギアスたちにけしかける。駆けつけたプレイヤーによって【敗者】複製体は素手で殴り倒され、残りの複製体を倒したレギアスたちもマザーシップから撤退した。
こうしてアークスは【敗者】の手を離れ、シャオを新トップとして改革を進めていく形になった。そんな中、プレイヤーは唯一正体が不明なマトイについての調査をシャオから命じられる。10年前の時間で当時のマトイと出会い、彼女が六芒均衡の三、二代目クラリスクレイスを名乗っていたことを知る。彼女はその強過ぎる力からアークスたちに恐れられていた。そんな二代目クラリスクレイスに怯えることなく、普通に接するプレイヤー。次第に二人は仲を深めていった。
しかし、二代目クラリスクレイスに力の大半を封印されたダークファルス【若人】が当時のルーサー（【敗者】）と手を組んで報復に出る。大規模なダーカーによるアークスシップ襲撃が行われ、二代目クラリスクレイスと【若人】の闘いが始まった。アークスを洗脳してけしかける【若人】の力の前に追い詰められる二代目クラリスクレイスだが、間一髪のところでプレイヤーが駆けつけ、アークスたちを抹殺。その間隙を突いた二代目クラリスクレイスの攻撃により【若人】は消え去った。
安堵を見せる二代目クラリスクレイス。その時、プレイヤーは彼女の胸を貫いた。直後、その場に駆けつけるもう一人のプレイヤー。実は二代目クラリスクレイスを助けたのはプレイヤーの姿をした【仮面】であった。【仮面】は「彼女はここで死ぬべきだ」と口にし、トドメを刺そうとするがプレイヤーに阻まれ、殆ど互角の戦いを演じる。
二代目クラリスクレイスが致命傷を負ったことで今まで蓄積してきたダーカー因子が暴走を始め、ダークファルスを超えるほどの力を感じさせ始める。このままでは力の奔流により元の時代に戻れない可能性があるため、シャオはプレイヤーを強制送還。元の時代に戻る中、当時のシオンはプレイヤーに語り掛ける。自分が二代目クラリスクレイスを創り、ダーカー殲滅を任せたことで不幸な目に遭わせてしまったこと。そんな彼女を救えるのはプレイヤーしかいないこと。シオンの願いを聞いたプレイヤーにシャオは、マトイが終了任務の日にきたのは自分たちの行いのせいだったと語った。今回の一件はマトイに伏せたまま、アークスは再建の道を歩むこととなった。
アークスが倒すべき真の敵は、【深遠なる闇】という存在であることがシャオより語られる。彼の存在はダーカーやダークファルスを生み出した親というべきものであり、かつてフォトナーたちによりいずこかへ封印されたという。アークスは再建を終え、【深遠なる闇】との宇宙の命運を賭けた闘いが始まろうとしていた。
EP3
ダークファルス【双子】が惑星ハルコタンに向かったと聞き、プレイヤーは現地へと向かう。その隣には、研修を終えてアークスとなったマトイの姿があった。ハルコタンは妖怪のような容姿をした巨人たちが暮らしており、白の民と黒の民の二派が争いを繰り広げていた。【双子】は黒の民を使役して白の領域を襲撃。プレイヤーとマトイはこれを見過ごせず、白の民の戦士コトシロと協力して応戦する。その時、灰の神子スクナヒメが現れ、【双子】と黒の民たちを一瞬で吹き飛ばしてしまった。
スクナヒメはその昔、白の民の王妃と黒の民の王子の間に生まれた少女だった。しかし容姿がどちらの種族ともかけ離れていたため、二種族は責任を押しつけ合い戦争を始める。両親まで殺し合いを始め、止めに入ったスクナヒメは巻き添えとなって死んでしまう。悔やんだ両親は自らの命と引き換えにスクナヒメを生き返らせ、こうして彼女は神子（神と呼んでも差し支えない存在）となった。
スクナヒメと友情を結んだプレイヤーとマトイは、彼女から悪神マガツの再封印の手伝いを頼まれる。マガツとはスクナヒメと対極に位置する存在であり、スクナヒメが生を司るならマガツは死を司る神。復活すればハルコタンは確実に滅ぼされることになる。【双子】はこの封印を解こうと画策し、再封印の邪魔をしたことでマガツの一部が顕現してしまう。マガツはプレイヤーによって肉体（器）を破壊され、弱ったところをスクナヒメの術により再封印された。しかし、術の影響でスクナヒメは本来の力をまったく出せないほど弱ってしまっていた。
