以下、ニコニコ大百科より。
「柳生篇」にて刀を傷つけられ、新しい刀を打ってもらっていた土方十四郎は、その間に代わりの刀を鍛冶屋で手にした。
すると、その刀を手にしてから土方の人格に二次元ヘタレオタク「トッシー」としての第二の人格が徐々に現れ始め、やがてその人格に支配されてしまうようになる。
そんなあるとき、真選組参謀・伊東鴨太郎や沖田総悟の策略にはまり、真選組を解雇されてしまう土方。
その頃、同時に鬼兵隊と手を組んで真選組局長・近藤勲を殺し、真選組を我がものとしようと画策する伊東。
これにより、真選組は近藤派と伊東派の2つに分かれてしまう。
一方、解雇された土方は万事屋を訪れ、自分の手にした刀が妖刀「村麻紗」であることが発覚する。
伊東の画策に気づいていた土方は、真選組について万事屋一行へ助けを求めるのであった。
そして、真選組始まって以来の大波乱が万事屋や鬼兵隊をも巻き込んで勃発する。
ちなみに、第二の人格「トッシー」は後の「寺門通OFC篇（トッシー篇）」で成仏されることとなる。
また、この「真選組動乱篇」は後の「かぶき町四天王篇」の後日談にも少々関わってくる。
というのも、宇宙海賊「春雨」が政府中央暗部と密約をかわすために、それには邪魔な真選組を江戸から遠ざけるためのものであったからである。
