概要
1886年に名古屋市で問屋として開業、1956年に現社名とした。現在は大阪市の道修町（薬問屋が多く、製薬の街として知られる）に本社を置く。
「製薬」と付いているが、実際は芳香剤やトイレタリー（衛生雑貨）の印象が強く、企業知名度を大きく上げたヒット商品がトイレ芳香剤の「サワデー」と、水洗トイレ洗浄剤の「ブルーレット」（当時はタンク設置式、のちに「おくだけ」が登場する）である。
特に、芳香消臭剤市場ではエステーと業界１、２を争い続けている。
一方で、ツムラやクラシエに並ぶ漢方薬メーカーとしても知られ（ナイシトールやダスモックは漢方製剤）、または「アンメルツヨコヨコ」など塗布薬、鎮痛消炎剤にも定評がある。
ほかに「熱さまシート」など、衛生用品のヒット商品もある。
ナレーション中心のCMや効能の特徴をアピールした商品名で名を馳せる。
企業買収、ブランド買収にも意欲的であり、カイロ最大手だった桐灰化学を吸収合併、アロエ軟膏のアロエ製薬やジュジュ化粧品などを子会社化。
かつてはポリデントやポリグリップも小林製薬が販売していた（現在はグラクソスミスクラインとアース製薬の共同販売）。
CMネタから
「あ！」というCMのセリフから、過去2chにて2012年10月、
『なんでお前らって「あっ」で喋り始めるの？小林製薬かよ』というスレが立てられたこともあった。
このスレタイトルで検索すると当該スレの過去ログをまとめた記事が見られる。
小林製薬の糸ようじ
1987年から売られている小林製薬の代表的な製品。いわゆる歯間フロス。欧米のデンタルフロスを日本向けにアレンジしたもの。
HTBのテレビ番組『水曜どうでしょう』の企画「ヨーロッパ21ヶ国完全制覇の旅」で、クエンカにて大泉洋が披露したモノマネ（緒形直人、いとこのみっちゃん、下篠アトム）を披露した後、「もう少し緊迫すると渡辺篤史になる」といってモノマネを披露。
しかし嬉野Dから「それ似てますかねぇ？」とダメ出しを受け、「もっと似ている」と披露したのが「小林製薬の糸ようじ」。これが藤村Dのツボにハマり、さらに嬉野Dが「糸ようじ言わないと似てないですよ」と言い出す。
その結果、大泉はナレーションの最後に唐突に「糸ようじ」をつけるという行動に。これが一同に大受けしてしまい、味を占めた大泉はありとあらゆるナレーションの最後に「小林製薬の糸ようじ」をつけまくるという暴挙に及び、一同と視聴者の腹筋を破壊していった。
ちなみにその後断崖の上に立つマリア像を発見した際も、大泉は唐突に「小林製薬の糸ようじ」をぶち込んで再び視聴者とD陣の腹筋を破壊していった。
なお、当時渡辺篤史は糸ようじのCMのナレーションはしておらず、渡辺篤史が糸ようじのCMに起用されたのは2010年のことである。
