その路線網の広さを活用し、以前より普及していた「オレンジカード」と平行する形で1990年代からエリア内の自動改札機に直接通せるイオカードの展開を進めた結果、オレンジカードを大きく上回る売り上げを出し、後の交通系ICカード「Suica」導入時にも当初はイオカードの名前を入れるほどの影響があった。その「Suica」も記名・無記名というオプションを選択出来る他、クレジットカードとの提携によるオートチャージ機能を搭載することでの利便性向上、モバイル業界への早期参入に伴い、鉄道ファン以外に対しても全国に知名度を広げる結果となっている。

外国人観光客向けにデポジット不要且つ短期間期限付という「Welcome Suica」発売等、グローバルな商売に着手するフットワークの軽さも特徴的。

競合他社対抗には余り熱心ではなく、寧ろ棲み分けと囲い込みに力を注いできた。

駅ビルの増改築、ホテル・レンタカー・旅行業等の拡充、現在はSuicaが電子マネーとしても知名度が高くなる等、様々なサイドビジネスに手を出しており、民営化から20年足らずで戦前から多角経営を行ってきた大手私鉄各社を凌駕する程。

特に「駅ナカ」は大成功しており、冗談抜きに入浴以外の日常生活程度ならば改札すら出ずに成り立たせられるレベルである（なお、入浴についても越後湯沢施設内に温泉を引き日本酒を入れた酒風呂を運営してるので、駅の中で入浴も可能）。

また、戦略子会社として設立した「ジェイアール東日本企画」についてもポケモンシリーズ制作を担当して以降、一気に就職ランキング上位人気企業となり、日本を代表する広告代理店の一角に名を連ねる程となった。

反面、エキナカ新設に伴うリニューアルで、ターミナル駅構造が「ダンジョン」とか「要塞」と揶揄される程に複雑化、初見殺しとなってしまった。その際たるものが、多方面から「ダンジョン」ネタとされた新宿である（それでもこれやここより遥かにマシという人も少なくない）。

さらに首都圏の鉄道は官民一体で国鉄時代から強力に整備されたうえ、関東平野に遮るものがなく広大であることから、私鉄はJRとは別ルートで東京への路線を繫げている。そのため京阪神のように国鉄のスキを突いて巨大化した強大なライバル私鉄路線が乏しく、都市間の輸送による熾烈な競争が発生しにくい。よって、棲み分けが明確な傾向にあり、互いの収入基盤が安定している。

テレビCMにおいては、民営化直後にはサウンドロゴを時期によって数種類にわたり用いていたが、どれもあっという間に使われなくなった。

こうした背景から、本業の鉄道の輸送改善は必然的に「質より量」という傾向が強く、所要時間が国鉄時代とさほど変わらないといったことも珍しくない。

これは首都圏人口は増加の一途を辿っており、混雑緩和のために増発及び並行ダイヤを組まざるを得ないことも大きい（実際、総武快速線や山手線のように車種統一に伴うスピードアップを実施している路線も存在する）。

バブル期には輸送力増強用として、ダブルデッカーや6ドア車という内装を極端に振った車両の増備にも走った。

その一方、大量に引継いだ国鉄型車両置換も急務となっており、設計 - メンテナンス・リサイクルまでのトータルサイクルからを見直した車両開発に取組み、209・E231系を筆頭とした次世代車両を大量導入、国鉄型車両一掃を図った。

これらの車両設計は私鉄・地下鉄他社にも影響を与え、同系ベース車を導入している事業者も現れている。

ただし、導入当初は「事務用品を模した椅子が固過ぎる」との苦情も多く、前衛的過ぎるが故の故障も頻発。お上からお叱りを受けたこともあった。

こうした紆余曲折とライター勢の偏見から、1990年代はサービス水準が低いと見做される傾向にあったが、設備投資が行き渡る様になった2000年代からはそうでもなくなって来ている。少なくとも運行面では東急東横線への対抗と副都心地区アクセス改善のために新設した湘南新宿ラインや高速新線・つくばエクスプレス開通に対抗して（元々特急街道で地上側は対応済であったが）普通列車を最高速度130km/hのE531系に統一した常磐線（※2）等の例があり、状況次第では大規模な改革も辞さない姿勢はある。また、東北地方では本線以外のルートの多くが輸送密度2,000人/日以下のローカル線となっているものの、首都圏の利益でカバーできていることを前提に路線の多くを維持しており、3セク転換を除いて廃線となったのは岩泉線（災害による）のみである。

