2003年にエニックスとスクウェアが合併して誕生した企業で『ドラゴンクエストシリーズ』や『ファイナルファンタジーシリーズ』などロールプレイングゲームの制作を得意とする。その他にも多数のジャンルのゲームを製作している。

2006年3月は、タイトーを完全子会社化している（当時の法人格はスクウェア・エニックスグループ内に組み込まれる際に消滅しており、その後も再編があり、2010年以降は3代目法人となっている）。2008年10月には、スクウェア・エニックスは持株会社体制へ移行し、分社化。以後のスクウェア・エニックスは分社化した事業会社の方である。

先に「スクウェア」の名が付く上にロゴも旧スクウェアのものと同じ配色であり、旧スクウェア側の社長が合併会社の初代社長に就任したため、スクウェアがエニックスを吸収合併したように見えるが、創業が古いエニックスを存続会社としてスクウェアを吸収合併し、（旧）スクウェア・エニックスを設立しており、現在のスクウェア・エニックスホールディングスは旧エニックスの法人格を引き継いでいる。

合併会社の新社名を検討するに当たり、会社のブランディングの観点から、「今後買収等があっても社名変更は実施しない」「新しい社名を起こすのはリセットの印象がかかって問題」、ということで安直に2社の社名連結という方針となったという。ということで「エニックス・スクウェア」と「スクウェア・エニックス」の2案となったが、和英ともに語感の良さがあったことや、英語圏でのスクウェアの知名度を考慮して、「スクウェア・エニックス」に最終的に決まったとの事である（出典）。

映画の失敗で窮地に陥ったスクウェアを救済する事で、ドラゴンクエストの有無に左右されやすいエニックスの状態を改善しタイトルの充実をさせる事で収益が安定するとエニックスが考えた…とされているが、真相は違っていたようである。

当時のスクウェア社長でそのまま合併法人初代の社長になった和田洋一が退任後に講演で述べたところでは、合併話が持ち上がった時点でスクウェアの財務状態は改善していたという。これは旧スクウェアが窮地に陥っていた時、SCE（現:SIE）から救済を受けていたのと、和田が徹底的に旧スクウェアの財務状況を洗い出していた為である。ちなみに窮地に陥っていた段階で結構無茶苦茶な状態だったらしい。

そうこうしている内に、当時のエニックス社長で合併法人では副社長となった本多圭司と話を持つ機会があり、意気投合して何度か話し合っている内に合併話が持ち上がったのだという。そのことは和田には眼中になく、エニックスを改めて調べたところ、当時のスクウェアには無かった自前の海外ルート（下記）やモバイルへの取り組みがあり、そのシナジーが期待できたからのようだ。

※意外なことだが、合併前のスクウェアにはEAとの合弁の海外事業はあったが、海外展開はその合弁かハード会社へ委託する形だったので、自前の海外ルートが無かったのだ。なおその合弁事業会社は後の合弁解消にあたって事実上スクエニが引き取っており、後の北米法人の前身となった。

グループ企業に、タイトー、TOKYO RPG Factoryなど。

両社の動向を追っていないユーザーには勘違いされ易いが、当初トゥームレイダー等のローカライズを手掛けていたのはエニックスなので要注意。しかし2008年にそのリリース元のアイドスを買収し、アイドスのIPはスクエニの所有となっていた。しかし2022年にクリスタルダイナミクスとアイドス・インタラクティブ等と保有IPをスウェーデンのエンブレーサーグループへ売却する決定が行われ、2022年8月に手続きが完了し、アイドス系譜のIP（トゥームレイダー、DeusEx他）はスクエニグループを離れた。

スマホアプリについては多数の会社が関わりここに書き切れない程リリースされている。

合併後の問題点

社風の違い

ファイナルファンタジーのスクウェアとドラゴンクエストのエニックスによる日本が誇る2国産RPGメーカーの2大巨塔による合併は当時ゲーム業界に衝撃を与え、任天堂に次ぐ国内2位のゲームメーカーとなったスクウェア・エニックス。

しかし、元々が神奈川のゲーム開発のエリート集団スクウェアと元が出版社でゲーム開発のノウハウは持たず、企画だけに留めていたエニックスとでは元の社風が全く異なる。つまり、スクウェアの開発力とエニックスの企画力は対等で両翼な関係でなければならず、どちらかが傾くとあっという間に経営不振やファンに不信感を抱かれる危険性が高まるという負の側面を持ち合わせている。

