概要
本作におけるモビルスーツを始めとした機動兵器の操縦に使われている有機デバイスシステムの通称。ちなみに、「阿頼耶識」は仏教用語に由来する（ヒトの認識の内、「無意識」を司るものを指す）。
脊髄にナノマシンを注入し「ピアス」と呼ばれるインプラント機器を埋め込み、その部分でナノマシンを介して操縦席側の端子と接続して、パイロットの神経と機体のシステムを直結させる。これにより脳内に空間認識を司る器官が疑似的に形成され、直感的かつ迅速な機体操作が可能になる。
一応、現実世界でもF-35等の最新戦闘機等への転用に向けて研究されているインターフェースで、ブレイン・マンマシーン・インターフェースと呼ばれる系統の技術である。
この施術によって対応した機器類の操縦が可能になり、それどころか文字（＝マニュアル）すら読めない者でも、MSの操縦が可能になる代物。
通常のMS操作は各種計器の数値と実際の空間把握に加え、訓練や座学の学習が相応に必要であり、慣れていなかったりデータ不足だと操作が遅れるどころか、起動すらもままならない。
しかし、阿頼耶識を施術した者は初めて乗った機体でもそれなりに動かせる上、脳とMSのリンクによって感覚的な操縦により、かなりフレキシブルで機械離れした動作が可能になる。また通常のMSの挙動はサンプリングした挙動パターンの組み合わせでしか動けないが、阿頼耶識操縦ではパターンを無視した、より人間らしい挙動を可能としており、MSパイロットなら機体の動きを見ただけで阿頼耶識システムの有無が判別可能。
恐らく機体のモーション・マニューバパターンを随時修正、あるいは新たに構築を直感的に行っていると思われる。
尚、モーショントレース式はパイロットの挙動等の物理運動を電気信号に変換して、外骨格型の操縦桿を纏っているようなもので、情報工学上の類似点は無い。
擬似的な空間認識能力を得られる為か、宇宙世紀における強化人間に近い。
機体を（文字通り）自らの手足の様に動かせる事実等からも、一般的なMSパイロットに比べると、反応速度や空間認識力において追随を許さない（恐らく、各種計器の情報を感覚に投影しているので空間認識失調を起こさない）。
その性質上、一対多数の乱戦、特に白兵戦において非常に高いアドバンテージを持ち、阿頼耶識を持つパイロットの多くが「乱戦になれば負けない」と豪語している程である。
機器を脊椎に埋め込む性質上、施術を受けた者の背中には特徴的な突起が出来、複数回の施術により情報交換量も増幅できる。また背中の突起のせいで、普段の生活も仰向けに寝られない等の不自由がある。
このように人体や私生活への悪影響も大きく、ギャラルホルンの宣伝も手伝って、地球では阿頼耶識システムに対する嫌悪感は強く、本編時点の時代ではギャラルホルン等の少年兵を使わない組織は、基本的に阿頼耶識対応MSを使っていない。
MW（モビルワーカー）程度の操縦ならまだしも、MSや戦艦ともなると扱う情報量の多さからか、負担が非常に大きく限られた者しか扱えない（劇中では、「脳への負荷によって鼻血が出る」描写がある。恐らく高血圧によるもの）。
三日月ですらバルバトスでの初陣は、戦闘後気を失っていた。
ガンダム・フレームには正規品以外の阿頼耶識が装着されている場合に於いて通常時、パイロットに過負荷にならないようにリミッターが課せられている。しかしパイロットが強引にリミッターを解除・解放するとガンダムのツインアイ部分が真っ赤に発光する特異現象が発生する。しかし、それは諸刃の剣で阿頼耶識システムの過負荷によって、パイロットには身体障害が現れる。グレイズ・アイン戦で1度目のリミッターを解除した三日月は戦闘後、右目の視力が衰え右手が動かなくなってしまった。そしてモビルアーマーハシュマルとの決戦で2度目のリミッター解除を行った戦闘後には、右半身不随の状態になっている。
