2003年にエニックスとスクウェアが合併して誕生した企業。
『ドラゴンクエスト』シリーズや『ファイナルファンタジー』シリーズなどロールプレイングゲームの制作を得意とする。その他にも多数のジャンルのゲームを製作している。
特にドラクエ・FFは日本を代表するRPGの2大巨塔であった事から、合併時は業界に大きな衝撃を与えた。
2008年10月には、スクウェア・エニックスは持株会社体制へ移行し、分社化。以後のスクウェア・エニックスは分社した事業会社の方である。

先に「スクウェア」の名がつき、ロゴも旧スクウェアのものと同じ配色のため、スクウェアがエニックスを吸収合併したと勘違いされることがあるが、法規上はエニックスがスクウェアを合併したことになっている。現在、上記のとおり、旧エニックスであった法人は持株会社のスクウェア・エニックス・ホールディングスとなっている。

映画の失敗窮地に陥ったスクウェアを救済する事でドラゴンクエストの有無に左右されやすいエニックスの状態を改善しタイトルの充実をさせる事で収益が安定するとエニックスが考えたのが真相である。

グループ企業に、タイトー、SGラボ、スマイルラボなど。

両社の動向を追っていないユーザーには勘違いされ易いが、トゥームレイダーなどのローカライズを手掛けていたのはエニックスなので要注意。

また、ヒットマンやトゥームレイダーなどをリリースしたエイドスは現在スクウェア・エニックス・ヨーロッパとして改組されている。

スマホアプリについては多数の会社が関わりここに書ききれない程リリースされている。

主なゲーム作品

エニックス系

トライエース系

スターオーシャンシリーズ　→ SOを参照
ヴァルキリープロファイルシリーズ

旧エイドス系（スクウェア・エニックス・ヨーロッパ）

旧スクウェア系

その他あるいは合併後

合併当初は旧スクウェア系タイトルは自社開発、旧エニックス系タイトルは開発を外注していた（品質管理は自社でやっていた）が、徐々にその傾向は外れていき、2000年代後半になると旧スクウェアでも外注するタイトルが現れ、逆に開発は完全に外注であったドラクエシリーズでもX、XI、ビルダーズのように内製タイトルも出てきている。

出版業

旧エニックス系(もともとエニックスの本業は出版社)。
漫画(ガンガン)・ゲーム関連書籍を主体とする。

何故か、自社のゲーム関連書籍の出版には消極的で、むしろ他社のゲームの関連書籍のほうが充実している。理由はよくわかっていない（ゲーム事業部との確執説、ネタバレ防止の為の口止め説などがある）。
ちなみに、エニックスが合併への道を歩むことになる原因を作ったのも出版事業部だった。

お家騒動やSNKに著作権の侵害で刑事告訴をされた事も含め問題が多い。

因みに講談社とは反対に連載作家は生え抜き作家率が非常に高く、ガンガンJOKER等では外部からの作家が殆どいない。