概要
第06チーム隊長を5ヶ月務め、現役復帰後は自分好みでストライカーチームの選抜・編成（と女子達の着替えとパイタ…もといスキンシップ）する権限を持つ猫。公式設定でプレイヤーの分身である。
プレイヤーからの通称は「隊長」のほかに「猫隊長」など。
その実態はただの猫ではなく、異次元を渡れる能力を持たないプレイヤーの意識が(スマホを通して)乗り移って操っている。頭の中に直接声を響かせる念話能力により会話が可能。
劇中の「隊長」はモルガナ撃退寸前で記憶喪失になり、メインストーリーモードのエピソード1はフィフス・フォース結成経緯から、隊長がエテルノで目覚める（初回パートナー選択）までの5ヶ月間の出来事を追体験する。
「中の人(プレイヤー)」の性別はメンバー達にとっては不明だが男性だと仮定している者もいて(人外相手にお兄ちゃん呼ばわりされたり、逆に勝手に中の人を男性と決め付けていたことを気にされたり)、告白イベントが用意される他、メンバー達の身体を触り過ぎと（基本は）怒られる。親愛度次第で容認されることも……
だが所詮は猫なので、劇中の隊長たちは告白に応じることも断ることもなく、告白イベントはうやむやに終わることが多い。そもそも一部の告白は相手の物騒な発言を聞かされたり、重大な秘密を知る涙線崩壊モノなど、恋の告白らしくない内容も多い。一応、その後2人だけでデートしたりなどの個別イベントはある。
告白と親愛編あるとは言え、性別は今でも不明、猫隊長は一般的な主人公キャラではなく、あくまでメンバーを見守る存在としてあり続ける。そのためEPII以後の隊長はメインストーリーに関わらないが、EPIIIとEPキラルでは「彼女たちの物語を見届けること」自体が物語の鍵となる。
もちろん我らプレイヤーはただの観客（物語上は観測者）ではなく、「第四の壁壊しの常習犯たちがいきなりプレイヤーに語り」や「猫隊長が登場しないはずのチャンネルキラルでは意識だけで水鳴かなを手助けとする」など事態も発生する。
追加キャラ親愛編とイベントシナリオでの隊長の性別名詞あまり出ないようになっており、性別不明についてはある意味、2019年6月の謎解きヒントの一つだと言えなくもないが、プレイヤー今でも隊長が男性と決めつけた場合は理解できなくなる。（ちなみにその劇中劇あるシーンは母親でも父親でもなく「親」を使用する）
プレイヤーがログアウトしてる間はただの猫に戻っている。
今のところ、猫嫌いのメインキャラやサブキャラは存在しないが、ゲストキャラはこの限りではない。2019年ではついにあの方がゲストとしてエテルノに訪れた。もっとも、猫嫌いエピソードの再現は皆無で、コラボ期間では彼女と大富豪を遊ぶことも出来ていた。
メンバーから主な呼称は「隊長（+敬称）」、敬称や表記はメンバーによって異なるが、高嶺アコからはボス、隼坂翠からは隊長ちゃんと呼ばれる。
猫ゆえの問題
いくら隊長と言っても肉体的にはただの猫。そのためバレンタインデーとの相性は最悪なキャラ設定だが(猫はチョコを食べると中毒症状を起こす)、バレンタインシナリオは「メンバー全員が猫に無害なチョコ(観賞用アイテム)を作って隊長にあげる」というものだった。
各キャラの誕生日には、多くの猫隊長達が課金節約のためにメロンパンやネイルシールやキーホルダーばかりをプレセントとして何十個あるいは何百個とプレゼントするという暴挙を行う事が多い(誕生日にプレゼントすると必ず回復アイテムやガチャチケットなどの返礼を貰えるため)。pixiv上でもこのことをネタにするイラストがある。
外見が猫であるため、その体と肉球がメンバーに触られたことがあり、特に冬限定台詞では隊長をモフモフするメンバーが増えている(一部はスクスト2からの新台詞)。
劇中で猫の姿が全く登場しないわけではなく、一部のメインストーリーでは猫のシルエットが表示される。毛色や猫種については明言されていない。
