概要
東北新幹線のスピ－ドアップに伴い、同区間を東北新幹線車両と併結して走る秋田新幹線「こまち」用に、E5系と同等の320km/hの走行性能を持つ新型車両として導入された。ぶっちゃけE5系の嫁である。2010年に量産先行車（S12→Z1）、2012年末よりに量産車（Z2～）が製造中。2013年3月16日ダイヤ改正より列車名を1年間暫定的に「スーパーこまち」としてまずは4本体制で運用開始。2014年春までに7連24編成（含S12編成）が投入され、同じ秋田車両センター所属のE3系0番台を全て置き換えた。
尚、山形新幹線への投入は、E3系の車齢が若いため今のところない。
エクステリア・性能
先頭形状はE955形「FASTECH360Z」を踏襲した13m級アローライン形状。これと後述のシートピッチ拡大に伴い、定員確保のため7両編成となった。在来線区間での視界性を考慮してヘッドライトは運転台両斜めサイドに配置された。塗装は秋田の風土に根付いてきた赤色をアレンジした「茜色」、E5系との調和を表す「飛雲ホワイト」、高速運転の風の流れを表す「アローシルバー」で構成され、12･16号車のシンボルロゴは小野小町のシルエット、赤のラインで高速走行、シルバーラインで未来とのつながりを表現したものとなっている。
因みに巷では第一印象から「なまはげ」呼ばわりされてしまっていたが、実際この茜色はなまはげをはじめ秋田の伝統工芸に使われる赤をアレンジしたものなので、見方によっては別に間違っt...おや誰か来たようだ
最高速度は東北新幹線区間で320km/h（但しE3系の完全置き換えまでは300km/hで運用した）、秋田新幹線（奥羽本線）で130km/h。E5系同様車体傾斜装置を搭載し、最大傾斜角度は1.5度。在来線区間では作動しない。パンタグラフもE5系と同タイプの片持ち式シングルアーム形で、防音壁は在来線の車両限界に則した形状のものを装備する。車体の揺れを検知するフルアクティブサスペンションは、アクチュエータをE3系の空気式から電気式に変更し全車に搭載。そしてE3系でおなじみの併結装置、新幹線区間で使用するステップもちゃんと装備する。
インテリア
編成あたりの定員はE3系と同じ336名。アローライン形状で定員を確保するためE3系の6両編成からE6系の7両編成に変更になった。うちグリーン席は定員22名でシートピッチは1160mm。秋田の伝統工芸がモチーフで、樽岡焼きの釉薬「海鼠釉（なまこゆう）」のイメージの青、「川連漆器（かわつらしっき）」の漆の茶色、ブナの色合いを配した落ち着きあるもの。全席にモバイルコンセントを装備する。
普通席は従来のE3系が、デビュー当時指定・自由席でピッチを変えていた関係で一部の座席が910mm（485系の普通車と同レベル）となっていたが、E6系では全席980mmに統一され居住性が大幅に上昇。実りを迎えた稲穂をイメージした黄金色のモケットで明るい車内を演出する。コンセントは窓側・妻面に面した席に装備する。11号車（グリーン車）･12号車に車椅子対応席を、12号車に車椅子対応トイレ、洗面所、多目的室を配置。S12編成では14号車のトイレにあったオストメイト機能は量産車では12号車のトイレに移されている。また、各デッキに防犯カメラも設置されている。