利用者の多さからか、駅名標のデザインを数回マイナーチェンジしており、コーポレートカラーの緑色ラインを基調としたデザインは民営化直後の変更時から一貫しているものの、後にラインカラー、さらには簡体字や韓国語の併記（多言語化）という順番で情報が追加されている。初期の変更時は読み仮名を大きく表示した国鉄との共通性をある程度残した上、書体としてゴナを中心に使用していたが、ラインカラーを入れた辺りから漢字表示を中心としたデザイン且つ書体を新ゴに切替え、そのスタイルを維持したまま駅ナンバリングや多言語を追加している。

駅ナンバリング自体導入は首都圏としては意外な程遅く、2016年開始であり、当時は2020年開催予定を見込んだ東京オリンピックを見据えてのものであった。

また、駅ナンバリング採用範囲も首都圏電車特定区間（+それに接続する路線）及び長野地区（篠ノ井線・信越本線・大糸線）に限られている。

これらの背景には自社で実施した調査で「訪日外国人観光客が案内で利用するのは言語の書かれた駅名標が多く、駅ナンバリングを参考とする人の割合が少ない」との結果が出たことにも起因する。

“E”の文字や湘南新宿ライン・上野東京ライン・高輪ゲートウェイ等の命名が示す通り、良くも悪くもミーハーで海外（欧米）かぶれな傾向もある。

命名や外見のみならず、車両設計も例外ではなく、初代「NEX」は悪い例の代表で、「特急列車は回転クロスシートが当然」という日本の常識に反し、欧米基準にこだわって方向転換機能が無い座席をフランスから輸入したが、結果評判が悪く後年集団見合い式に改造せざるを得なかった例もある。

さらに、走行に関わる技術であっても同様であり、海外からの輸入出もさほど抵抗を示さない。そうした姿勢は鉄道自体が日本を代表するブランド品と考えるJR東海らの主張に真っ向から反するものであり、同社とは犬猿の仲であるといわれている。

こうしたビジネスライクな姿勢によって地域との軋轢を生みやすい側面もある。

川の水を違法に取って水力発電をしていたことまであり、しばしば公共交通機関としての意識が薄いと批判されてもいる（※）。

もっとも、鉄道博物館建設や東京駅舎復元、トレインビジョン早期導入、車両自体をアート作品とした現美新幹線、超赤字路線只見線でも復旧する等の事業は高く評価されている。

工業デザイナー育成にも積極的で、いわゆる「水戸岡デザイン」ブームに対抗し得る数少ない勢力の1つとなっている。

あくまでも鉄道は事業の1つと割切っているのである。

※なお、「水力発電」と書いたが、実は電気も自給自足出来、件の水力発電所（信濃川沿い2ヶ所）と川崎市火力発電所をフル稼働させれば首都圏の電力は概ね賄えてしまう。東日本大震災後、何を勘違いしたのか、反原発活動家からテロ標的とされたこともあったが、流石にそれは言い掛かりであろう。

管轄路線

新幹線

新幹線直通特急（ミニ新幹線・いずれも正式な路線名ではない）

山形新幹線（正式には奥羽本線（山形線区間））
秋田新幹線（正式には田沢湖線・奥羽本線）

在来線

現行路線

以下は個別の運行系統の愛称で正式な路線名ではないが、旅客案内上は愛称表記を用いている。

上野東京ライン（高崎線・東北本線・常磐線及び東海道・伊東線を東京経由で直通）
湘南新宿ライン（高崎線・東北本線及び東海道・横須賀線を新宿経由で直通）
常磐線快速（常磐線取手以南の列車線運転近距離系統）
常磐線各駅停車（同線取手以南の電車線運行系統）
中央線快速（大月以東の急行線運転系統）
総武快速線（総武本線列車線運行系統）
中央・総武線各駅停車（中央・総武本線電車線運行系統）
宇都宮線（東北本線黒磯以南列車線運行系統）
東海道線（東海道本線列車線運行系統）
京浜東北線（東北・東海道本線電車線運行系統。根岸線を含めることもある）
埼京線（東北本線の別線と山手線を直通。川越線大宮 - 川越間を含める場合もある）
- 相鉄・JR直通線（埼京線・相鉄新横浜線を直通）

