この作品の同人誌の発行に企業が関わっているのではないかとの疑惑があり、問題視された。(下記記載参照のこと)
問題点と疑惑
このタイトルの同人誌出版に企業（まんだらけ）が関与したとの疑いが持たれており、またその同人誌を企業による出版物が禁止されているイベントで発売したことが問題視されている。
【企業関与が疑われる点】
- まんだらけが同人誌を専売
- 個人利用できない企業向け印刷会社（図書出版）を使って印刷
- 個人出版なのに担当者がいる(奥付部分の画像)
- あまね氏がまんだらけなどの企業からの協力を認める発言(Twitter 2013/7/12など、『魔王兵長と花売りエレン』疑惑発言まとめ - togetterを参照)
- その他の問題についてはあまね氏の「魔王兵長と花売りエレン」における同人的な問題、【花売り本家】 あまあまあまね 【悪質ネタパク】 まとめwikiなどをご覧ください
もともと二次創作は非営利目的で、個人の範囲内で行うことが同人の慣習とされていた。
（詳細は二次創作記事や『二次創作と著作権について』などのサイトをご覧ください）
しかし今回のように個人出版であっても企業が協力している場合、企業の営利目的による出版が疑われるのも無理はなく、個人の範囲をこえた同人活動として問題になっているのである。
無断で製作された二次創作は著作権法違反・人格権侵害・名誉毀損罪にあたり、原作者が訴えれば二次創作の禁止措置をとることができる。
もちろん、個人でおこなっている一般的な同人活動も原作者が訴えれば法に抵触するので注意。どちらにしろ他人の著作物を利用（同人誌、グッズ販売）して金銭を得ていることには変わりない。
進撃の巨人では、コスプレ衣装を無許可販売していた2社が販売停止処置を行った例がある(コスプレ衣装の無版権商品の販売について)。
過去にはヘタリアの商業利用制限(幻冬舎のヘタリアに関する謹告)や二次創作投稿サイトの閉鎖(【重要】にじファン/NOS サービス終了のお知らせ)など、権利者が企業関与による同人活動を制限した例もある。
もし権利者である講談社から勧告・起訴された場合、同人活動に何らかの制限がかかることは間違いないが、いまのところ権利者の意向は何一つ発表されていない。
なお長い沈黙を経て、あまね氏本人からこの件に対する声明がブログで発表されたが、肝心の疑問点に対する回答をなす声明にはなっておらず、また「同人の初心者である私」などの虚偽のコメントが記載されていることから（※あまね氏は過去に同人誌を何冊も発行している）多くのファンや成り行きを見守っていた者に、未だわだかまりを残している。
