概要
5巻にて初めてその存在が示唆された精霊と思しき謎の存在。なお<ファントム>とは初めてその存在が発覚した際、<ラタトクス>側が便宜上命名した識別名である。
世界に顕現するには何だかの制約が掛かっているのか、輪郭があいまいでノイズにしか見えず『何か』としか形容しようのない姿をしており、何だかの思惑があるらしく、言葉巧みに琴理や美九に語り掛け、“霊晶石”を渡し、精霊としての力を与えたり、精霊としての力を与えた琴理を使い何だかの実験を行う、狂三に精霊の力を宿した士道の情報を与え彼と接触するように仕向ける、など様々な場面で暗躍している。
そのほか5巻と6巻の間を描いたゲーム「凛祢ユートピア」のトゥルーエンディング（真エンド）にて、どこでもない空間で消えゆく凛祢に接触し「お疲れ様、あなたの役目は終わったわ」というセリフを彼女に投げかけている事から、彼女も何だかの形で<ファントム>の目的に協力（士道を死なせないように守ること？）していた可能性があるが詳細は不明である。
今の所、霊装や天使の能力などは一切不明だが、対象者の心の中や頭の中をのぞくことが出来るような描写や記憶の封印など、その能力の一端らしきものを垣間見せており、その他、狂三に士道の能力の詳細を教えたり、彼女しか知らない〈刻々帝（ザフキエル）〉の【一二の弾（ユッド・ベート）】の力を知っていたり、〈凶禍楽園（エデン）〉が消滅したため、どこでもない空間で消えていき存在そのものが忘れ去られたはずの凛祢の記憶を保持していたり等々その正体及び目的には謎が多いが、少なくとも物語が始まる5年前に起きた折紙の両親の死について何だかの形で係っていることは確かなようで、士道はこの<ファントム>こそが折紙の両親を殺害した真犯人ではないかと疑っている。
また、今までの少ない情報から推測するに、1巻で士道に語り掛けてきた謎の女性やアイザックが仄めかしていた今まで物語で起きた事件の元凶となった存在の女性との関連性が疑われるが、現時点では不明。
折紙の両親の死と琴里の精霊化の状況から推測するに、琴里を精霊にした直後に〈ファントム〉へと刺さった光の柱と折紙の両親を殺害した光の柱の攻撃は酷似しており、5年前の事件には〈ファントム〉と敵対し折紙の両親殺害の真犯人であるもう一人の精霊がいた可能性があるが、現時点では不明。
よってその正体や目的が判明するには話が進むのを待つしかない状態だが、少なくとも物語の重要な秘密を知っているのだけは間違いないようである。
