概要
ハガレンの世界において、錬金術の最高峰と呼ばれる謎の物室。
「哲学者の石」「天上の石」「赤きティンクトゥラ」「大エリクシル」「第五実体」など様々な呼び方がある。
その外見は赤い石だが、流体状に加工することも可能。
凄まじい規模のエネルギーの集合体であり、爪の先ほどの微量であったとしても絶大な効果を発揮する。
それゆえにこれを持つものは、錬金術の基礎である「等価交換の原則」を打ち破ることができると市井では噂されている。
エルリック兄弟は人体錬成のリバウンドで失った体を取り戻すため、手掛かりとしてこの石を求め国家錬金術師に就任することになった。
正体（漫画版／アニメ二作目）
その正体は人間の魂を錬金術によって抜き出し、凝集加工させた「実体化したエネルギー」。
人間の魂はそれ自体が膨大極まるエネルギーであるため、それを無数に寄せ集めて結びつけることで賢者の石を錬成することができる。
等価交換の原則を破れるという噂は厳密には正しくなく、錬金術師が錬成の際に支払う代価を賢者の石内部の魂で支払っているというのが正確な実情。
おぞましいことに錬成された魂は意識を残しており、肉体を失った苦しみに永遠に苛まれ続ける地獄を味わうことになる。救われることのない魂たちはやがてすべてに対する怨嗟に取りつかれ、自我を失い、言葉にならない叫びを上げるだけのナニカになり果ててしまう（魂の暴風雨）。
賢者の石を体内に取り込んだ人間は、肉体を求める魂たちによって肉体の主導権の奪い合いとなる「内在闘争」を行うこととなり、自らの存在をこの「暴風雨」に打ち据えられ削り取られていく。
これによって誕生したのがホムンクルスたちであり、彼ら彼女らの再生能力の根源も賢者の石内部の魂である（逆にキング・ブラッドレイは賢者の石内部の魂を全て掃滅して内在闘争に勝利したため、再生能力がない）。
一方で同様のプロセスで不老不死と化したヴァン・ホーエンハイムは、不老不死ゆえの長い時間を利用して、自身に融合した賢者の石内部の魂たちと一人一人対話を続け、最終的に「いつか『お父様』を倒す」という大目的のために一致団結することに成功している。
これらの事実を知ったエルリック兄弟は、肉体を取り戻すために賢者の石を使うことはしないと決意を新たにし、入手する機会があっても戦いに使うことはなかった（アルフォンスはハインケルから一つ渡された際、それらの決意を了承したうえで「お前らのためじゃなく、世界を守るために使えばいい」「一緒に戦わせてやってくれ」と頼まれたことで使用に踏み切っている）。
とはいえそれ以外の面々にとってはやはり「万能の代価」として使えるのは大きかったのか、リンはランファンが回収していた流体状のものを持ち帰り、マスタングは視力を取り戻す代価としてマルコーから賢者の石を譲渡されている。
