1989年に秋田内陸線が全線開業することになり、全線を速達運転する列車として新設された。列車名は沿線の北秋田市にある「森吉山」にちなむもの。速達列車であるため、乗車時には追加料金(急行料金)として大人320円(50kmまでの場合160円)が必要になっている。
開業当初は急行専用車AN8900形使用・2往復の運転であったが、利用客減少に伴い、本来は普通列車用のAN8800形を「もりよし」に使うことで運用効率を向上させている。
現在は区間列車あり・1.5往復の運転。AN8900形・AN2000形による2両編成は繁忙期のみの運用。