これこそが【双子】の狙いだった。スクナヒメを喰らい、その力を得てハルコタンを混乱に陥れるのが目的だったのだ。既に黒の民は【双子】によって喰らわれ、すべてが模倣体と化していた。このことを知らないスクナヒメは黒の王のもとへ向かい、【双子】と手を切るように説得しようとしたが、既に黒の王は黒の王ではなかった。スクナヒメは難を逃れるが、代わりに庇ったプレイヤーとマトイが【双子】に喰らわれ、内的宇宙（体内）へと取り込まれてしまう。
そこでは死んだはずのルーサー（【敗者】）がいた。なんの気まぐれか、彼の口から【深遠なる闇】の正体が語られる。【深遠なる闇】はその昔、フォトナーたちがシオンをコピーしようとして創ったフォトンの集合体。またの名を人造全知存在であった。宇宙を支配し、絶対的存在として君臨していたフォトナーは肥大し過ぎた組織の管理を人造全知存在に行わせようとしたが、当時のフォトナーの負の感情（怠惰）の影響を受け、人造全知存在は【深遠なる闇】へと変異してしまった。【深遠なる闇】は「与えられた役割」に従い、フォトンとそれを扱うフォトナーこそが危険な存在と判じ、双方を抹消するべくダーカーを生み出し全宇宙規模の戦争を引き起こした。
こうしてルーサーの協力によりプレイヤーとマトイは【双子】の体内から脱出。スクナヒメは絶滅した黒の民の仇討ちのため、単身【双子】のもとへと乗り込む。しかし、弱ったスクナヒメでは黒の民に太刀打ちできず窮地に陥る。そこへ駆けつけたプレイヤーとマトイに救われ、更にはコトシロの号令により奮起した白の民が応援として駆けつけた。黒の民の相手はコトシロたちに任せ、プレイヤーとマトイは【双子】と対峙。二人の力は最凶のダークファルスを制し勝利する。
だが【双子】の目的は【深遠なる闇】の復活。プレイヤーとマトイは過酷な戦いの中でダーカーの力である「ダーカー因子」を体内に溜め込んでおり、プレイヤーに至っては【巨躯】と【敗者】の力まで（無意識に）削って取り込んでいた。このことに気づいていた【双子】は目の前で自害し、自らの力をマトイに吸収させようとする。しかし庇ったプレイヤーが大量の闇を取り込んでしまい、これによってプレイヤーは【深遠なる闇】になりかけてしまう。マトイはシオンが遺した武器クラリッサを用いてプレイヤーの闇を自らの体内へと移し助け出す。プレイヤーは気絶し、【深遠なる闇】となったマトイは、自我が残っている内にその場から立ち去って行った。
※以下の内容は決断の日Aルート
マトイの行方が捜索される中、プレイヤーは【仮面】から秘匿通信を受け、ナベリウスに呼び出された。そこで【仮面】は自らの正体を明かす。並行世界の未来からやってきたプレイヤーであり、マトイを【深遠なる闇】から助け出せなかったことで絶望し、変異した存在だった。マトイが【深遠なる闇】になる歴史はどうやっても変えられない。プレイヤーは【仮面】から協力を申し出られ、共にマトイの殺害へと向かう。共闘の末、【仮面】はマトイを羽交い絞めにし、プレイヤーに自らを貫かせた。こうして【仮面】は消滅。マトイは自分と共に【深遠なる闇】も消えることを告げ、死んでいった。しかし、プレイヤーもまた絶望と悲しみにより【仮面】へと変異。マトイの命を奪ったコートエッジを手にいずこかへ立ち去って行った。
以下の内容は決断の日Bルート
マトイの行方が捜索される中、プレイヤーは【仮面】から秘匿通信を受け、ナベリウスに呼び出された。そこで【仮面】は自らの正体を明かす。並行世界の未来からやってきたプレイヤーであり、マトイを【深遠なる闇】から助け出せなかったことで絶望し、変異した存在だった。マトイが【深遠なる闇】になる歴史はどうやっても変えられない。そう告げてプレイヤーに協力を促すが、プレイヤーは拒否。互角の戦いを演じた末、【仮面】は逆にプレイヤーから「二人で力を合わせること」を提案される。そんな甘いことを口にするのが昔の自分だったと思い出し、【仮面】は協力を約束した。
マトイの居場所を掴んだプレイヤーはなんの手立てもないことを承知で救出へ向かう。そんなプレイヤーにアークスの仲間たちと六芒均衡までが力を貸し、マトイへの道を切り開いていく。
