概要
エルニドで信仰されている存在で、六匹いることから「六龍神」とも呼ばれる。
自然界を司ると言われており、実際に六匹とも各エレメント（属性）に対応した能力と特性を持つ。
かつては亜人と共存していたが、龍人が姿を消すと同時に龍神信仰も薄れ、現在ではガルドーブの民が信仰を続けるのみとなった。
ツクヨミが言うには「悪しき炎（凍てついた炎）を神の庭に封じた」とのことで、神の庭の入り口である「神の門」は六龍神たちによって封印されているとのこと。
HOME、ANOTHERの両方に存在していたが、死滅している個体もいる。そのため同一の個体は存在しない。ANOTHERの個体は一般的に言われる「龍（ドラゴン）」に近い姿をしているが、HOMEの龍神はとりわけ特徴的な容姿をしている。ちなみにメイン画像の龍神は「水龍」であり、見ての通りドラゴンとはかけ離れた姿をしている。
種類と居場所
水龍(♀/青/水龍の島HOME)
サンショウウオのような姿をしており、セルジュたちが最初に会うことになる。
緑龍(♂/緑/世界のへそHOME)
のんびりしているように見えるが狡猾な老人のような性格。劇中でもノーヒントのため出会うのが最も困難。
土龍(♀/黄/土龍の島 HOME)
ナマズのような姿をしており、かなりの巨体。
炎龍(♂/赤/死炎山ANOTHER)
人間臭い性格をしており、セルジュたちが一番最初に戦うこととなる。唯一変身能力を持つ。
黒龍(♂/黒/マブーレANOTHER)
街中で眠りについており、探索の必要もなく簡単に目にできる。
天龍(♀/白/天龍の島ANOTHER)
六龍神のリーダー格であり、セルジュたちに興味を示す。
ストーリーへの絡み
序盤から終盤にかけて何かしらの形で主人公たちと関わり、戦うこともあれば味方として助けてくれることもある。
※以下は龍神に関するネタバレが含まれます※
ネタバレ
正体
その正体は、龍人たちによって創り出された自然制御マシン。星のエネルギーの集合体であり、龍の姿は飽くまで仮の姿である。理の賢者ガッシュは「自然そのもの」と述べている。
1万年前、フェイトに敗れた際に六つに分割され封印されていた。ツクヨミは「六龍神が凍てついた炎を封印した」と述べているが、実際は逆であり「フェイトが凍てついた炎を用いて龍神を六体に分け封印していた」のだ。更にフェイトは六龍神の力を「エレメント」として利用していた。
このためツクヨミと龍神たちは、セルジュたちを言葉巧みに誘導しフェイトを倒すように導いていた。ちなみにツクヨミもまた龍神の一体であり、正体は七番目に生み出された「月龍」である。サラがこの時代に接触した際にひずみが生じ、一時的に龍神の時間的封印が弱まったことで一部が分離。それがツクヨミとなった。
龍人
龍神の造物主。その正体は、原始時代に生き残った「恐竜人（アザーラの子孫）」たちが進化を遂げ、星に近い存在となったもの。前作クロノトリガーでは恐竜人は滅亡していたが、並行世界では生き延びており、それが進化したのが龍人である。本来なら彼らはこの次元には存在しないのだが、それについては少々複雑な事情がある。
クロノたちに倒される可能性を知った古代のラヴォスは、歴史を変えるべくA.D2400年代にあった「凍てついた炎（ラヴォスの欠片）」を呼び寄せようとした。結果、タイム・クラッシュが発生してしまいフェイトと未来人たちはB.C10000年代と来てしまった。その出現に危機を感じた「星」そのものが、並行世界のA.D2400年代から呼び寄せたのが龍人だった。
未来人と龍人。遠い昔に滅ぼしたはずの存在と顔を合わせた両者は、この時代においても過酷な生存競争を繰り広げることとなった。前述の通り、結果はフェイトの勝利。龍人は滅亡し、龍神は六つに分割されてその力をエレメントとして利用された。
目的
一言で言えば「人類に対する復讐」である。フェイトたちに負けた怨みがあるのかと言うと、それだけではない様子。
そもそも太古の昔、この大地を支配していたのは恐竜だった。だが、ラヴォスの欠片に触れた猿（原始人）たちは進化（変化）を遂げ、「魔法」という力を身につけた。その末に建国されたのが魔法王国ジールである。
このため龍側は人類を「ラヴォスの子」と述べており、「星を喰らい尽くす（自然を破壊する）」とセルジュに語っている。龍神は自然そのものであるため、星を傷つけた人間たちが許せないのだろう。実際にマルチエンディングでは、「星の痛みを思い知らせる」ことを復讐の理由に挙げている。
しかし、天龍は死海の消滅からセルジュたちを助けた際に「お前たちがどう生き、どう死ぬのか見て見届けたくなった」と告げている。これが単なるポーズだったのか、本心からの言葉だったのかは今となってはわからない。
時を喰らうもの
龍神の本来の姿（アルティマニアより）。フェイトがセルジュに倒されたことで次元を超えて合流し、七つに分かれていた龍神たちが一つになったことで復活を遂げた。ラストダンジョンにてセルジュたちと星の覇権を賭けて戦うこととなる。
セルジュに敗れた龍神は凍てついた炎と共に姿を消したが、実はこの「龍神」は「時喰い」本体の分身でしかなかった。本体である「時を喰らうもの」は時の闇の彼方と呼ばれる場所に巣食っており、こちらを倒さない限り世界に未来はない。
龍神は1万年前の戦いでフェイトに敗れた際、その無念から「時喰い」の本体に取り込まれてしまっていた。龍神が敗れたのを機に時喰い本体が動き出したため、セルジュたちは時を喰らうものとの最終決戦に臨むこととなる。
なお、アルティマニアによるとラストダンジョンで戦う龍神は「時を喰らうもの（初期形態）」と記されている。時喰い本体との戦闘はイベントバトルに近く、こちらの龍神が実質的なラストバトルとなる。
最期
クロノクロスを用いたセルジュにより、その絶望と悲しみは癒され龍神は時喰いと共に一つの夢へと還元された。
しかし、2週目以降のマルチエンディングでは違った結末を辿ることとなる。ラストダンジョンの「時を喰らうもの」を倒さず本体を倒した場合、亜人を従えた龍神によってエルニドから人間が駆逐されるという結末になる。使命を果たしたツクヨミだが、そこには後悔しかなくセルジュの墓に花を添えるのだった。
