学園都市のとある高校に通うレベル0（無能力）の平凡な（？）男子高校生。
父は上条刀夜、母は上条詩菜。

登場人物中1、2を争う屈指の人気キャラである。ファンらには「ウニ」などと評されるツンツンした黒の短髪が特徴なのだが、それは天然ではなく整髪料によるもの。ちなみに考え込む時の表情は母親似らしい。
レベル0ではあるが、それはただ学園都市の計測器が計測できないだけであり、超能力や魔術などの異能の力を無効化させる右手「幻想殺し(イマジンブレイカー)」という特殊能力を持っている。詳しくは該当項目参照。

電脳戦機バーチャロンとのコラボ外伝「とある魔術の電脳戦機」においては、テムジン使い。

人物

性格はドの付くほどお人よしかつ世話焼きであり、目の前で困っている人がいればどんなにハイリスクでも、それが敵対者であっても全力で救済しようとする。しかもどんなに害を被ったとしても決して見返りが求めず、全てを「不幸だ……」の一言で片づけるなど、その献身性はもはや異常の域に達する。彼は比較的温厚であり、出会い頭に年下からビリビリされようとインデックスに家中の食料を食べられようと不幸だで済ます。因みにあまり敬語を使う方ではないのでイギリスの王女様とかアメリカの大統領とタメ口で渡り合っている。

精神・メンタル

いろいろとおかしい。基本的に行動原理の優先順位が他人＞越えられない壁＞自分であり、オティヌスが手こずるレベルの強靭なメンタルを持ち、精神を折る事は大変難しい。特にオティヌス戦では無限ループの中で兆を超える年月を負け続けた（＋精神攻撃された）にも関わらず、発狂するどころか常に勝機を信じて積み上げるという悟りでも開けそうな経験をしている。一度は挫けたものの、総体の説得を経た後には彼の人格がブレることはなかった。さらにはオティヌスと和解したことで、今度は世界（今まで自分が守ってきたもの全て）を敵に回すなど、その精神的耐久度や献身性はもはや狂気を通り越して一種のカリスマにまで昇華されている。それゆえに男女問わずファンが多いはずである。

だがオティヌスによる救いようがなかった者も含め全てが救われた世界では、これまで見てきたものの積み重ねもあり、幸せそうに笑うインデックスがとどめとなってその世界を守るために死を決意するまでに追い詰められた。
これが唯一、上条の心が完全に挫けた場面である。そのあとでは人間らしい生の感情を爆発的に吐露している。そしてオティヌスによる無限地獄は一応トラウマになっているようで、ぶっちゃけ安心した。なってなかったらこの人は人間じゃないです。
勿論、最初からそこまでだったわけではなく、新約前半では精神的な方向性の危うさを露し、自分の意思で動くことが少なっていた。が、その後吹っ切れ、世の中の様々な異端を見てきたバードウェイを絶句させるレベルのメンタルになっている。

不幸体質

先天的に何らかのトラブルに巻き込まれやすい不幸体質で、「不幸だ……」が口癖。そのために荒事に巻き込まれることも多く、年齢に比して潜った修羅場は意外と多い。
幼少期には陰湿ないじめに遭い大人達からも疫病神と忌避され、命に関わるような出来事や見世物扱いされる事もあった。それを危惧した父・刀夜により、「迷信を信じない科学の街」である学園都市に送られた。現在でも不幸ではあるが、むしろ不幸の避雷針として級友達から重宝されたり、「不幸だからこそ、事件に巻き込まれてそこで苦しむ人を助ける機会に恵まれる」として自分の誇りとしている。

能力

レベル0ではあるが、それは学園都市の計測器が計測できないだけであり、超能力や魔術などの異能の力を無効化させる右手「幻想殺し(イマジンブレイカー)」という特殊能力を持っている。詳しくは該当項目参照。
ただし効果が適用されるのは右腕の手首から先だけであり、銃や通常兵器などには無力、常時発動する異能には効果がなかったり、異能の定義が曖昧だったり、あまりにも膨大な量を受けると処理が追いつかなくなるなどの欠点も多々ある。
だがそれでも異能の力に対しては『究極のアンチ』『切り札』と呼べるほど強力であり、理論上は神すらも打倒できることになる。最近ではそれ以外にも何かしらの超常的な力も見せつつある。

身体能力

肩書は普通の高校生ではあり、旧約3巻によると不良2人では勝てるか怪しいと説明されているが、正拳突き一撃でステイル=マグヌスを一回転させ、小柄なアニェーゼ=サンクティスに至ってはストレートパンチ一発で車にはねられたかのように吹っ飛ばすなど基本的な身体能力は常人よりは高い。→男女平等パンチ
普段から路地裏でスキルアウトや能力者との戦いが絶えないこともあって、それなりに鍛えられた体つきをしており、大変喧嘩慣れしている。
しかし近年では凡人の域を超えかけている節があり、度重なるトラブルから、否が応にもいろいろと"まとも"を超えた存在になりつつある。一方で何かと無茶をやらかすため、大怪我が絶えず、各章のエピローグを病院のベッドの上で迎えるのは、インデックスの一件以降ほぼお約束のパターンと化している。

