注意
本記事では「地球防衛軍6」のラストまでのネタバレを含みます。未プレイの方は閲覧注意です！
全貌
死闘の末、遂に歴史改変船団の出現に居合わせ、さらにそれらを壊滅させることに成功したプロフェッサーとストーム1。もう死ぬことが許されない最終決戦へと挑み、遂にリングを完全破壊することに成功。
その直後、上空に巨大なワームホールが現れ、そこから出現したのは新たな敵船だった。
新たに出現した時間移動船の存在は、たとえそれを破壊したとしても更に未来のプライマーがより強力な兵器を送り込んでくるということの証左であった。
タイムマシンの破壊によりこれまでの戦果を改変できなくなっていても、勝つまでやめないプライマーとの戦いは永遠に続き、人類は絶対に勝てないという事実に指令本部は愕然とする。しかし、戦略情報部は『火星に送り込んでおいた、有毒な化学物質を搭載したロケットを爆破する』という、プロフェッサー発案の最終作戦を発動した。
今度は人類の手で未来を改変し、環境が変化した火星には生命が誕生しない、したとしても全く異なる歴史を辿ることで、プライマーそのものを存在ごと歴史から抹消する非情極まりない作戦だった。プロフェッサーは戦いを終わらせるため、何よりループの中で繰り返し殺されてきた妻を始めとした何百、何千億もの人々の仇だと言い切り、ロケットは起爆された。
しかし、これにより「火星にプライマーが誕生しなければ戦争は起きず人類は火星を攻撃しない」、「すると火星にプライマーが生まれ人類に戦争を仕掛ける（以下無限ループ）」という決定的なタイムパラドックスが発生。その矛盾を時間そのものが解消するべく、人類かプライマー、負けた方の存在が消えた状態でループが切れ歴史が確定するという事態に陥る。
赤く染まる空の下、切り離された時間の中で、「銀の人」と一体化した時間移動船はプライマーの代表者、プライマーという存在そのものとなり配下のエイリアンやアンドロイド達と共に激しく攻めたてる。
しかし人類側にも、タイムスリップという根本的なパラドックスが起きた時点で選ばれた、そして運命的な戦いのループを生き抜いてきた地球人の代表者が居た。
最後の決戦は人類の代表者に軍配が上がり、敗れたプライマーという概念は朽ち果てて地に墜ちる。
これを以て歴史は確定されプライマーは時間の流れから完全に消滅。“プライマー”が召喚した戦力たちも「存在しえない」事にされ、塵一つ残さずに消え去った。
