ユニオンフラッグ
ユニオンが開発した可変MS、主なパイロットはグラハム・エーカーなど。
1期の時点ではガンダムを除いて世界最新鋭の機体であり、フラッグのパイロットは「フラッグファイター」と呼ばれる。
開発者はレイフ・エイフマン教授、性能実験の模擬戦のパイロットとしてグラハム・エーカーが選ばれた。
特徴としては空中変形が可能な所であるが、本来なら空気抵抗で失速し墜落してしまうはずなのだが、グラハム・エーカーが初めて登場した際にそれを逆手に取った空中変形を成功させてしまう。
それにちなんで空中変形のことをグラハム・スペシャル(グラハム・マニューバ)と呼ぶ、命名者はビリー・カタギリ。
しかしグラハム以外でグラハムスペシャルを行ったパイロットはその後すぐに撃墜されるなど、リスクが高い。
主武装はリニアライフルとソニックブレード、防御用の装備としてディフェンスロッドが搭載されている。
ちなみにグラハム機はパイロットの利き腕に合わせて装備が左右逆になっている。
グラハム専用ユニオンフラッグカスタム(カスタムフラッグ)
グラハム・エーカーがガンダムに対抗する為にエイフマン教授にチューンをしてもらった機体。
ビームコーティングによって色は黒で、新型のリニアライフルを搭載、プラズマジェットエンジン、羽根の拡張、機体の減量などが行われ通常の2倍以上のスピードが出せる。
また、耐Gリミッターも解除されている為に全速旋回時には12Gもの旋回Gがかかり、パイロットに高い負担を負わせる事になった。
後に「オーバーフラッグス」が結成されてからはオーバーフラッグ仕様のリニアライフルへ武装変更している。
オーバーフラッグ
カスタムフラッグと同様のカスタマイズを施され、新型リニアライフルを装備したユニオンフラッグ。
対ガンダム調査隊「オーバーフラッグス」は全てこれで編成されており、ユニオンのトップガンたちが搭乗したが、ジンクス登場後はグラハム以外の主要メンバーは全員こちらに乗り換えている。
また、グラハム機とは違い耐G装置のリミッターが儲けられている。
グラハム専用ユニオンフラッグカスタムII
通称：GNフラッグ
グラハム・エーカーの要求にビリー・カタギリが何とか答えた結果の機体。
３大国家郡に配られたジンクスの内の１機を解体し、そのGNドライブを搭載した。
しかし、突貫工事だったた上に本来搭載が想定されていないGNドライヴを搭載した為に機体バランスは大きく損なわれ、極めてピーキーな機体となった。
主装備はスローネアインから奪取したビームサーベルだけで、GNドライブを直結することで高出力のビーム刃を発生させる（その際は全身の小型ディフェンスロッドで姿勢制御を行う）。
また、最初からGNドライヴの搭載を想定して開発されたガンダムやジンクスと違い、GN粒子による慣性制御の恩恵を受けられない為、パイロットの身体に掛かる負担は改修前のカスタムフラッグと何ら変わらない。
ファーストシーズンの最終話の残り数分で登場し、ガンダムエクシアと死闘を繰り広げた。
ユニオンフラッグ陸戦型
「グランドパッケージ」と呼ばれる装備を施したユニオンフラッグの陸戦型。通称「シェルフラッグ」
陸戦能力に特化している為に変形機構は失われているものの、大型ディフェンスロッドや追加装甲などによって防御力は向上している。
また、搭載火器も通常のフラッグよりも豊富。
本編において三国合同軍事演習において参加した他、沖縄基地にも少数が配備されている。
ユニオンフラッグ オービットパッケージ
陸戦型の「グランドパッケージ」に対して宇宙型の「オービットパッケージ」を装備したユニオンフラッグ。
ファーストシーズンでは軌道エレベーターをバックにしたワンカットのみ登場。
セカンドシーズンではカタロンの戦力としてソレスタルビーイングとアロウズの戦闘に参加している。
また、このオービットパッケージをベースにコロニー建設用装備を施した「アストロワークフラッグ」やコロニー、アステロイドベルト哨戒用の「コロニーガードフラッグ」などが存在する。
マスラオ・スサノオ
ビリー・カタギリがミスターブシドーの要望に応じて開発した機体。
ユニオン陣営の技術とGNドライヴ搭載機の技術を融合させ、トランザムシステムを始めとした様々な機構を試験的に搭載している。
また、頭部にオーバーフラッグの頭部が隠されており、ダブルオーライザーとの決闘に敗れた折にこのフラッグフェイスが露出している。
イナクト
AEUの可変モビルスーツ。
機体構造はフラッグに酷似しているが、こちらはAEUが同陣営の可変MS「ヘリオン」をベースに将来的なビーム兵器の運用を見据えて開発した機体であり、フラッグとは単にネタ被りを起こしたに過ぎない。
また、軌道エレベーターの送電網の整備によって、AEU陣営内であれば理論上無期限稼動が可能なのが利点。
しかし、ユニオン側の人間であるグラハム・エーカーやビリー・カタギリからは「独創的なのはデザインだけ」「集音性と安全性は高い」と言われた挙句、初お披露目でガンダムエクシアに完膚なきまでに破壊されたため、正規軍のイナクトは大した戦果を挙げずに終わっている。
なお、フラッグ同様オービットパッケージも用意されている他、AEU独自のランドチャリオットやアグリッサといった強化パーツとのドッキングも可能。