チャンネル(平行世界のようなもの)という設定があるので、プレイヤーによって種類は様々とも解釈可能。
アニメ版では、白と黒の毛色をした猫（いわゆるハチワレ柄）が登場。こちらは普通の猫のようで、喋ることもテレパスすることもないが、最終話ではある行動を取る。
余談だが、1作目の小説版「Novel Channel」ではある人物が隊長とは別の三毛猫になった。
エピソード1ネタバレ
隊長さん
元々の隊長の身体は、平行世界の美山椿芽が拾って飼っていた猫で名前が「隊長」だった。この頃は念話能力など全くないただの猫。
転生
前述の通り、隊長の「意識」はまぎれもなくプレイヤー自身である。メンバーが語る「隊長」の性別と人物像についてはメンバーの推測に過ぎず、「依り代は猫」以外の公式設定や隊長視点の公式ストーリーは存在しない。
記憶喪失になる前の隊長は現在の隊長の意識(プレイヤー)の前世であり、猫の身体は前世の隊長本人の物、記憶になくとも現在のプレイヤーと同一人物である。
さらに記憶喪失になる前の隊長は、ただの猫である「隊長さん」がステラプリズム埋め込みの処置によって得た転生能力を使って、念話能力をもった同じ猫種の新しい猫に生まれ変わった姿。つまり「隊長さん」は隊長(プレイヤー)の前世の前世にあたる。
エピソードIで隊長が辿った出来事を時系列順に書くと以下のようになる。
前々世
- アルタイル・トルテのバトルスーツが存在する世界で、山奥の研究所に迷い込み沙島茜に飼われる。
- 沙島茜によってステラプリズム埋め込み処置を施され死亡時の転生能力を得る。
- モルガナ化する直前の沙島茜が猫を研究所の外に放ち、野良猫に戻る。
- 椿芽が拾って、この世界のアルタイル・トルテに「隊長さん」と呼ばれながら飼われる。
- エテルノのアルタイル・トルテがやって来る。
- この世界のアルタイル・トルテがモルガナ(沙島茜)を倒す。
- エテルノのアルタイル・トルテがエテルノに帰還。
- 新たなモルガナによって椿芽以外のアルタイル・トルテ全滅。
- 椿芽と一緒に焦げたパンなどを食べる。
- 新たなモルガナによって椿芽と隊長死亡、椿芽を巻き込んで転生能力発動。
- 集合無意識的な存在と邂逅。転生。
前世
- 何者かの計らいでティエラ先生に指示があり、エテルノで第06チーム「アルタイル・トルテ」の隊長就任。なぜか念話可能。
- 隊長として5ヶ月間任務をこなす。メンバーが別世界に迷い込んで前世の「隊長さん」に会ったりもする。
- モルガナの攻撃で記憶を失う。「最後の戦い」に敗れたモルガナが逃走を試みる。
- 隊長は記憶を失いながらも前世で抱いていた想いによって逃げようとしているモルガナに特攻。転生能力を自らの意思で強制発動してモルガナを巻き込んで消滅(意識は転生して、身体もどこかへ転移)。
- ティエラ先生の捜索により、意識が抜けて念話しないただの猫になった隊長の身体を発見。
- 5ヶ月間接していて隊長の意識を判別できるアルタイル・トルテが隊長の意識の転生先を探すことに。
今世
- 隊長の意識がとある世界の人間(=プレイヤー)として転生。前世の記憶は一切ないまま成長する。
- アルタイル・トルテが転生した隊長の意識を感じ取る。どんな世界かあまり視認できないものの無意識下に対して呼びかける。
- エテルノの猫隊長の身体に隊長の意識が降臨。前世で記憶喪失になった直後の記憶を断片的に思い出す。
- アルタイル・トルテのメンバー達から5ヶ月間隊長をやっていたが記憶を失っていることを明かされる。
- 選抜チームの隊長に就任。選抜チームを指揮しながら前世や前々世の記憶を思い出していく。
さらに…
エピソードIIIではさらに前々々世が時空管理局の『謎の観測者』こと、神装世界の少女の意識の片割れ（エピソードIII冒頭でプレイヤーが選択するヒロインの一人)である事が判明する。
エピソードchiralでも、ある人物の願いを聞き、運命の選択を任される。