【深遠なる闇】と化したマトイはアンガ・ファンダージを取り込み、新たなる戦闘形態へと変異。死闘の末、プレイヤーはこれを打ち破りマトイの変身を解かせた。しかしマトイの攻撃は止まらない。プレイヤーは武器を手に立ち向かうが、マトイを殺すことはできず自らが殺される道を選ぶ（逆にマトイを殺すことを選択した場合、バッドエンドとなる）。
実は闘いの中でマトイは【深遠なる闇】から自分を取り戻しており、プレイヤーに殺されるつもりで戦っていたことを口にする。プレイヤーに自分を殺す意思がないと知ると、自害を企てるがまたもやプレイヤーに阻止される。「自分にはできなかったこと」を目にした【仮面】はクラリッサを手に現れ、プレイヤーとマトイのダーカー因子を自らの肉体に移すことでマトイを救った。【深遠なる闇】となった【仮面】はその場から立ち去った。プレイヤーはクラリッサに残っていたシオンの残留思念から未来を託された。
【深遠なる闇】は【仮面】の意識を抑え込み、完全体となって出現。そして、本来の力を取り戻すべく惑星ナベリウスを侵食しようとしていた。これが実行されれば【深遠なる闇】は宇宙全土に広がって侵蝕を始め、すべての生命は死滅することになる。すべてが始まった場所である惑星ナベリウス。その上空を舞台にプレイヤーたちアークスと【深遠なる闇】の闘いが始まろうとしていた。
【深遠なる闇】はナベリウスまでのワープトンネルを形成。模倣体の【双子】を大量に生み出してバリアを張らせ、侵攻を妨害する。【双子】を倒したプレイヤーたちはワープトンネル内部で【深遠なる闇】と交戦を開始。戦いの末、プレイヤーによって【深遠なる闇】は破壊された。
しかし、【深遠なる闇】はフォトンの集合体。破壊したとしてもまた復活してしまう。そこで意識を取り戻した【仮面】は時間遡航の力を用いて【深遠なる闇】の状態を完全体の前へと戻すことで対処した。
その後、惑星リリーパに封印されていた【若人】の力が活動を開始しそうになる。プレイヤーはアフィンとその姉ユクリータ、そしてフォトナーの女性アウロラと協力して復活を阻止しようとするが、【若人】の力はアンガ・ファンダージを取り込み、惑星に寄生する形で復活。ダークファルス・アプレンティス・ジアとなった。プレイヤーはアークスの新兵器を駆使してこれを打ち破り、再封印に成功する。
EP4
プレイヤーはダーカー因子の浄化のため、二年間のコールドスリープを受けていた。目覚めたプレイヤーはシャオが生み出したハイ・キャストの少女シエラ（2歳）を専属オペレーターとし、新たに守護輝士（ガーディアン）の称号を得た。守護輝士とはどの部署にも属さないが、命令も受けることなく自由に活動できる存在。プレイヤーとマトイがこれに任命されている。
怪しいアークスがいるとの報告を受け、リハビリがてらプレイヤーは調査へ向かう。アークスのヒツギはプレイヤーと協力してダーカーを殲滅していくが、その反応はどこか不審。その時、突如として現れたダークファルスがプレイヤーへ襲い掛かる。応戦したヒツギが身代わりに憑依されそうになるが、プレイヤーのフォトンの浄化により難を逃れる。だがヒツギはPSO2から「ログアウト」して消えてしまう。
実はオラクルとは別次元にある地球という惑星では、PSO2はゲームとして存在しており、ヒツギはPSO2内へダイブする能力を持っていた。アバターのヒツギとしてゲームの中を調査していたが、なぜかアバターの「ヒツギ」まで地球へと来てしまっていた。幼い少年の姿をしたそれはヒツギによって「アル」と命名された。しかし、そのアルを狙って地球を影から支配する秘密組織マザー・クラスタが動き出す。ヒツギも組織に属していたが、なにも知らない末端の人間でしかなかった。
金の使徒ハギトはアルを狙って現れるが、ヒツギは拒否。このことからヒツギは裏切り者と見なされ、殺されそうになるが間一髪でエーテル能力に覚醒し、具現武装（エーテルで武器を具現化する力）に目覚め、更に駆けつけたプレイヤーと協力してハギトを撃退した。
