学園都市のとある高校に通うレベル0（無能力）の平凡な（？）男子高校生。
父は上条刀夜、母は上条詩菜。

登場人物中1、2を争う屈指の人気キャラである。ファンらには「ウニ」などと評されるツンツンした黒の短髪が特徴なのだが、それは天然ではなく整髪料によるもの。ちなみに考え込む時の表情は母親似らしい。
レベル0ではあるが、それはただ学園都市の計測器が計測できないだけであり、超能力や魔術などの異能の力を無効化させる右手「幻想殺し(イマジンブレイカー)」という特殊能力を持っている。詳しくは該当項目参照。

『電脳戦機バーチャロン』との公式コラボ外伝『とある魔術の電脳戦機』ではテムジンを使って戦う。

人物

性格はドの付くほどお人よしかつ世話焼きであり、目の前で困っている人がいればどんなにハイリスクでも、それが敵対者であっても全力で救済しようとする。しかもどんなに害を被ったとしても決して見返りが求めず、全てを「不幸だ……」の一言で片づけるなど、その献身性はもはや異常の域に達する。

彼は比較的温厚であり、出会い頭に年下からビリビリされようとインデックスに家中の食料を食べられようと不幸だで済ます。因みにあまり敬語を使う方ではないのでイギリスの王女様とかアメリカの大統領とタメ口で渡り合っている。

幾千億もの年月を上条と共に過ごした『理解者』のオティヌスは「繋がる力」こそが彼の一番の武器と表現しているが、まさにその通り、悪人すら片っ端から救いあげる善性の塊のような人物と言える。

精神・メンタル

いろいろとおかしい。基本的に行動原理の優先順位が他人＞越えられない壁＞自分であり、オティヌスが手こずるレベルの強靭なメンタルを持ち、精神を折る事は大変難しい。

オティヌス戦では無限ループの中で兆を超える年月を負け続けた（＋精神攻撃された）にも関わらず、発狂するどころか常に勝機を信じて積み上げるという悟りでも開けそうな経験をしている。一度は挫けたものの、総体の説得を経た後には彼の人格がブレることはなかった。

だがオティヌスによる救いようがなかった者も含め全てが救われた世界では、これまで見てきたものの積み重ねもあり、幸せそうに笑うインデックスがとどめとなってその世界を守るために死を決意するまでに追い詰められた。これが唯一、上条の心が完全に挫けた場面である。そのあとび人間らしい生の感情を爆発的に吐露している。そしてオティヌスによる無限地獄は一応トラウマになっているようである。

オティヌスと和解したことで、今度は世界（今まで自分が守ってきたもの全て）を敵に回すなど、その精神的耐久度や献身性はもはや狂気を通り越して一種のカリスマにまで昇華されている。それゆえに男女問わずファンが多いはずである。

勿論、最初からそこまでだったわけではなく、新約前半では精神的な方向性の危うさを露し、自分の意思で動くことが少なっていた。が、その後吹っ切れ、世の中の様々な異端を見てきたバードウェイを絶句させるレベルのメンタルになっている。

新約10巻後設定のゲーム版『とある魔術の電脳戦機』でも、何度負けようが立ち上がる異常なタフさを発揮し、敵対した「ある人物」を恐怖のどん底に突き落とした。その「ある人物」の視点から上条と連戦する事になるため、新約9巻のオティヌスの気分を少しだけ体験できるかもしれない。
なお、普通の高校生（仮）にしては異質過ぎたのか、最終的にタングラムにも気に入られている。

不幸体質

先天的に何らかのトラブルに巻き込まれやすい不幸体質で、「不幸だ……」が口癖。そのために荒事に巻き込まれることも多く、年齢に比して潜った修羅場は意外と多い。

幼少期には陰湿ないじめに遭い大人達からも疫病神と忌避され、命に関わるような出来事や見世物扱いされる事もあった。それを危惧した父・刀夜により、「迷信を信じない科学の街」である学園都市に送られた。
現在でも不幸ではあるが、むしろ不幸の避雷針として級友達から重宝されたり、「不幸だからこそ、事件に巻き込まれてそこで苦しむ人を助ける機会に恵まれる」として自分の誇りとしている。

インデックスによると不幸体質は「幻想殺しが神様の加護を打ち消している」とのことだが、推測（有力説）の域を出ない。新約15巻では本当に幻想殺しが不幸の原因なのか疑問を呈しているが、今の彼には記憶が無いため立証できていない。
少なくとも『先代の幻想殺し』は、位相の軋轢から生じた運命（不運）から魔術師たちを保護する為に使用されていたようだ。

