エンジンコントロールユニットそのものをアフターパーツメーカーがリリースする独自のユニットに交換し、それを用いてエンジンに関わる全ての制御を行うものもある。これは俗にフルコンピュータと呼ばれ、高度で緻密な調整/制御を要求する競技車両やハードチューン車両に使用されることが多く、車の付随機能(例えばABSなど)を正常に働かせる事ができなくなる場合もあり、また逆に本来搭載されていない機能(例えばABS、ローンチコントロール、ミスファイヤリングなど)を車両に付け加える事も出来る。
また、近年のサブコンピュータおよびフルコンピュータは、パソコンと接続してデータを書き換える機能を搭載するものが数多くリリースされており、特別な設備がなくても手軽にECUチューンをする事ができるようになった。しかし、エンジンに関する知識が無い、または希薄な者でもデータ変更が可能になった事が災いし、データを極端に変更し過ぎてエンジンブローに陥ってしまう事例が増加傾向にある。
また、状況によっては車両に対するハッキング、場合によってはクラッキングに当たる。