続いてマザー・クラスタの幹部「木の使徒ベトール」が現れるが、これもヒツギの兄エンガと協力して打ち倒す。その時、他の使徒たちが現れ、ベトールは独断専行と行き過ぎた破壊活動により粛清が決まり、水の使徒オフィエルにより抹殺された。ベトールはプレイヤーの存在（向こうからしたら宇宙の人のため）に興味を示し、アルを拉致する任務より自らの欲望のため暴走していたのだった。
使徒たちは宣戦布告した後、そのまま撤退した。
実はエンガは、地球を歴史の影から守る組織アースガイドの一員だった。彼は組織のトップアーデムとプレイヤーの橋渡しとなり、両者の協力を約束させようとするが、そこへ火の使徒ファレグが現れ交戦。エーテル能力を用いらず、超人的な身体能力だけでプレイヤーと互角の戦いを繰り広げる。その場では決着はつかず、ファレグはプレイヤーにいたく興味を抱き立ち去って行った。こうしてアーデムと密会を終えたプレイヤーは互いに協定を結ぶ。
その後、ヒツギは親友コオリと再会するが、彼女はマザー・クラスタの中枢メンバーとしてヒツギと対峙。ヤンデレ全開の狂気と力の前にヒツギは完全に臆し、具現武装諸共身体を切られてしまう。しかしアルの力により一命を取り留めたが、オフィエルによって連れ去られてしまう。救出に向かったプレイヤーとエンガは、日の使徒オークゥと月の使徒フルを倒し、ヒツギを救出するが。しかしそれはプレイヤーを地球へ隔離するための罠だった。この間隙を突いてアークスシップに乗り込んだマザーと残りの使徒たちは、シップ内のプログラム（管制）を掌握。アルはマザーによって吸収されてしまう。
一方、敗北したヒツギは自らの心の中に引きこもり、意識不明となっていた。その場限りの正義感で戦いに加わったものの、コオリに負けたことで文字通り「心が折れ」てしまったのだ。そこへアルが現れ、傷心のヒツギを優しく諭す。目覚めたヒツギはアルの前まで転移し、そこでマザーに取り込まれるアルの姿を目にする。自らの為すべきことを見出したヒツギは新たな具現武装を手に完全復活。コオリを押し返すほどの力を発揮し、マザーたちを撤退させた。一方、プレイヤーも幻創種を撃退し、シップ内に入り込んだ敵を一掃した。
その後、コオリはオフィエルの洗脳によって正気を失っていたことが判明する。ヒツギは三度コオリと対峙。肉体の限界を超えてまで闘おうとする親友を救うためには殺すしかないと考えるが、プレイヤーによって止められる。その時、プレイヤーのフォトンがヒツギの刃に宿り、ヒツギはエーテルを切り裂いて浄化する能力に覚醒。コオリの洗脳を解き救い出した。
正気を取り戻したコオリを加え、一行はマザー・クラスタの本拠地がある月を目指す。この月そのものがマザーの肉体であり、内部は建造物が具現化していた。最初に立ちふさがった土の使徒アラトロンを打ち破るが、マザーの肉体から分離したエスカダーカーたちが一行に立ちふさがる。アラトロンはエスカダーカーとの戦いを引き受け、一行を先へと行かせる。
中枢区域にてプレイヤーたちはマザーを追い詰めるが、その時、マザーに宿っていたアルの力が逆にマザーを取り込んでしまう。あの時、ヒツギに憑依しようとしたダークファルスこそがアルだったのだ。アルはプレイヤーのフォトンで力と記憶を封印されていたが、その邪悪な力は弱ったマザーを依代としてしまい、エスカファルス・マザーへと変貌した。駆けつけたマトイとプレイヤーの力によりマザーは動きを封じられ、プレイヤーの声に応えたヒツギによってダークファルスの力は消滅。マザーとアルは分離した。
マザーの目的はアルの力を手にすることで地球と月と星を取り込み、シオンを超える存在となることだった。彼女は太古の昔、フォトナーが生み出した人造全知存在（シオンのコピー）の一つであり、一番最初に生まれた存在だった。しかし、制御できないという理由で遺棄され、その末に異世界である地球へと流れついたのだった。マザーはシオンを超える存在になることでフォトナーに復讐するつもりだったが、本当は捨てられた寂しさを埋めたかったことをヒツギに見抜かれる。
自らの過ちを受け入れ、一行と和解したマザー。だがしかし、突如現れたアーデムによって殺され、その力を吸収されてしまう。アーデムの目的はアークスとマザー・クラスタを争わせ、マザーの力を奪い取ることにあった。そして水の使徒オフィエルもまた、アーデムに心酔するアースガイドの一人だったのだ。そこへ火の使徒ファレグが現れ、アーデムと互角の攻防を展開。アーデムが撤退したことでその場は幕を引いた。