特に旧エニックス側の人間が経営権を持ち始めると、『聖剣伝説3』『ディシディアファイナルファンタジー』など旧スクウェアのタイトルが外注としで開発されるようになる。これらを開発しているうちはまだ良かった。だが、コロナ禍に入り、社員のチェックが現場任せと化するとスクエニの評判は地の底へと叩き起こされるようになる。

タイトルの乱立

主にスマホゲームの外注を過剰発注したのもあり、それ以来スクエニでは炎上、売上不振、アプリがサービス開始から1年前後で早期終了を迎えるタイトルが相次いでおり、ユーザーからは散々な暴言が後を絶たない。

一方、「ブレイブリーデフォルト」や「オクトパストラベラー」を開発したチームや『NieR』を開発したチームは順調なのだが裏を返せばそのチームが衰退すれば会社自体が危機に陥る事を意味しており、1つのゲームに偏ってしまえばかつて起きた出来事の二の舞となってしまう。

今現在、スクエニの状況は決して芳しくなく、下手をするとかつて両社が発売した大型タイトルに振り回されている部分があり、新規IPの育成が難しく過去作のリメイクやリマスターゲームが多いのが現状である。

以下は特に悪評を招いた事案を紹介。

事案1：『バランワンダーワールド』
- バランワンダーランドは『ソニック・ザ・ヘッジホッグ』を生み出した中裕司氏と大島直人氏のタッグによるアクションゲームなのだが、20年前のゲームかと言われるほど評価は芳しくなく、ゲーム発売後に中氏はスクエニに対し裁判を起こし泥沼化した挙句、中氏の逮捕という衝撃的な展開で幕が下りた。
事案2：『Marvel's Avengers』
- MARVELのヒーローチームであるアベンジャーズのゲーム化なのだが、バグやゲームバランスが悪く、オンラインのマッチング出来ない有様で兎に角ちぐはぐな部分が目立つゲームだが現在は諸々の大改修を経てUIや強化システムをして大きく変化したが余りにも遅すぎた。
事案3：『チョコボGP』
- システムは某レースゲームに似ているが独自のシステムとかもあり問題はそこではなく、ストーリーモードは酷評でオンライン対戦はシーズンごとにリセットされたりと不満が多く、何より課金を意識しているオンラインがメインに置かれている為、据え置きゲームなのにスマホゲームみたいな感じになっている。余談だが、開発は「ストリートファイターEX」「テトリスグランドマスターズ」を開発したアリカが担当。なぜ、レースのノウハウのない所に制作依頼をしたのか疑問としか言わざるおえない。
事案4：『ゲートオブナイトメア』
- 漫画家の真島ヒロ氏とスクエニがタッグを組んで出したアプリゲームなのだが、同じイベントの繰り返しでアイテムドロップもかなり悪く、アリーナでも演出が多いせいか落ちてしまう人がおり、掲示板とかは荒れに荒れてしまった。
事案5：『魔法科高校の劣等生ロストメモリーズ』
- 魔法科高校の劣等生のアプリゲームでリリースまでに長い時間が掛かったがサービス開始されてからは批判が多くストーリーは端折られており、ゲームシステムや操作性の悪さ、中にはエラーでタイトルに戻されたという人や、訳のわからないエラーメッセージが出るようになった人もおり、そしてメンテやアプデの度にカクついたりフリーズしたりして手抜き運営と言われる有様。
事案6：『聖剣伝説EchoesOfMama』
事案7：『FORSPOKEN(フォースポークン)』
事案8『バビロンズフォール』
事案9『ダイの大冒険インフィニティストラッシュ』

サービスが終了したり、中にはDLCやアップデートを繰り返したりして改善している部分もあるが、発売当初よりは遊べるという意見が大半を占めている。

信用回復のために

2023年3月に新社長として桐生隆司氏が就任した。

桐生社長は外注の比率高くなった反動でユーザーに売上不振やユーザーから満足できないタイトルが相次いでいる事に対して、自社タイトルの内製化を推し進めると共にまずは吉田直樹がプロデューサーを務める『ファイナルファンタジーXVI』を成功に収める事が優先だと語った。

6月に発売された『FF16』は世界500万本を売り上げたものの、PS5独占が祟り、爆発的なヒットしたとは言えず(この年ゲーム・オブ・ザ・イヤーの候補からも外されている。)3ヶ月後、『ダイの大冒険インフィニティストラッシュ』はアニメ化の段階から企画が進めていたのもので、既にアニメ放送が終了し、開発期間4年も要したにもかかわらず何度も作り直したかのような未完成の状態で売り出され、ファンから反感を買ってしまった。決算報告でスクエニは年間で2300億円の巨額損失を叩き出してしまった。それを示すかのよう『ファイナルファンタジー7リバース』の予約本数は前作のリメイクよりも伸び悩んでいる。

