概要
東京と名古屋を結ぶ長距離路線中央本線の境界駅として、甲府・八王子・新宿方面をJR東日本が（駅構内も）管轄する中央東線（1・3・4番線）。
木曽・中津川・そして名古屋方面はJR東海が管轄する中央西線（4・5・6番線）にそれぞれ分かれている。
JR東日本のSuica対応エリアもこの駅までで、これより先は中央西線を跨いでの利用はできない。
また、辰野方面（旧線）の支線（3番線）、そして松本・篠ノ井（長野）方面を結ぶ篠ノ井線（2・3・4・6番線）の起点駅でもある（共にJR東日本長野支社が管轄）。
1982年までの所在地は現在「塩尻大門」と通称される留置線群のある場所で、線路は中央本線（東西共）と東線～篠ノ井線がスルー運転可能、中央西線～篠ノ井線はスイッチバックの必要があった。
これを解消するために600m移転して現在地にYの字型の線路配置で作られた。
現在、JR東海～東日本をこの駅経由で直通する列車が同一形式（または併結可能形式）でも相手方で逆編成状態になり連結不能なのは、この配線のためである。
塩尻の街の中心部は旧駅（塩尻大門）付近であるが、当時の国鉄は移転しても600mの徒歩圏であること、これまで同様に移転した他駅の場合数年程度で街が駅方向に延びてくれたことから縮小した駅（類例：千葉駅に対する東千葉駅）も置かず単純な移転とした。（国鉄時代の規定だと駅間距離の下限は500ｍで、それ未満だと駅は設置できないが、塩尻・塩尻大門の場合は距離の点では一応設置可能な距離である）
この移転に際し、塩尻駅のキロポストは分かりづらい変遷をたどっている。
単純に位置関係が変わった分のみならず、ほんの僅かのタイムラグで開通した塩嶺トンネルにより、実際の走行距離が大幅に変化した（-16ｋｍ）。
ただ、塩尻駅以西の西線部分（約175ｋｍ）のキロポストを植え直すことは事実上無理なため、運賃計算上の経路を定め直すのみで済まされている。そのため、JR東海区間のキロポストは辰野経由のみの頃の数字のままであり、時刻表などと数字が食い違う。
日本一狭い駅そば屋？
駅構内にはおそらく日本一狭いと思われる（？）カウンターの駅そば屋があり、厨房を挟み改札の外側と内側にカウンターがあるが、外側がとても広く逆に内側はわずか畳1畳ほどのスペースしかないのが特徴。
内側も元々は広かったのだが、エレベーターが設置されたのを機にスペースが狭くなってしまったとの事。
ちなみに1人目が食べている時に2人目が入ってきた場合は券売機の前を空けるのが暗黙のルールとなっているという。
