確かに『踊る大捜査線』が始まった当初は実在しない部署であったのだが、『踊る』の人気を受けてか旧東京水上警察署を母体とし周辺7部署の管轄の一部を継承した新設警察署が警視庁による地元住民へのアンケートに基づき東京湾岸警察署と命名され、現在は実在の部署となっている。また、同署の開所式には室井慎次を演じた柳葉敏郎が一日署長に就任、青島俊作を演じた織田裕二は祝いのコメントを求められ、困惑の表情を浮かべることとなった。また、『踊る』の湾岸署初代署長神田総一郎役の北村総一郎は二度現実の東京湾岸署一日署長に就任している。
なお、その実在の東京湾岸署が『踊る』のロケ地なわけではないが、東京湾岸署開設を契機に製作が決定した『THE MOVIE 3』以降、『踊る』の湾岸署新庁舎外観として使われているビルは実在の東京湾岸署の隣に所在している。
新設の警察署であることから留置施設が充実しており、署の周りに住宅や店舗などが少ないロケーションである事から、(保釈時など)報道陣が殺到した際の周囲の混乱を抑えられるなどの理由で、芸能人の逮捕時の留置に用いられる事が多い。