元々は宇宙での機器操縦用の技術であり、本編300年前の厄祭戦の際にガンダム・フレームなどのMS（モビルスーツ）操縦用にギャラルホルンの前身組織で開発研究が行われていたものである。開発当時の倫理観でも非人道的な処置である事実は理解されていたらしく、AIが「敵を殲滅する」から「人類を殲滅する」に間違った進化をしたMAに対抗する為の非常手段｣としてセブンスターズの祖となる者達が率先して施術を受け、その自己犠牲的態度と活躍が現在まで続くギャラルホルンの地位の礎となった（劇中でも「『MAの討伐数』が各家の序列の根拠」だと言及されている）。
ガンダム・フレーム専用ではなく厄祭戦時代に開発されたロディ・フレーム等は本システムに対応している。厄祭戦時には大人にも施術が可能な技術だったが、ギャラルホルンの情報統制によって使用を禁止され技術が衰退していき、戦後開発のグレイズ・フレームやテイワズ・フレーム等では機体側が対応していない状態になっている。
300年が経過した鉄血のオルフェンズ本編では、オリジナルの技術が失われていたのだが、圏外圏では漏出した技術を闇手術の形で、身寄りのない少年兵やヒューマンデブリに施術する等、不完全な形ながらも使用は継続されていた。
長井監督は「阿頼耶識システムですが、能力ではなくシステムとしたのはなぜでしょうか?」とのご質問に、「阿頼耶識システムは、強さを感じさせる要素であり、 主人公たちに背負わせるものです。能力にしなかったのは、 単純に僕がニュータイプみたいな存在を扱いきれる自信がなかったのと、 リスクを背負って能力を授かるという形にしたかったからなんです。 見せ方としても、 能力はちょっと難しいんですよ」と答えた。(ムック「鉄血のオーファンズコンプリーション」101頁より)
また長井監督は「鉄血のオルフェンズメカニカルワークス」の「阿頼耶識は強化人間的な認識でいいですか」の質問で、「阿頼耶識はMSをストレスなく操縦するためのもの。 NT、強化人間とは違う。 視野が広くなったり、感知能力が生じるわけではない。 PDの世界は基本的にMSを操縦するのに必要なのは技量と身体であるため、素人に阿頼耶識を付けたところで、動きが滑らかになるだけ、戦いが下手なことには変わりない。だから三日月や昭弘の筋トレも無駄ではないんです」とし、鍛錬の重要性も強調した。(実際、ブルワーズのデブリ部隊は、阿頼耶識を施術していないタービンズに圧倒されている。)
一方、ギャラルホルン内でも極秘裏に阿頼耶識システムの研究は続けられており、特殊改造機であるグレイズ・アインに搭載されたものや、マクギリスが施術したものに繋がっていくのだった。
阿頼耶識システムの分類
阿頼耶識システム(流出)
この時代で最も広く施術されているタイプ。誰が製造し、流通させているのか不明。
圏外圏の民兵組織や海賊等に流出し使われている技術で、質が劣悪かつ低い為、順応性の高い成長期の子供にしか定着しないとされる。施術可能な年齢は明確でないが、二期序盤のハッシュの一件から、少なくとも17歳以上ではほぼ無理な模様。
民兵組織や海賊によって、行き場のないヒューマンデブリのような子供達に、無理やり乱暴な施術を行われるケースが大半で、拒絶反応によってそのまま死亡するか、中枢神経系に重篤な障害を負う者が多い。
CGSでは施術を受けた少年の4割が失敗していた。ハッシュの過去の仲間であるビルスは手術の失敗で半身不随となった挙げ句、ピアスを中心に背中一面が赤く腫れ上がると、悲惨な状態であった。
上記の通り、1回の施術にすら耐えられない者も多く、複数回の施術に耐えられる者はごく稀である。事実鉄華団内においても複数回施術され成功したのは明弘（＝2回）と三日月（＝3回）しかいない。主人公の三日月・オーガスはこの手術に3度成功しているのもあり、ピアスも三本埋め込まれている。だが、3度成功してようやくオリジナルの阿頼耶識の性能と同等になる。
