四天王とチャンピオンが揃う錚々たる顔ぶれとは裏腹に、元来は比較的ゆるい雰囲気の部である。チャンピオンが部長に就任する形式を採っているが、前チャンピオン・カキツバタが部長であった時は(仕事が面倒という理由もあれど)カキツバタと四天王を併せたメンバーの持ち回りで部長職を担当しており、部活後にみんなでアカマツの作った料理を食べるなどバトル外での交流も存在していた。

その経緯が故、本編中では現チャンピオンによる勝利至上主義に近い横暴かつ苛烈な方針と、従来の指針に沿って集まった部員とが噛み合わず軋轢が起きている。このため当のチャンピオンが来ない部室内も人が少ないが、本編クリア後は主人公がチャンピオンに就任したことでカキツバタ部長時代に近い空気・体制に戻り、四天王メンバーも再び顔を出すようになる。

ちなみに、カキツバタは悪人ではないがちゃらんぽらん気味・現チャンピオンは部室に来ない＆主人公との確執持ちでそもそも友好的に話せる空気ではなかったため、チャンピオンが部長に就任する事実を主人公は事後承諾で知るハメになった。

ゲーム上の恩恵

カキツバタとゼイユに案内されて部室に来た時点で仮入部ということになり、前述した部のユニフォーム(ランニングシャツ・短パン・スパッツ1式)が貰える。またカキツバタの説明を受けてからは、部室のパソコンが自由に使用できるようになる。

部室のパソコンから他の部活に資金援助ができ、援助のお礼として施設が充実していく。例として美術部への寄付で模様替えが、音楽部への寄付で室内BGM変更が可能になる。特筆すべきは科学部に寄付することで設置されるどうぐプリンターで、ランダム性こそあるがガンテツボールなどのレアボールをはじめとした希少アイテムの入手ルートになる。

また主人公個人が恩恵を得る援助もあり、写真部に寄付するとカメラやロックオン機能が拡張され、野球部に寄付するとバトル開始時や捕獲時にモンスターボールを投げる投球フォームの変更も行える。

特別講師

さらに本編クリア後は、パルデアで出会ったトレーナー達を特別講師として招待できる。

写真撮影ができる他、バトルに勝って交流することで限定のアイテムを入手できたり、パートナーリボン付きのポケモンを交換して貰える。パートナーリボンは交換元の親の名前が冠詞になる(例：コルサのキマワリ)ため、トレーナーに思い入れがあるなら大事に育ててあげよう。

なお、こちらが交換に出すポケモンは特別なポケモン（伝説・幻のポケモン・色違いポケモン）や親が自分以外のポケモンでなければ何でも構わないが、せっかくの機会なので、そのトレーナーのイメージに合ったポケモンやパートナーとして似合いそうなポケモンを送ってあげるのもまた一興であろう（中には、収めるボールや、証の種類、手に入れた場所にまで拘る猛者もいるとか…）。逆に言えば交換しないとその繰り返しになるため、これ以上の再戦ができなくなるため、特別講師とのポケモンの交換は避けて通れない道とも言える。

更に講師は最大2人まで同時に招待でき、本編では一部しか語られないジムリーダーや教師達の関係や会話を聞くことが可能。また一部の特別講師はブルべリーグ四天王とも会話が存在し、意外な交流を見ることができる。

また、本編でジムリーダーと再戦後にオモダカからされた最後の質問の「一番好きなジムリーダーは誰か？」について、プレイヤーが答えたジムリーダーから言及されるというサプライズがある。

ただし、配信当初は最後の3枠だけ誰なのか不明であった。

図鑑完成、学園の部活へのBP投資を全て終える、特別講師とのバトル及びポケモン交換、ブルベリーグ四天王とのポケモンバトル及びポケモン交換、スター団との特殊イベント、てらす池で発生する特殊イベント、ブルーベリー学園の裏番長を撃破しても判明しない徹底ぶりである。

後の2024年1月11日に配信された番外編にて、最後の3枠はネモ、ペパー、ボタンのパルデア組3名であることが判明した。同時にリーグ部員枠の方でスグリとゼイユも現れるようになるため、実質5人追加された形となる。

これによりプレイヤー達がずっと見たかったであろう

『パルデア組とキタカミ姉弟の交流の続き』を楽しむ事が出来る。

また、ボタンとペパーはアカデミー内を移動する際の教室の項目で記述されていた担任のタイム先生とセイジ先生との特殊会話も存在している（ネモはジニアが担任だが、ジニアとは特殊会話が存在せず、代わりにハッサクとキハダとの特殊会話が発生する）。