転換路線

東北本線（盛岡 - 目時 - 八戸 - 青森間。IGRいわて銀河鉄道・青い森鉄道へ）
信越本線（軽井沢 - 篠ノ井間及び長野 - 直江津間。しなの鉄道・えちごトキめき鉄道へ）
山田線（宮古 - 釜石間。三陸鉄道へ）
会津線（会津鉄道へ）
足尾線（わたらせ渓谷鐡道へ）
木原線（いすみ鉄道へ）
長井線（山形鉄道へ）
真岡線（真岡鐡道へ）

廃止路線

信越本線（横川 - 軽井沢間）
岩泉線（全線）
気仙沼線（柳津 - 気仙沼間）
大船渡線（気仙沼 - 盛間）

廃止予定路線（区間）

久留里線（久留里 - 上総亀山間）
津軽線（蟹田 - 三厩間）

車両形式

特徴として首都圏の巨大な需要に対応するため、設計や製作手法を大幅に見直し、製造コスト低減を図った経済車を大量導入している。これは時代の趨勢をサービス提供に即座に反映するという意向もある。

営業エリアのほとんどで新車を導入している一方、経年の進んだ車両については大規模なリニューアルや改造を行うことも珍しくない。

冒頭で述べた新形式の導入で103系を早々と淘汰した一方、2000年代までは意外と国鉄型が多く、205系や115系が大量に運用されていた。

首都圏で活躍した電車が地方の直流電化区間へ転属される事も多かったが、最近ではワンマン運転に対応可能な新車を直接導入する傾向に変わりつつある。

また、自社で車両製造を行う「新津車両製作所」を建設、車両大量生産・技術力向上に努めた。現在の名称は東急車輛を買収した総合車両製作所新津工場となっている。

非電化向け車両では

従来からのディーゼルエンジンを搭載した「キハ」
ハイブリッドシステムを搭載した「HB」
電気式気動車「GV」
蓄電池を搭載、電車ながら非電化区間を走行出来る様にした「EV」

これに開発中の水素式燃料電池車両（頭文字はFV）も含めると5種類もの記号が存在する。

JR他社でも「キハ」と異なる形式を付けた非電化向け車両も登場しているが、種類の多さは日本一。

1993年度以降に落成した新形式は「East」に因み、先頭に「E」が付くのも特徴となっている。これ以降の新車ではJR他社と番号が重複している形式もあるが、頭文字で即座に判別可能という利点もある。

なお、電車形式十の位は4以下が一般形・5以上が特急型とされている。JRグループ特急型車両では、番号体系を一新したJR四国を除くと唯一十の位に「8」を使用していない。

