主にJRで運行されており、私鉄では見られない形式である（神戸電鉄が「特快速」を運行している）。「特別」がつく種別としては「特急（特別急行の略）」があり、それの快速版である。急行と特急の間に位置する（かつての準急とは違い、特別料金は不要）。
首都圏では中央本線を走る「中央特快」が有名であるが、実質普通の中央快速の上位版で、位置づけ的には特快が速達列車としての快速である。常磐線や湘南新宿ラインでも走っているが、前者は130キロ走行はするが本数がすくなく、後者は速達性が良いとは言えない。
名古屋圏の東海道本線を走る「特別快速」は料金不要列車としては最上位に位置づけられ、特急列車と同じかそれより早い列車も存在するほど。新快速と合わせて一時間4本の運行で、新快速との違いは大府に停まるか停まらないかのみ。
北海道の石北本線の旭川-北見を走る特別快速「きたみ」は同区間を走る特急とそん色ない走りをすることで知られており、シーズンは青春18きっぷの利用客で混雑する。
関西圏ではかつて、関西空港開業時に関空快速とそれより停車駅を減らした関空特快を運行していたが、乗客の利用率が悪く数年で廃止となっている。現在は関西圏に特別快速と呼ばれる列車はなく、新快速が速達列車の最上位となる。なお新快速は登場時「特別快速」として運転する予定だったが、新快速に変更になった。
私鉄では前述した神戸電鉄の「特快速」以外には見当たらない。快速自体あまり使われる種別ではなく、私鉄では急行がJRの快速に相当しており、その急行の上位には「快速急行」があり、これが特別快速に相当すると言っていいだろう