また、施術成功後も使用者に掛かる負担が大きく、身体機能に障害を負う場合もある。恐らく、本来ハブとしての機能を兼ねる金属端子部がその機能の喪失によって、神経接続がMS側へと固定される為に生じると思われる（脳への負荷の増減に対しては、脳は神経構造の組み換えで適応するので考えづらい）。もっとも不随状態として一般的な神経断裂のように、不随意部分の生体組織の壊死は生じず、あくまで単に施術者の随意制御にならなくなるだけで、生命体としての機能は完全に維持されている。
鉄華団の前身組織「CGS」は、少年兵には阿頼耶識施術を入団条件とし強制していたが、オルガが鉄華団長となって独立して以降は、新規団員への施術を禁じている。
グレイズ・アイン用阿頼耶識システム
「瀕死の重傷を負ったアイン・ダルトンを助ける為」と称してガエリオ・ボードウィンが苦肉の策で、阿頼耶識の施術を実行して組み込まれたシステム。
本来なら大人にはナノマシンが定着しないはずだが、大人である彼に阿頼耶識を定着させたその方法とは搭乗者のバストアップ部分以外を切断し、培養液漬けのコックピットと一体化させグレイズ・アインの生体ユニット化すると、あまりに非人道的なもので、ガエリオもその真相を知った時、凍りついたのは言うまでもない。
だが、こんな無残な姿になってもアインは技術者達に対し、クランク・ゼントの敵を取る為に再び戦える事実に喜びと感謝を感じたり、生体ユニット化したアインの言動・戦法はかつての彼ではまず見られなかった、高揚感や残虐性も相まって、解離性麻薬に似た症状を発症、もはや狂気そのもののレベルに達していた。
三日月との戦闘時にコクピット内のカットがあったが、激しい言葉を発し続けているはずの彼の表情は無表情のままであった等、生身の肉体の方は心肺機能以外停止していたと思われる。
このアインの阿頼耶識はマクギリス・ファリドの謀略で、ギャラルホルンの腐敗の証明にして、権威失墜の既成事実に利用された他、後述するように二期でもターニングポイントとなっている。
阿頼耶識システム TYPE-E
ガンダムヴィダールに組み込まれた疑似阿頼耶識システム。一期最終話で撃墜されたグレイズ・アインの阿頼耶識システムと死亡したアインの脳をそのままシステムに組み込んだ物。
阿頼耶識と搭乗者の間に別の脳（アインの脳）を介在させ、パイロットの脳への負担と過負荷を軽減・回避しつつ、阿頼耶識リミッター解除に匹敵する効果を得られるもの。これによって三日月の乗るガンダムバルバトス ルプスレクスとも互角の戦闘が可能となった。
後にガンダムキマリスヴィダールに換装後もシステムは続投されたが、マクギリスのガンダムバエルとの戦いで、システムはアインの脳を含めて損壊。パイロットのガエリオも生存こそしたものの、歩行補助を兼ねていた接続用有機デバイスを手術で除去してしまった為、車椅子生活を余儀なくされている。
第三者の脳を使う非人道的なシステムである為、マクギリスへの復讐に駆られたガエリオの搭乗した機体以外には使用されず、今後も他の機体に使用される事態はないと思われる。
TYPE-Eの由来はアイン・ダルトン（Ein Dalton）の頭文字からと推測される。
阿頼耶識システム(オリジナル)
幼少期からギャラルホルンの権威の象徴・ガンダムバエルを手中に納めるのを企んでいたマクギリスが、上記の「グレイズ・アイン」の実験データを元に復活させた、厄祭戦当時の性能を再現したオリジナルの阿頼耶識システム。
厄祭戦当時の旧式コクピットを使用しているバエルに合わせて、マクギリスの身体に施術されたコネクターも、鉄華団のとは全く異なった形状である。