幻想殺し（イマジンブレイカー）

レベル0ではあるが、それは学園都市の計測器が計測できないだけであり、超能力や魔術などの異能の力を無効化させる右手「幻想殺し」という特殊能力を持っている。詳しくは該当項目参照。

ただし効果が適用されるのは右腕の手首から先だけであり、銃や通常兵器などには無力、常時発動する異能には効果がなかったり、異能の定義が曖昧だったり、あまりにも膨大な量を受けると処理が追いつかなくなるなどの欠点も多々ある。
だがそれでも異能の力に対しては『究極のアンチ』『切り札』と呼べるほど強力であり、理論上は神すらも打倒できることになる。最近ではそれ以外にも何かしらの超常的な力も見せつつある。

前兆の感知

ロシアで上条と戦った一方通行(アクセラレータ)によると、上条は能力を発する際に生じる微細な余波を「前兆」として「感知」し、対処を早めているのだという。
上条の経験則に基づく戦闘技術のような扱いで、御坂美琴の「雷撃の槍」等の超高速攻撃に反応できる事への理由付けと思われる。

しかし、あまりにも情報量が多いと（例えば集団戦闘など）それを処理するだけのリソースが不足して効果が薄れてしまう。逆に言えば1対1での能力者戦は幻想殺しと併せて滅法強い。
新約7巻では呼吸や筋肉の動きを意識的に制限して封じる方法が提示されたが、恐らく恋査のような超人サイボーグくらいしか出来ないのではないだろうか。

身体能力

肩書は普通の高校生ではあり、旧約3巻によると不良2人では勝てるか怪しいと説明されているが、正拳突き一撃でステイル=マグヌスを一回転させ、小柄なアニェーゼ=サンクティスに至ってはストレートパンチ一発で車にはねられたかのように吹っ飛ばすなど基本的な身体能力は常人よりは高い。→男女平等パンチ

普段から路地裏でスキルアウトや能力者との戦いが絶えないこともあって、それなりに鍛えられた体つきをしており、あくまで「素人」止まりだが大変喧嘩慣れしている。
上条のことをよく理解しているオティヌスによれば、格闘技などの安易な暴力（切り離す力）を習得すると上条自身の性質（繋がる力）を否定することになるらしく、新約15巻以降は上条もその言葉を意識している様子が見られる。当然、銃器やナイフも同じことである。

近年では凡人の域を超えかけている節があり、度重なるトラブルから、否が応にもいろいろと"まとも"を超えた存在になりつつある。
一方で何かと無茶をやらかすため、大怪我が絶えず、各章のエピローグを病院のベッドの上で迎えるのは、インデックスの一件以降ほぼお約束のパターンと化している。

中の人（竜王の顎）

彼の内に潜んでいた事が確認されている『謎の力』の事。
読者からは「中条さん」「中の人」と呼ばれている。

初出は旧約2巻。
アウレオルス=イザードとの戦闘で、腕を切られた上条の肩口から現れた『竜王の顎』と思われる。
これはアウレオルスの能力『黄金練成』により生み出された存在と言われているが、上条自身は腕から生えるイメージに能力は関係ないのかもしれないと疑問を抱いていた。

そして旧約禁書目録の最終巻となる第22巻。『神の右席』右方のフィアンマと対峙し、右腕を切断される。
フィアンマは上条に惑星一つを塵に変え、十字教のあらゆる神話を再現できる程の力を放ったが、上条の肩口から現れた『謎の力』がフィアンマの攻撃を切り払った（作者はこの時「見えない右手」と表現している）。
その際フィアンマを怯ませる程の「謎の力」が上条の肩口に集まっていたが、上条は力を拒絶。上条の意思によって現れた力が「謎の力」を食い潰し、その余波と共に右腕が再生。切断された腕からは徐々に幻想殺しが失われ、再生した右腕に再び力が宿った。

新約4巻でも魔神オティヌスに握り潰された右腕の切断面から謎の力が現れる。しかし、こちらはオティヌスによって速攻で潰された。

新約14巻では、上里翔流の理想送りに幻想殺しが吹き飛ばされた後、上里をぼろ雑巾にしている。物理攻撃もできたんですね。また、新約15巻では別のものに変質している可能性も示唆されている。

