概要
突如襲来し人類を攻撃し始めた謎の異星文明。正体、来歴は不明で、人類に対しては極度に敵対的。
これまでに対話やそれに類する試みはあったがいずれも失敗している。
人類の殲滅を目標としているらしく、世界各地に攻撃を加え、様々な兵器や侵略生物を送り込む。
戦力
コロニスト
今作のコロニストは5と比べ、少し弱体化している。銃は球状の散弾を投射する、短銃のようなものに変わり、ありあわせのアーマーを自作し身に付けている。
プライマーの地球降下作戦から完全に除外されたのか、無秩序に行動している。
アンドロイド
機械のような生物兵器。電球を思わせる頭の装甲の下には生体組織のようなものが存在している。手にはワイヤーで連結されたブレードが装備されており、攻撃時はそれを射出する。通常タイプと大型アンドロイド、高機動型アンドロイドや巨大アンドロイド（キュクロプス）など多数の種類がある。
侵略生物αplus
通称「茶アリ」赤蟻ほどの体力になっており、酸も吐く。2022年にタイムリープした際にはplus型に置き換わっている。
侵略生物βplus
通称「電気蜘蛛」今作初登場の電気攻撃を駆使して攻撃してくる。
飛行型侵略生物
スズメバチに似た姿の侵略生物。複数の針を射出し攻撃してくる。
小型ハイブ
飛行型の巣の小型バージョン。体力は少ないが多数点在しているのがほとんど。
邪神クルール/エルダークルール
古典SFの代名詞とも言えるタコ型宇宙人に似た姿の生物。しかしその見た目は本作の世界の人間には恐ろしい物のようで一部の隊員は発狂、混乱、パニック状態に陥る。触手が何本もあり、片手にはシールド、もう片手には武器を装備している。シールドを2枚持っているタイプ、炸裂銃を持っているタイプ、砲兵タイプ、レーザーキャノン（ウイングダイバーのライジンに似ている）を持っているタイプなど、色々な種類が登場。
サイレン/グラウコス
エルギヌスの3倍ほどの大きさの怪生物。通称「怪鳥」。炎を吐き、空を飛び回る。生半可な攻撃は寄せ付けないほどの生命力を持つが、プライマーですら制御出来ないほど凶暴。
本編のある場面で衛星兵器バスターを喰らった結果、グラウコスに変貌。全身を燃え上がらせ寿命を削りながらも体を再生させ、焼け落ちた皮膚組織をまき散らしながら暴れまわる。
テイルアンカー
テレポーションアンカーの強化バージョン。弱点部分がバリアで覆われており、遠距離武器が通用しない。接近する敵に対しては触手状の砲台で迎撃を行う。破壊するには接近し、シールドの下部から高火力武器で叩くのが最適。
タイプ3ドローン
タイプ2ドローンに並ぶ新たなドローン。丸みを帯びた五角形の、ヒトデのような形をしている。攻撃時は5つの砲台を展開し、レーザーを撃つ。中央の球体が弱点。
エイリアンツリー
大気を変えた元凶。破壊可能なミッションはない。
スキュラ
通称「人魚」。名の通り魚と人が混ざったような容姿。攻撃時は地面に伏せ、のたうちながらダメージ判定のあるガスを放出し、出現時には周辺地域に濃霧を発生させる。
「人魚」と呼ばれてはいるが、ウルトラ怪獣のような体型。ムルチに似ている。
クラーケン
クルールの上位種で、同様にシールドを装備している。シールドの特性はクルールとほぼ同様ながら、飛行・滞空し、下記のヘイズを常に随伴させ、その上HPも強化されているため遥かに厄介。
ヘイズ
小型のクラーケンに似た生物で、触手を伸ばして攻撃する。倒しても体液で視界を遮り、周りのヘイズは逃げるため纏めて倒しにくい。
リング
プライマーの時空転移装置。つまり、タイムマシン。2025年から2022年に戦力を送りつけ、過去を改変しようとしている。戦艦ではないため一切武装はないのだが、後半では砲台を出現させ自衛するようになる。