アーデムの正体は人類の祖アダムであった。ファレグはその妻イブ。二人は人類に対する意見の違いから対立していたのだ。アーデムは戦争を繰り返し殺し合う人類に絶望し、マザーの力でエーテルを操り、神を具現化させることで世界再編（パラダイムシフト）を行い、地球を丸ごと創り変えようとしていた。ヒツギたちから協力を申し出られたプレイヤーは快く応じ、アースガイド本部地下へと向かう。最初の関門として立ちふさがったオフィエルと戦闘、追い詰めるが彼の目的は時間稼ぎ。そこへファレグが現れ、オフィエルの相手を引き受ける。まったく勝負にならずオフィエルはボコボコにされ、二度と反乱など考えられないくらい再教育された。
道中、プレイヤーたちの行く手を天使型幻創種が阻む。これはなにも知らなかったアースガイドのメンバーがエーテルを打ち込まれ、アーデムがイメージする「進化した人類のなりそこない」となったモノだった。進退窮まったところ、ファレグによって助け出されていたオークゥ、フル、アラトロンが参戦。天使型幻創種の相手を引き受け、プレイヤーたちを先へと行かせる。最深部にてついアーデムと対峙。しかし、アーデムの目的は自らの肉体にエーテルを打ち込み、神を具現化させることだった。こうして具現化した神ことデウス・ヒューナスは、アーデムの望みに応え地球を消滅させ、新たなる歴史を刻む地球を生み出すことを告げる。エーテル能力を封じて優位に立つが、プレイヤーがこの次元の人間ではないと知ると無用な争いを避けるべく強制的にオラクルへと送還させる。
もはやヒツギたちに闘う術はなく、殺されそうになる。しかし、シエラがPSO2の機能を利用したことで地球への道を開き、プレイヤーは戦場へと帰還。更にアルに残っていたマザーの意識と力により、デウスはエーテル干渉ができなくなり、プレイヤーを送り返す転移能力も封じられた。死闘の末、デウスはプレイヤーの猛攻の前に隙が生まれ、その間隙を突いたヒツギの一撃により膝を突く。
そしてヒツギの説得を聞き、その言葉を信じたデウスは自ら消え去って行った。解放されたアーデムにも最期が訪れようとしていた。最期の最期にエンガと和解し、アーデムは人類に希望を見出し天へと昇って行った。
しかし、戦いはまだ終わっていなかった。アーデムが抱いていた数万年にも及ぶ絶望が、膨大なエーテルと結合し幻創種を具現化。それはプレイヤーたちが戦ったデウス・ヒューナスだった。しかし、これはアーデムの絶望を反映しただけの幻創種に過ぎず、上述のデウスとはまったくの別物。神の威厳など持たず、ただただアーデムの絶望に応え、地球を創り変えようとする存在に過ぎなかった。
最終決戦の地、具現化した世界樹（ムー大陸）へと渡るプレイヤー。大樹を登りながらデウスと戦いを繰り広げ、最上層にて形態を変えたデウス・アンジェスを打ち倒す。しかし、デウス・エスカは真の姿であるデウスエスカ・ゼフィロスへと変身。月の一部を砕き、地球へと落下させることで地球の破壊を目論む。しかしプレイヤーの手によってデウス・エスカは敗北を喫し、神を超えた人の力に驚愕しながら消え去った。
その後、より強大な力を得たデウス・エスカはデウスエスカ・グラーシアとなって再出現。破壊の力ではプレイヤーに勝つことはできず、偽りの神は人の力によって二度の敗北を喫した。
つかの間の平穏を謳歌するヒツギたち。マザー・クラスタとアースガイドは和解し、それぞれの日常へと帰って行った。そんな中、プレイヤーは火の使徒ファレグから決闘を申し込まれる。数万年の間、己の肉体を鍛え続けた彼女は、自分の力を受け止められるのはプレイヤーしかいないと見て好敵手として考えていた。
人でありながら人を超えた力を持つ魔人ファレグ。
力以上の強さを得て英雄となったプレイヤー。
死闘を制したのはプレイヤーだった。敗北を認めたファレグはいつか訪れる再戦を告げ、プレイヤーを超えるという目標を抱いたことでより強くなれることを悦び、立ち去って行った。
