1969年設立。
かつては京都学園大学と呼ばれ、メインキャンパスも京都府亀岡市の陸の孤島に位置していた。
2015年に京都市右京区の山ノ内浄水場跡地に太秦キャンパスを新設し、こちらを本部に変更。同時に亀岡キャンパスの規模を縮小化。
19年4月に現大学名に改名された。
前身は1925年（大正14年）に辻本光楠（1881年～1948年）が設立した「京都商業学校」。
1946年に財団法人京都学園発足（5年後学校法人に）。
2018年、永守重信・日本電産会長が第14代理事長に就任。翌年に校名と共に学校法人名を「学校法人永守学園」に改名している。
また、京都商業学校は戦後「京都商業高等学校」に転換、1990年「京都学園高等学校」に校名変更。
2000年に中学校を併設（1947年~1951年まで、一時期中学校も存在していた。）、2014年に「学校法人京都光楠学園」が分離独立、中学・高校は京都光楠学園が運営するが、2021年に学校法人京都学園改め学校法人永守学園と学校法人京都光楠学園が合併予定である。
学部
経済経営学部・人文学部・バイオ環境学部・健康医療学部・工学部（2020年から）。
設立当初は経済学部のみだったがその後法学部、経営学部、人間文化学部（かつて京都亀岡キャンパス（京都府亀岡市）敷地内にあった京都文化短期大学が前身）も存在した。これらは京都太秦キャンパス開設時に再編されている。