中の人

ここで語る中の人は声優ではなく、彼の内に潜んでいた事が確認されている『謎の力』の事。
通称：中条さん。初出は旧約2巻、アウレオルス=イザードとの戦闘において、腕を切られた上条の腕から出て来た『竜王の顎』といわれる物だと思われる。
これはアウレオルスの能力『黄金練成』により生み出された存在と言われているが、上条自身は腕から生えるイメージに彼の能力は関係ないのかもしれないと疑問を抱いていた。

そして旧約禁書目録の最後を飾る第22巻。『神の右席』右方のフィアンマと対峙し、右腕を切断される。
フィアンマは上条に惑星一つを塵に変える程の力を放つ。が、上条の肩口から現れた『謎の力』がフィアンマの攻撃を切り払った。作者はこの時「見えない右手」と表現している。その際、フィアンマを怯ませる程の力が上条の肩口に集まっていた。
だが上条は力の現出を拒絶。上条の意思により現れた力が謎の力を食い潰し、その余波と共に右腕が再生。切断された腕からは徐々に幻想殺しが失われ、再生した右腕に再び力が宿った。
新約４巻でも魔神オティヌスに握り潰された右腕の切断面から謎の力が現れる。しかし・・・。
さらに新約14巻では、上里翔流の理想送りに幻想殺しが吹き飛ばされた後、上里をぼろ雑巾にしている。物理攻撃もできたんですね。
上条さんの中の人と言われる謎の力の正体に関しては、未だ不明である。

ちなみに外伝作品『とある科学の超電磁砲』10巻においても似たような現象が起きており、その際、8つの頭を持つドラゴン(ヤマタノオロチ?)という中の人の全身像らしき姿が確認されている。その時も右腕が取れているが、病院に行くまでも無く、いつのまにか直ぐに治っていた。

頭脳

進学レベルとしては凡庸な学校（とある高校）に通っており、そこでも赤点の常連となっていることからお世辞にも学力が高いとは言えない。月詠先生でさえ馬鹿と認めている。学園都市住民として平均的な科学知識は備えている。殊に史学に関しては伊能忠敬が何者なのかわからないレベルの学力ではあるが、理系なのかどうかは不明。
他方、とっさの際における判断力や機転には優れており、それまで全く知識のなかった魔術師に対しても戦う経験を積むに連れて相手の魔術を看破したり、工夫を凝らした戦術を編み出すに至っている。特に新約に入ってからはバードウェイを罠に引っ掛けたりサンジェルマンを論破するなど到底馬鹿とは思えない攻撃をとっている。ついでにアクロバイクの分厚いマニュアルを覚え、高レベルな動きを人を一人乗せた状態でやっている。

バカ設定どこ行った

対人関係

傍から見ると異常な数のフラグを立てまくることでも有名。
女性関係に関して本人は「出会いが欲しい」と言っているため、周囲の好意には全く気付かない朴念仁のように描かれるが、彼の理想の女性像とは包容力のある年上の女性らしい。本人曰く「寮の管理人のお姉さん」あたりがその象徴らしい。
実際、外見ロリながら年上で面倒見のいい月詠小萌や、彼との出会い以降割と素直に好意を口にしつつ献身的な面のある御坂妹には、彼の方からも好意を抱いている様子を窺うことが出来る。
なお物語序盤では上条が高校生らしく女性の肉体に反応するシーンはあるが、いつからか減り、サーシャの体をいやらしい気分も微塵もなく撫で回したり、イギリスで再会したオリアナに全く反応 しなくなっている。慣れって怖い。

新約以後は敵の立場と信条の変化によりフラグを建てる機会は減ったが、一方で米国大統領やトールといった男性に認められたり、永きに渡って誰にも理解されずにいた魔神とまでフラグを立てるなど、その本質は変化していない。

カミやん病

クラスメートの土御門元春が命名。
上条に救われた相手にはフラグが立ち、そげぶされると更正され自身もフラグを乱立するようになるというもの。
いずれにしても実質上条の味方になる(例外もあり)ので一種の勢力とも言えるほど大規模。
さらにその大半は魔術サイド・科学サイドいずれかにおける実力者。
偽海原(エツァリ)がこれを上条勢力と通称する。

記憶喪失

第一巻の最後で上条はそれ以前のエピソード記憶を全て失っているが、それを隠し続けた。それは彼が記憶喪失だと知ったインデックスが泣きそうになった時、咄嗟に演技をし、記憶を失っていないフリをしたため。
また、食蜂操祈の事を思い出すための記憶の呼び出し経路が破壊されている。ようは、記憶の中の顔と名前が一致しないようなもの。会ったことは覚えてるけれど、彼女がどんな顔で、声で、名前なのかを思い出せない。
記憶喪失以前の彼は自らを偽善使いと自称し、卑下する一面があった。それはおそらく蜜蟻愛愉などの救えなかったヒロインがいた為。