1953年1月17日生まれ、愛知県出身。
1971年デビュー、しかし一時期はGIを中々勝てないどころか出走する事すら叶わず、スランプに陥り引退も考えていた程。
転機は1987年タマモクロスとの出会い、同馬は翌年以降も活躍し8連勝し重賞6連勝GI3連勝を達成、その間オグリキャップとの激闘も展開。
1989年にはそのオグリキャップに騎乗する。
この活躍により騎乗への状況が改善する。
1993年ナリタブライアンとの出会いにより、翌1994年ナリタブライアンは史上5頭目の牡馬クラシック3冠馬となり、南井騎手も史上5人目の牡馬クラシック3冠騎手となる。
南井騎手はこの年マーベラスクラウンでJCも制し年間GI5勝を達成、長らく武騎手が更新するまで1位タイ記録として保持され続けた。
1998年サイレンススズカの唯一のGI勝利となる宝塚記念で勝利する。
1999年、騎手引退。
2000年調教師として工藤調教師から引き継いだ、ウイングアローで記念すべき第1回JCダートを制する。