国鉄から承継

JR東日本で設計・新製

在来線車両

253系 255系 E257系 E259系 E261系

651系 E653系 E655系 E657系

701系

719系 E721系

E751系

キハ100系キハ110系キハE120形キハE130系

キヤE193系

キハE200形 HB-E210系 HB-E300系

EV-E301系

GV-E197系 GV-E400系

FV-E991系

新幹線車両

E2系 E3系 E5系 E6系 E7系

JR他社から移籍

キハ141系

JR他社で設計されたものを改良

キヤE195系（JR東海キヤ97系の改良型）
EV-E801系（JR九州 BEC819系OEM車両）

同業他社から移籍

209系3100番台（廃車済・元東京臨海高速鉄道）

引退・廃車済

在来線車両

キハ30 キハ35 キハ37 キハ38 キハ52 キハ58系

DD14 DD15 DD16 DD17 DD18 DD19

DD53 DE15

新幹線車両

200系 400系 E1系 E4系

傾向

新車更新ペースは早いが、どういう訳か在来車の一部がごく僅かに長らく残留するケースがある。例として、京葉線209系500番台（ケヨ34）や新潟地区115系などが挙げられる。
- ただし2020年以降、都市型ワンマン運転線区拡大に連れ、対応させていない形式引退が数多く発生している（もっとも、ワンマン化拡大がこの時期に集中したのが国鉄末期 - JR初期に導入した205系や211系置換が重なったことも大きい）。このワンマン運転は首都圏の主要各線にも導入される見通しで、行く行くは無人運転を視野に入れている。
JR旅客6社の中で唯一、無料転換クロスシート車や特急型気動車が導入された実績がない。
振り子式車体傾斜装置導入にも消極的で、2018年にE351系が全廃されて以降、JR旅客6社では唯一振り子式車両が在籍していない。これは中央本線を除く特急が走る在来線線形が比較的良く、イニシャル・ランニングコストは共に掛かる振り子式車両の導入ニーズが低いことに加え、初代副社長である山之内秀一郎が国鉄時代に381系設計に関与しており、同系の乗り心地の悪さから振り子式車両開発に消極的となったことを自著で明かしている。なお、空気バネ式車体傾斜装置の導入には積極的で、E351系の後継であるE353系、新幹線ではE5系・E6系に導入実績がある。
JR旅客会社の中で区間快速が設定された実績がない。これは首都圏路線事情が複雑であり、電車線・列車線双方に快速を設定しているため、区間快速を設定すると上下関係が複雑となることや快速速達運転するものと考えられているため、設定がしにくい状況にある。
前述の特急形車両がないことからか、気動車による優等列車設定には消極的である。JR発足後には急行列車がそれなりに運行されていたが、それらは廃止または快速に格下げされており、観光列車も基本的に快速として運行される。
1993 - 2005年までは12月にダイヤ改正を行う傾向があった。これは首都圏の私鉄・地下鉄各社が着ぶくれラッシュとなる同月にダイヤ改正を行うことが多く、それに合わせたものである。現在は他のJR各社と同様に3月にダイヤ改正を行うことが多い。
特急形車両グリーン車はJR発足は3列シートを採用。他のJR各社にも波及したが、255系以降は一部を除いて国鉄時代同様4列シートとなっている。これは首都圏でのグリーン車利用客の多さを反映したものである。
首都圏発着特急列車は「スワローあかぎ」を皮切りに全車座席指定制度を導入している。この制度では、空席があれば座席指定を受けなくても乗車できる座席未指定券制度を採用しており、料金面でも観光客主体「草津・四万」を除き、シーズン料金を適用せず年間特急料金が同額となり、通勤での利用に重点を置いた制度としている。
一方で、普通列車グリーン車については、2022年ダイヤ改正を境に鉄道需要の減少を反映して、それまで手を付けなかったラッシュ時本数削減と共に縮小傾向にある。東北本線（宇都宮線）では宇都宮で系統分離される影響で黒磯までのグリーン車運用を終了。常磐線も日中土浦で系統分離されるため、同駅以北はグリーン車を利用出来るのが朝夕のみとなる。
車両ドアエンジンに901系1編成のスクリュー軸式を皮切りに電気式を積極的に採用する傾向にあり、2024年現在の通勤型電車には電気式ドアが大勢を占める。これは、JR側の主張によると「空気式ではメンテナンス性・車両故障・荷物が挟まった際の引抜きに課題があるため」としている。コスト面では車両新造時に高く付くとのこと。
- 運用開始して暫くするとドアに挟まった荷物引抜きに大きな課題があった模様。電気式ドアは挟まる力自体は空気式より強力であるため、戸挟み検知機構精度が実情に即していない場合、空気式よりも寧ろ引き抜きが難しくなるという難点を抱えることとなる。また、それらのトラブルに連動して部品の故障が相次ぎ、他にも電気式ドアならではの「戸締時の隙間をどうするか」という特有問題も浮上して来たため、E231系で新採用されたリニアモーター式共々新規格に入替える必要性が出てきた。
- そこで規格を一から作り直し、空気式ドアにも利点があることを省みつつ、電気式ドアとして取り入れることを是とし、改良型戸閉装置として開発が始まり、リニアモーター式で成功した分割スライドレール方式を取入れたタイプとスクリュー軸式で成功した1本のスライドレール方式を取入れたタイプを開発。南武線（本線）209系2200番台に両タイプ試作機を1両分ずつ搭載、2年半に渡る現車実験段階に移行した。
  - ちなみに、スクリュー軸式・リニアモーター式では、運用上の長所が対照的であり、前者は制御が容易であること、後者は機構がシンプルであること。短所は必然的に互いの逆となる。
- 丁度次世代の通勤型車両には、運転指令伝達と運転台に機器状態報告をし、車両情報を司っている中枢へ「INTEROS」という新しい列車情報管理装置を搭載するため、これらの新しいドア機構を併用させる実験もスタート。この実験が成功したため、E235系の量産先行車に試験的に導入されている。