新約18巻ではエイワスおよびアレイスターとの戦闘において、右肩未切断の状態で肩口から現れたが、2行で潰された。
エイワスは「多少は成長しているようだがまだまだ青いな、しかも純度が甘い」と言っていたが、もしかして中の人のことなのだろうか…。

アレイスター=クロウリーの発言から「セレマ」における「ホルスの時代の力」であることが示唆されており、十字教支配下の法則=オシリスの時代の力ではない可能性が高い。
少なくともアレイスターやエイワスが正体を知っているのは確かなようで、読者間ではその正体について色々と予想が飛び交っているが未だ確定していない。

これと関係するのかも不明だが「神浄」「神浄の討魔」と呼ばれる存在も示唆されている。少なくとも後者は魔神の発言から上条自身を指す言葉のようだ。

ちなみに外伝作品『とある科学の超電磁砲』10巻においても似たような現象が起きており、その際、8つの頭を持つドラゴン(ヤマタノオロチ?)という中の人の全身像らしき姿が確認されている。その時も右腕が取れているが、病院に行くまでも無く、いつのまにか直ぐに治っていた。

頭脳

進学レベルとしては凡庸な学校（とある高校）に通っており、そこでも赤点の常連となっていることからお世辞にも学力が高いとは言えない。月詠先生でさえ馬鹿と認めている。学園都市住民として平均的な科学知識は備えている。殊に史学に関しては伊能忠敬が何者なのかわからないレベルの学力ではあるが、理系なのかどうかは不明。

他方、とっさの際における判断力や機転には優れており、それまで全く知識のなかった魔術師に対しても戦う経験を積むに連れて相手の魔術を看破したり、工夫を凝らした戦術を編み出すに至っている。特に新約に入ってからはバードウェイを罠に引っ掛けたりサンジェルマンを論破するなど到底馬鹿とは思えない攻撃をとっている。ついでにアクロバイクの分厚いマニュアルを覚え、高レベルな動きを人を一人乗せた状態でやっている。

バカ設定どこ行った

対人関係

傍から見ると異常な数のフラグを立てまくることでも有名。
女性関係に関して本人は「出会いが欲しい」と言っているため、周囲の好意には全く気付かない朴念仁のように描かれるが、彼の理想の女性像とは包容力のある年上の女性らしい。本人曰く「寮の管理人のお姉さん」あたりがその象徴らしい。
実際、外見ロリながら年上で面倒見のいい月詠小萌や、彼との出会い以降割と素直に好意を口にしつつ献身的な面のある御坂妹には、彼の方からも好意を抱いている様子を窺うことが出来る。
なお物語序盤では上条が高校生らしく女性の肉体に反応するシーンはあるが、いつからか減り、サーシャの体をいやらしい気分も微塵もなく撫で回したり、イギリスで再会したオリアナに全く反応 しなくなっている。慣れって怖い。

新約以後は敵の立場と信条の変化によりフラグを建てる機会は減ったが、一方で米国大統領やトールといった男性に認められたり、永きに渡って誰にも理解されずにいた魔神とまでフラグを立てるなど、その本質は変化していない。

カミやん病

クラスメートの土御門元春が命名。
上条に救われた相手にはフラグが立ち、そげぶされると更正され自身もフラグを乱立するようになるというもの。
いずれにしても実質上条の味方になる(例外もあり)ので一種の勢力とも言えるほど大規模。
さらにその大半は魔術サイド・科学サイドいずれかにおける実力者。
偽海原(エツァリ)がこれを上条勢力と通称する。

記憶喪失

旧約1巻の最後で上条はそれ以前のエピソード記憶を全て失ったが、周囲には隠し続けている。
それは彼が記憶喪失だと知ったインデックスが泣きそうになって咄嗟に演技をし、記憶を失っていないフリをした事が尾を引いているためである。
旧約22巻で自分の心と向き合い、「インデックスが自分から離れてしまう事を恐れていた」と認め、囚われたインデックスの意識体を前に記憶喪失を告げた。

また、新約11巻では本編開始前から食蜂操祈の事を思い出すための記憶の呼び出し経路が破壊されていたことが判明。要は、記憶の中の顔と名前が一致しないようなもの。会ったことは朧気に覚えてるが彼女がどんな顔で、声で、名前なのかを思い出せない（何度会っても離れたらすぐに忘れてしまう）。
記憶喪失以前の彼は自らを偽善使いと自称し、卑下する一面があったが、それは恐らく蜜蟻愛愉などの救えなかったヒロインがいた為と思われる。