平成時代の大量に行われた市町村合併。一般的には合併特例法の適用期間に行われたものを指す。
1999年の篠山市（現在の市名は丹波篠山市）から始まり、2010年3月の合併特例法期限までに行われた市町村合併が該当する。
合併のきっかけは財政難や人口減少など。そのため人口の多い地域では合併があまり進まなかった。合併協議がこじれて歪な形になったり巨大な飛び地が生まれたりしたところもあった。合併後の市町村名で合併が合併協議がこじれることも多かった。
平成の大合併前はだいたいJRの駅間で一駅違うと別の市町村なことが多く、1999年に3232（特別区を除く）あった市町村は1727までに減った。現在はさらに合併が進み1718まで減少している。すべての都道府県で1件以上の市町村合併があった。
市町村合併すれば合併特例債を発行できる、人口3万人以上で市になれる（通常は人口5万人以上で人口以外の要件も必要）などの特例が設けられた。人口70万人以上で政令指定都市になれるという特例もあったが、これは法律には記載されていない。そもそも政令指定都市の要件は法的には人口50万人だが、実際にははっきりした規定がなく80万人以上でないと指定されないと言われている。
主な出来事
- 長野県山口村は岐阜県恵那市と合併した。平成の大合併で唯一の越県合併で久しぶりの県境変更となった。
- 山梨県上九一色村は北部と南部が別々の自治体に編入された。平成の大合併で唯一の分割合併となった。
