『とある科学の超電磁砲』にて、食蜂操祈は過去に、上条当麻によって救われていたらしい事が発覚しているが、具体的に何があったかはまだ明らかになっていない。しかし、木原幻生に追い詰められた際、御坂美琴を助けに行った上条を見送った際には素の笑顔を見せている事からも、かなりの好意と信頼を寄せている事が伺われる。また、心理掌握を用いて上条に美琴の現状や救出する方法を伝える時、情報を伝える角度に注意しているところから上条の右手の幻想殺しについても知っているようである。
本編である『とある魔術の禁書目録』の新約6巻では、上条の通う『とある高校』へ見学に行っており、また新約7巻においても、遭遇した当麻に対し、事情を聞く事もなく、彼に協力をしている事からも、彼に対し、積極的に干渉する事を狙っている模様である。