概要
1958年、北海道博覧会の「海の会場」として建設された場所が1959年に水族館として営業開始。
現在は第３セクター方式で運営されている。
園内には遊園地「小樽祝津マリンランド」がある。
また、海岸沿いの区画は「海獣公園」と呼ばれ、海の一部を区切って作られた飼育展示用のプールがあり、外から海水の出入りがある環境となっている（冬は高波が来るため閉鎖）。
ゴマフアザラシとゼニガタアザラシが凡その年齢や性別ごとに分けられ（「成獣のオス」「成獣メス」、「子供とその親」、「高齢個体」と区別されている）、それとは別にトドのプールもある。
「ゴマフアザラシ・ゼニガタアザラシプール」「トドプール」では敷地内の売店で売っているバケツ入りの魚を客がアザラシやトドに与えることができ、アザラシの方も自分の腹をペシペシ鳴らして餌をねだる光景が名物となっている。
アザラシやトドの繁殖に定評があり、ここ出身で他地域の水族館に行った個体も何頭かいる。
全くいうことを聞かないペンギンのフリーダムさをそのまま活かしたショーも有名。
館内に掲示してあるユーモラスなタッチの動物イラストは、所属獣医師の角川雅俊の手によるものであり、水族館のオフィシャルブックにも彼が手がけた絵や写真が多く使われている。