プライマーの正体と目的(ネタバレ注意)
8度目のタイムリープで人類が初めて優勢のまま３年後を迎えた時、怪物やエイリアンを調査・研究した結果ある事実が判明する。それは怪物及びコロニストの遺伝子は地球の生物と一致すること。そしてクルールからは火星で発見されたバクテリアが検出されたこと。それらのことからプロフェッサーはプライマーが１０万年後の未来に存在する火星の文明であると突き止める。遥か未来、既に人類は滅亡しておりコロニストが新たな人類となっていた。その地球を訪れたプライマーは人類の文明の痕跡から過去の人類に興味を持ち、古代の人類を観察、時には姿を見せていた。
……しかしある時プライマーは気づいてしまう。もし人類に自分たちの存在が知られ、恐れた人類が火星の環境を変えるようなことをされてしまった場合プライマーは何も抵抗出来ず滅びてしまうという事に。
即座に古代の地球から退散したであろうプライマーだったが何らかの原因で墜落したテレポーテーションシップを現代の人類が発見してしまっておりEDFが設立されてしまっていた。これを確認したプライマーは地球人を絶滅されることを決意。プライマーと人類の時を繰り返す戦いの始まりであった。
つまりプライマーが人類を滅ぼそうとする理由は「自分たちの存在を恐れた過去の地球人によって歴史から消される事を阻止するため」である。
また最低限の損害で目的を果たそうとするきらいがあるようでたとえ自軍が有利だろうとより良い結果にするべくリングを使った歴史改変戦術で人類を追い詰めていった。しかし、どれだけ改変しても必ず生き残るストーム1、そしてプロフェッサーの存在がプライマーの計画を狂わせて行くこととなる。
時空転移戦艦/プライマー（名称不確定）
未来からの歴史改変船団を鉢合わせ大半を撃破したことで改変を阻止し、死闘の果てリングを破壊したストームチームの前に現れたプライマーの新たな切り札。全長1km以上という大きさでありながら高速で移動し、全身の砲台で攻撃する。その船首部分には巨大な「かの者」の頭部が埋め込まれていた。
プライマーの最期
時空転移戦艦の存在はたとえそれを破壊したとしても更に未来のプライマーがより強力な兵器を送り込んでくるということの証左であった。何より前述通り歴史の改変も可能であることもありプライマーとの戦いが永遠に終わらず、人類は絶対に勝てないという事実に絶望する本部だったがプロフェッサーは『火星に有毒な化学物質を搭載したロケットを撃ち込み汚染することで火星に生命が誕生しない、したとしても全く違う物になるようにする』という作戦を提案していた。
非戦闘員もろとも歴史から抹消する非常極まりない作戦だったが戦いを終わらせる為、何よりループの中で何度も何度も殺されてきた妻や何百、何千億もの人々の仇を討つというプロフェッサーの強い意志により実行された。
しかしこれによりタイムパラドックスが発生。人類かプライマーの内、負けた方の存在が消えるという事態となってしまう。プライマーがこれまでまだシップの残骸を発見する前の人類を攻撃しなかったのもパラドックスの発生を防ぐ為であった。
プライマーの代表者となり激しく攻めたてる戦艦と一体化したかの者だったが長き時を戦い続けたことで選ばれた人類の代表者に敗れ地に墜ちる。
これを以て歴史は修正されプライマーはその歴史から完全に消滅することとなった。
ネタバレを含む余談
地球防衛軍シリーズでは初となる明確に滅ぼされた敵組織となった。その原因になったのが自分たちが作り利用してきたタイムマシンの技術だったのは皮肉である。(EDのモノローグで語られるが、人類の被害は3割と『5』の時より遥かに少ない被害となっている。)
