2003年にエニックスとスクウェアが合併して誕生した企業。
『ドラゴンクエスト』シリーズや『ファイナルファンタジー』シリーズなどロールプレイングゲームの制作を得意とする。その他にも多数のジャンルのゲームを製作している。
特にドラクエ・FFは日本を代表するRPGの2大巨塔であった事から、合併時は業界に大きな衝撃を与えた。
2008年10月には、スクウェア・エニックスは持株会社体制へ移行し、分社化。以後のスクウェア・エニックスは分社化した事業会社の方である。

先に「スクウェア」の名が付く上にロゴも旧スクウェアのものと同じ配色であり、旧スクウェア側の社長が合併会社の社長に就任したため、スクウェアがエニックスを吸収合併したと勘違いされることがあるが、法規上は創業が古いエニックスがスクウェアを合併したことになっている。現在、上記の通り旧エニックスであった法人は持株会社のスクウェア・エニックス・ホールディングスとなっている。

合併会社の新社名を検討するに当たり、会社のブランディングの観点から、「今後買収等があっても社名変更は実施しない」「新しい社名を起こすのはリセットの印象がかかって問題」、ということで安直に2社の社名連結という方針となったという。ということで「エニックス・スクウェア」と「スクウェア・エニックス」の2案となったが、和英ともに語感の良さがあったことや、英語圏でのスクウェアの知名度を考慮して、「スクウェア・エニックス」に最終的に決まったとの事である（出典）。

映画の失敗で窮地に陥ったスクウェアを救済する事で、ドラゴンクエストの有無に左右されやすいエニックスの状態を改善しタイトルの充実をさせる事で収益が安定するとエニックスが考えた…とされているが、真相は違っていたようである。

当時のスクウェア社長でそのまま合併法人初代の社長になった和田洋一が退任後に講演で述べたところでは、合併話が持ち上がった時点でスクウェアの財務状態は改善していたという。これは旧スクウェアが窮地に陥っていた時、SCE（現:SIE）から救済を受けていたのと、和田が徹底的に旧スクウェアの財務状況を洗い出していた為である。ちなみに窮地に陥っていた段階で結構無茶苦茶な状態だったらしい。

そうこうしている内に、当時のエニックス社長で合併法人では副社長となった本多圭司と話を持つ機会があり、意気投合して何度か話し合っている内に合併話が持ち上がったのだという。そのことは和田には眼中になく、エニックスを改めて調べたところ、当時のスクウェアには無かった自前の海外ルート（下記）やモバイルへの取り組みがあり、そのシナジーが期待できたからのようだ。

※意外なことだが、合併前のスクウェアにはEAとの合弁の海外事業はあったが、海外展開はその合弁かハード会社へ委託する形だったので、自前の海外ルートが無かったのだ。なおその合弁事業会社は後の合弁解消にあたって事実上スクエニが引き取っており、後の北米法人の前身となった。

グループ企業に、タイトー、TOKYO RPG Factoryなど。

両社の動向を追っていないユーザーには勘違いされ易いが、当初トゥームレイダー等のローカライズを手掛けていたのはエニックスなので要注意。しかし2008年にそのリリース元のアイドスを買収し、スクウェア・エニックス・ヨーロッパとして改組されて現在に至っているため、アイドスのIPはスクエニの所有となっている。

スマホアプリについては多数の会社が関わりここに書き切れない程リリースされている。

主なゲーム作品

旧エニックス系

トライエース系

旧アイドス系（現：スクウェア・エニックス・ヨーロッパ）

旧スクウェア系

その他あるいは合併後

タクティクスオウガ
「NieR」シリーズ（ドラッグオンドラグーンシリーズとNieRシリーズを併せた記事はこちら。）
すばらしきこのせかい
ナナシノゲエム
ブレイブリーデフォルト
ラストレムナント
シグマハーモニクス
いけにえと雪のセツナ
NieR:Automata
SINoALICE(シノアリス)
グリムノーツ
メルファリアマーチ
ポップアップストーリー
戦国IXA
アカシックリコード
MONSTER×DRAGON
パーティーキャッスル
スクールガールストライカーズ
スクールオブラグナロク
ミリオンアーサーシリーズ
超速変形ジャイロゼッター
ガンスリンガーストラトス
ロードオブヴァーミリオン
プロジェクト東京ドールズ
オクトパストラベラー
ゲシュタルト・オーディン
バランワンダーワールド

合併当初は旧スクウェア系タイトルは自社開発、旧エニックス系タイトルは開発を外注していた（品質管理は自社でやっていた）が、徐々にその傾向は外れていき、2000年代後半になると旧スクウェアでも外注するタイトルが現れ、逆に開発は完全に外注であったドラクエシリーズでもX、XI、ビルダーズのように内製タイトルも出てきている。

出版業

旧エニックス系(もともとエニックスの本業は出版社)。
漫画(ガンガン)・ゲーム関連書籍を主体とする。

何故か、自社のゲーム関連書籍の出版には消極的で、むしろ他社のゲームの関連書籍のほうが充実している。理由はよく分かっていない（ゲーム事業部との確執説、ネタバレ防止の為の口止め説などがある）。
ちなみに、エニックスが合併への道を歩むことになる原因を作ったのも出版事業部だった。

合併前のお家騒動や、SNKに著作権侵害で刑事告訴された事（現在は和解済）も含め問題が多い。
お家騒動時に独立したマッグガーデンを和解後に傘下に加えていたが、合併後の2005年に手放している。

因みに講談社とは反対に連載作家は生え抜き作家率が非常に高く、ガンガンJOKER等では外部からの作家が殆どいない。