厄祭戦時代の性能を完全再現しており、このシステムでバエルと人機一体になっていたマクギリスは、不意打ちのダインスレイヴを完全回避、ギャラルホルンの大部隊を一機で蹴散らす等、圧倒的な力を発揮した。
特異ケース
公式外伝の機動戦士ガンダム鉄血のオルフェンズ月鋼では、主人公のアルジ・ミラージの義手をヴォルコ・ウォーレンが改造を施し、阿頼耶識システムを擬似的に起動させガンダムアスタロトの運用を可能にした。
但し、飽くまでガンダムを起動させるだけ（＝自動車にキーを挿すようなもの）でしかなく、阿頼耶識の恩恵はほぼない。
ゲームにおける阿頼耶識システム
Gジェネレーションクロスレイズにて、パイロットアビリティとMSアビリティの両方で実装される。
概ねパイロットアビリティはクリティカル率上昇、MSアビリティはパイロットの反応力上昇の効果が見込める。
但し、パイロットアビリティの阿頼耶識システムは、アビリティ所持MSに乗せれば発動するが、MSアビリティのそれはパイロットアビリティの種類が一致しないと発動しない為、真価を発揮させるのは苦労する。
また、上記のクリティカル率上昇は、超強気になると常時クリティカルになるゲームの仕様上、前述の状態になった途端に腐るのも難点。
阿頼耶識システムLv.1の場合、対応したMSの数こそあるが、ガンダムフラウロス以外、ほぼ戦力として厳しい機体が多数なのが難点。
阿頼耶識システムLv.2はガンダムグシオンリベイク系統、同Lv.3はガンダムバルバトス系統と戦力になるが、原作パイロットしか対応しないのが難点で、これは阿頼耶識システム(オリジナル)や阿頼耶識システムType-Eも同様。
一応、対応する阿頼耶識システムを所持するキャラクターをスカウトすれば、前述の問題は解決する……が、その内『阿頼耶識システム(生体ユニット)』（＝グレイズ・アイン用阿頼耶識システム）を所持しているキャラクターのアイン・ダルトンはスカウト不可能（通常のアイン・ダルトンは可能）。
その為、グレイズ・アインをフル活用する場合『鉄血のオルフェンズ』STAGE7を難易度HELLで選択し、同ステージのグレイズ・アインを倒さなければならない（しかも、運が悪いとリセットの必要もある）のが難点。
余談
本編ではガンダムに阿頼耶識を接続して戦ったパイロットは全員戦死と、悲惨な最期を遂げており、ガンダム乗りで唯一ガエリオが生存できたのは上述通り直接の接続はせず、アインが負担を軽減していたのが大きいと思われ、放映終了後の長井監督のラジオでのコメント曰く一連の戦闘終了後、アインの脳はマクギリスとの激しい戦闘の負荷により「焼き切れた」状態となり、アインの脳を挟んでいなければ、ガエリオも確実に死亡していたと見られる（実際には人間の脳が焼き切れる事態は、生理作用として存在しない。強いて推測すれば、アインの脳髄を収めたポッド等の部位が、常時阿頼耶識の起動で熱暴走を起こし、それにより脳髄を保護する液剤が沸騰・蒸発した為に「焼き切れた」のに近い状態になった？）。
劇中では「三日月のみ何度も施術を受けて耐えた」として背部の受信ピンが多く描かれているが、コネクターは専用の物では無く、昭弘やシノのような他者との違いや優位性の技術的根拠は明確に描写されなかった。
この事実が鉄血世界のガンダムの搭乗＝悪魔との契約の例えに、否応なしに説得力を持たせており、阿頼耶識も強化人間に含めるならガンダムシリーズを通して語られてきた「強化人間はほぼ戦死する」ジンクスは、この作品でも例外ではなかったようである。
pixivではアニメ公開前の先行映像から「なぜ三日月をはじめとするパイロット達は上半身裸なのか」との疑問から、「実は背中にデバイスが付いてるのではないか？」と逆算したイラストを投稿したユーザーも存在するが、正しくその通りであった。