特別講師一覧

ジムリーダー

トレーナー名	初回バトル勝利報酬	交換できるポケモン
カエデ	ひでんあまスパイス3個	ミツハニー
コルサ	なげやりカバー	キマワリ
ナンジャモ	ドンナモンジャカバー	コイル
ハイダイ	ひでんからスパイス3個	ミガルーサ
アオキ	ひでんしおスパイス3個	ノココッチ
ライム	ゴーストスニーカー	ボチ
リップ	スターのみ	ヒラヒナ
グルーシャ	インドメタシン5個	アルクジラ

ポケモンリーグ

トレーナー名	初回バトル勝利報酬	交換できるポケモン
オモダカ	ビッグ4グローブ	キラーメ
チリ	とくせいパッチ	パルデアウパー
ポピー	ふしぎなアメ5個	アルクジラ

※ポピーからはナカヌチャンを貰ったという話もある。

パルデア教員

トレーナー名	初回バトル勝利報酬	交換できるポケモン
クラベル	ネルケメット	パモット
ジニア	ヘキサゴングラス	ゴクリン
レホール	すいせいのかけら	コレクレー
タイム	ひでんにがスパイス3個	イワンコ
セイジ	ポイントアップ5個	アローラニャース
キハダ	タウリン5個	アサナン
ハッサク	かんきわまりエモート	セゴール
サワロ	ひでんすぱスパイス3個	テブリム
ミモザ	でこピースエモート	ヒドイデ

ホームウェイ組

トレーナー名	初回バトル勝利報酬	交換できるポケモン
ネモ	きあいのタスキ	パルデアケンタロス
ペパー	サンドウィッチカバー(トマト)、サンドウィッチカバー(ベーコン)、サンドウィッチカバー(フルーツ)	ホシガリス
ボタン	ニコブイピック	イーブイ

ブルーベリー学園関係者

ブルーベリーリーグ四天王

トレーナー名	初回バトル勝利報酬	交換できるポケモン
アカマツ	メラメラピック	ブビィ
ネリネ	指ハートエモート	エアームド
タロ	ブルーベリーカバー(ホワイト)	ブルー
カキツバタ	ジャージセットアップ(ブラック×ゴールド)	ジュラルドン

キタカミ姉弟

トレーナー名	初回バトル勝利報酬	交換できるポケモン
ゼイユ	ジョークグラス(ヤバソチャ)	チャデス
スグリ	ブルーベリーカバー(ブラック)	カジッチュ

裏番長

トレーナー名	初回バトル勝利報酬	交換できるポケモン
シアノ	すいせいのかけら3個	シママ(色違い)

余談

本作にはジムリーダーや四天王との再戦が存在しないため、その代替として実装されたものと考えられる。
四天王もそうだが、ジムリーダーはゲーム内の写真機能で撮影できない（Switch本体のスクショ機能は可能だが、プロフィール画面には使えない）ため、「ジムリーダーの顔写真をアイコンに使いたい」「ジムリーダーとのツーショットをプロフィール画面に使いたい」と思っていた人の要望が叶うことになる（特にプレイヤーからの人気が高いナンジャモやアオキ、グルーシャ辺り）。
トレーナーの投球フォームは有名な野球選手のものを参考にしている場合が多いことが有志の検証の結果、判明している。「ゼロの秘宝」の配信された2023年はちょうど野球が国際的な盛り上がりを見せた年でもあるため、そのことが投球フォームが再びピックアップされたことに繋がったかもしれない。
模様替えの一つとなる『フューチャー』は、置かれているモニターにポケウッドの映画に出てくるUFOやメカバンギラスが投影されている。このことからも、イッシュ地方と関係が深いストーリーであることが窺える。
テラリウムドーム内にいるリーグ部の一般トレーナーは他の生徒に比べて手強い編成になっており（近づいた時の台詞の色が違う）、手持ちが4体以上、持ち物や技の構成も工夫が入れられている。
音楽プレーヤーで変更できる音楽には、パルデアのBGMの他、イベントでしか聴けなかったナンジャモの「ドンナモンジャTV」やヒウンシティ、コトブキムラのBGMを流すことも可能。
部屋の模様替えによって室内にいるリーグ部の一般部員やポケモンの種類も変化する。
パートナーリボンは藍の円盤以降、ふしぎなおくりものでも付与されている。