概要
フジテレビ系列局(ただし山陰中央テレビと沖縄テレビ除く)に加えて日本テレビ系列局・TBS系列局・テレビ朝日系列局いずれも各約1局ずつにおいて1990年1月6日から12月29日まで(ネット局によっては多少前後する)放送された。全46回(全92話)。
『元祖天才バカボン』以来13年ぶりのアニメ化となった本作は1987～88年にテレビ東京で行われた同作の再放送が高視聴率を獲得したことがきっかけで制作された。
監督はタイムボカンシリーズでお馴染みの笹川ひろし。この他にもタツノコアニメを手掛けたスタッフや、浦沢義雄など東映不思議コメディーシリーズに関わったスタッフがいくつか制作に携わっている。
アニメーション制作は東京ムービーからスタジオぴえろ(前番組である平成版おそ松くんを手掛けた)に変更。スタッフもおそ松くんと共通なのか、劇中音楽や効果音もほぼ同じものが使われている他、提供後に挿入されるエンドカードの口上(バカボンのパパがことわざや慣用句に対してツッコミを入れる)も存在する。
今作のバカボンのパパの声優は、1984年に死去した雨森雅司に代わって「鉄腕アトム」のヒゲオヤジ役でお馴染みの富田耕生が担当。アニメシリーズを除く以降のメディア作品では富田氏が引き続きパパの声を当てていて、2019年には平成天才バカボンのバカボン一家の声優による「ばかうけ」のCMが流れた。雨森バカボンがすぐ怒り出し天然で悪いことをする駄々っ子のようなキャラなのに対し、富田バカボンはズル賢くわざと悪いことをやるいたずらっ子のようなキャラとして描かれている。
歪んだ背景、突然の劇画、突然の緒方賢一など前作『元祖天才バカボン』を強く意識した内容だが、雰囲気は前作の下町情緒からバブリーに様変わり。バブル期フジらしくエロに寛容で陽気、下ネタや裸が前作以上に多いのが特徴である。
前作まででアニメ化したものを再アニメ化したものが非常に多いが、一部はかなり違うオチになっている。
レレレのおじさんは単独の声優を与えられず(千葉繁が本官さんと一人二役で担当)「お出かけですか～？」だけを言って去ることが多く、出番が少なくなっている。
前作ではアニメーターごとに作画が全く違うことが普通であったが、本作では安定している（ただしその分動きは減っている）。キャラデザは非常に特徴的で、鼻の下が長く短足、頭はカバに近い。
また、女性キャラクターはしばしば原作と全く違う当時のアニメの画調で描かれることがある。
ファミコンやゲームボーイにて『平成天才バカボン』という名称でNAMCOTからゲームソフトが発売されたため、pixivではゲームの内容を扱ったイラストも多い。
登場キャラクター
- バカボンのパパ（CV:富田耕生）
- バカボン（CV:林原めぐみ）
- バカボンのママ（CV:増山江威子）
- ハジメ（CV:坂本千夏）
- レレレのおじさん（CV:千葉繁）
- 本官さん（CV:千葉繁）
- ウナギイヌ（CV:田原アルノ）
主題歌
オープニングテーマ
「タリラリラーンロックンロール」
作詞・作曲・歌:嘉門達夫 編曲:工藤隆
エンディングテーマ
「その日は朝から夜だった」
作詞・作曲・歌:嘉門達夫 編曲:工藤隆
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