大型タイトルに振り回されるのではなくしっかりとしたゲーム作りをし、それを起爆剤として新規ゲームを軌道に乗せる事こそがスクウェア・エニックスにとって必要な急務なのかもしれない。

主なゲーム作品

※合併前に制作・販売された作品は元会社のエニックスやスクウェアの記事を参照。
※こちらでは合併後にも引き継がれたシリーズ作品、もしくは新規ゲーム作品のみ記載。

合併当初は旧スクウェア系タイトルは自社開発、旧エニックス系タイトルは開発を外注していた（品質管理は自社でやっていた）が、徐々にその傾向は外れていき、2000年代後半になると旧スクウェアでも外注するタイトルが現れ、逆に開発は完全に外注であったドラクエシリーズでもX、XI、ビルダーズ（第1作）のように内製タイトルも出てきている。

引き継がれた作品

新規ゲーム

国内作品

バビロンズフォール
鬼ノ哭ク邦
コード・エイジコマンダーズ〜継ぐ者継がれる者〜
ヘビーメタルサンダー
ディオフィールドクロニクル
クリスタルガーディアンズ
メジャマジ・マーチ
ロストウィンズウィンターオブメロディアス
くまなげ・バトル編〜キイナの嫌いな青いホウセキ〜
くまなげ・パズル編〜ピイナの好きな赤いキャンディ〜
ダンジョンエンカウンターズ
プロジェクト・シルフィード

海外作品

据置配信・ブラウザゲーム

アプリゲーム

リメイク・リマスター

※シリーズ作品は除く。

メディアミックス

プロデュース

2017年年末にディアステージと共同でバーチャルアイドルグループ「GEMSCOMPANY」を立ち上げる。バーチャルYouTuberとは異なり現実のアイドルと近い形をしており、次世代の声優を募集するオーディションで初期メンバーは11人。

当初は制作会社等の情報は隠して活動していたが、2018年に『【スクエニ新PJ】齊藤Pのゲームではないナニカをお披露目する放送。』で、スクウェア・エニックスが発足したバーチャルアイドルグループだと発表され、グループ名とディアステージに所属することが伝えられた。

出版業

旧エニックス系（もともとエニックスの本業は出版社）の漫画（ガンガン）・ゲーム関連書籍を主体とする。漫画系出版でのシェアは集英社、講談社、小学館、KADOKAWAと並んで5大漫画出版社とも言われており、秋田書店よりシェアが高い。

何故か、自社のゲーム関連書籍の出版には消極的で、むしろ他社のゲームの関連書籍のほうが充実している。理由はよく分かっていない（ゲーム事業部との確執説、ネタバレ防止の為の口止め説などがある）。

ちなみに、エニックスが合併への道を歩むことになる原因を作ったのも出版事業部だった。

合併前のお家騒動や、SNKに著作権侵害で刑事告訴された事（現在は和解済）も含め問題が多い。お家騒動時に独立したマッグガーデンを和解後に傘下に加えていたが、合併後の2005年に手放している。

因みに講談社とは反対に連載作家は生え抜き作家率が非常に高く、ガンガンJOKER等では外部からの作家が殆どいない。更に他社で活躍する作品ではスクエニ出身も珍しくない。奇しくも2021年以降の講談社は出版部門版の同社のゲーム部門と同じ状態に陥っておりあちらは校閲の不備やゲーム部門と同じく、講談社編集部の外注路線や現場丸投げ路線でゲーム部門と同じく信用を落としていた。

コミックDAYSではその講談社と白泉社と共に採用活動もしている。

更に2021年にはSQEXノベルスを創刊。なろう、カクヨム、DAYノベルスなどからの採用も結構多い。

なお、デジキューブから発行されていた攻略ガイド「アルティマニア」はデジキューブ倒産後に絶版になったが、合併後はエニックスが持っていた出版部からスクウェア・エニックス名義で再刊されたものがある。

連載の打ち切り基準は徹底した単行本売上主義でアンケート至上主義とジャンプとは対照的。
但し、アンケート内容は他社よりシビアになりやすい。
1巻の売上やWEB媒体などのアクセス数などで概ね打ち切り基準は決まりやすい。
その為、不人気による打ち切りでも最低2巻まで出す作品が多いのも特徴。
一方で他社と異なり人気作品でも無理な引き延ばしをやらずに綺麗に完結して次の作品を早く連載するケースも多い。