尚、女性の阿頼耶識システム施術者はアニメ本編でも、外伝『月鋼』でも出なかった（クーデリア他が施術を求めるシチュ等は有った）。これはアニメ本編で地上等の呼吸の出来る環境下では、上半身が裸で操縦するシチュが有った事実等から「女性施術者に上半身が裸の格好させると放送レーティングに引っ掛かる」問題が有った為、女性の施術者がアニメ本編では登場できなくなり、本編設定に準じた外伝の『月鋼』でもそれに準じ、「施術者に女性は居ない」状態のままにされた物と推察されている。
そもそも鉄血の世界観上、女性の孤児やヒューマンデブリは戦場に出すよりも、娼婦や性奴隷扱いが多いと推測されるので、女性に阿頼耶識の施術の必要性がなく、仮に戦場に出るとしてもタービンズのように女性中心かつ阿頼耶識手術なしの組織で戦いが殆どである。
……とはいえあくまでも出てこないだけでクーデリアが手術を懇願している以上、女性の阿頼耶識手術を行った人物は存在しているのかもしれない。
関連項目
他ガンダム作品
モビルトレースシステム：体にデバイスを埋め込むのではなく、ファイティングスーツを着て外付け式にデバイスを装着する。空間認識に関しては従来通り計器情報を読み込んでイメージするしかない。
ゼロシステム：デバイスは存在しないが、脳に大量の情報をフィードバックし負荷がかかる点で共通している。
サイコ・ザク：グレイズ・アイン用阿頼耶識と類似するシステム『リユース・サイコ・デバイス』を搭載するMS。パイロットの四肢を切断し、コックピットに直結させる事でパイロットの思考によって直感的に動作させ、単機で艦隊を殲滅させられる程の超反応を実現させる。サイコミュを連想させる名前だが、全くの無関係。またこちらは義肢さえ用意できれば施術者を平時日常生活に戻せる。
GUND-ARM：次回作に登場するガンダムのタイプ。人体に負荷をかける点と機体が発光する点が共通している。
ガンダム作品以外
ドクター・オクトパス：手術を施してロボットアームを脊髄に直結している。
ニューロ・カートリッジ：脳神経と機体を直結させる操縦システム繋がり。こちらはあらかじめパイロットの人格を消去する処置を施す上、一度システムを起動させたら最終的にパイロットが廃人になる等、阿頼耶識以上にリスクが高い。
オプトニューロン：脳神経と機体を直結させる操縦システム繋がり。ただしハッキングやナノマシンによる汚染に弱く阿頼耶識以上にリスクが高い。また、専用の機体を必要とするため作戦に応じた機体に乗り換えができない欠点もある。
ニューロノイド：人間を含む高等哺乳類の大脳皮質を12体使用している。
オーラバトラー：バイストンウェルの獣の脳を組み込んで使っている。
ファンタズマ：グレイズ・アイン同様、手足を切断して人機一体となって操縦する機動兵器繋がり。悪魔の様な兵器を開発したのはクローム、ムラクモ・ミレニアムだが、ある組織が所有する無人兵器に対抗する為だと思われる。
ネクストAC：AMSを介して機体と操縦者の脳と脊髄を接続している。適性が無ければ操縦できず、適性があっても低ければ操縦に苦痛を伴う上、生体に悪影響をもたらすコジマ技術の使用、機体の機動力による肉体への負荷などにより高リスク。
R戦闘機：操縦者の神経に直接端子を接続、四肢切断して直結運用、幼体固定して直接接続等、機体とパイロットを接続するシステムを搭載した機体がいくつかある。
サイボーグ：機械的かつ脊髄など部分的であるが。
メガノイド：火星のサイボーグつながり。
戦闘獣：こちらは脳を機械の体に移し替えた、改造度はこちらが上。
ウェンディゴ：グレイズ・アインとほぼ同様の操縦システム。従来機であった量産型ゲシュペンストMk-2に格闘戦で敗北。これは鉄血に於ける阿頼耶識機体と従来機体の戦い方の回答の一端でもある。
