かつて「最強のイレギュラーハンター」と恐れられたシグマから発せられたコンピュータウイルスである「Σウイルス」に感染したレプリロイドが、人間に害をなす「イレギュラー」と化しイレギュラーと「Σウイルス」の蔓延により勃発した史上最悪の大戦争。
ゼロとエックスはイレギュラーハンターとして前線で活躍していた。
しかしもともとΣウイルスはゼロの持つ「ゼロウイルス」がシグマに感染し変異したものであるためゼロはΣウイルスの保菌者にも関わらず完全な抗体を持っていた。
（ゼロの残骸により生み出されたナイトメアウイルスにもゼロはダメージを受けるどころかむしろダメージの回復さえ可能としていた。）
これに着目した科学者（シエルの先祖）がゼロのレプリロイドの魂に相当する「サイバーエルフ」をベースに初期にして完全なるサイバーエルフ、「マザーエルフ」を開発した。
マザーエルフはΣウイルスの完全除去、電子頭脳の修復を可能とし戦争を終結させる切り札でもあった。
しかしこの方法では迅速な戦争終結は困難であり、再発がなくなるとも言い切れなかった。
この問題点を見出し、これを解決する方法を考え出した科学者がドクターバイルである。
バイルはマザーエルフを全てのレプリロイドを操る力を持つ「ダークエルフ」へと改造し、Σウイルスの完全抗体を持つゼロのボディから本来のゼロの人格である「オリジナルゼロ」の人格データを抜き取り、バイル自身が開発した凶暴で、破壊衝動のかたまりの新たな人格データ「メシア」を「オリジナルゼロ」のボディへと組み込んだ。これが後のオメガである。
オメガの圧倒的な戦闘能力に加え、ダークエルフのレプリロイドの操作により、イレギュラー同士を潰し合わせることでオメガ、ダークエルフ投入により長年かかると思われた戦争は４年程度で終結した。
しかし戦争の代償は決して小さいものでは無く、オメガの強すぎる力で人類は全体の６割を、レプリロイドは９割を失うという大惨事となった。
その後はエックスとオリジナルボディから移されたコピーボディで目覚めたゼロらによりオメガは倒され宇宙空間に追放された。
ゼロはその後、オメガの大量破壊を目の当たりにした当時の人間の政府にコピーボディのゼロも危険なのではないかと判断され、ゼロとゼロに関するデータをΣウイルス研究所に封印された。
エックスは戦後復興のため「人間とレプリロイドの理想郷」、ネオ・アルカディアを建国。
ネオ・アルカディア政府はオメガ、ダークエルフを開発し甚大な被害を及ぼしたドクターバイルを半レプリロイド化させる「不死の刑」を課しネオ・アルカディアから追放した。
ダークエルフは逃走しΣウイルスを撒き散らしながら１００年逃げ続けた。エックスは１００年もの間ダークエルフにより生み出された莫大な数のイレギュラーと戦い続けた。
ようやく捕まえたダークエルフは二つに分けられ、半身はネオ・アルカディア最奥部のユグドラシルに封印された。封印にはあらゆるウイルスに完全抗体を持つオリジナルエックスのボディがキーとなった。
オリジナルエックスの代わりにネオ・アルカディアの指揮をとらせるべくネオ・アルカディア幹部は当時まだ小さかったドクターシエルにコピーエックスを作らせた。
この後の話が「ロックマンゼロ」のストーリーに繋がる。
