概要
アニメ1期公開後、1期製作スタッフとは別のスタッフによってOVAが製作された。
アニメ制作はXEBECから、ガンジス、シャフトに移っている。
その後、OVAとほぼ同一のスタッフによって2006年10月から2007年3月までテレビアニメとして公開された。テレビ東京系列で放送されたのでパンチラの描写は全く無い。このアニメをもとにした漫画である「ネギま!?neo」が存在し、向こうは原作を多少ながら意識していて、もちろんのことながらパンチラなどもある。
あくまで原作を多少ながら踏襲していた第1期と違い、今作は完全なオリジナルストーリーになっておりストーリー変更はおろか、中には性格が明らかに別人となってしまったキャラもおり一部の原作ファンからは黒歴史扱いされることもある。実写ドラマ?なにそれ、おいしいの?
ストーリー中盤でネギ+クラス31人+高畑+モツ+シチミ+ネカネがスタークリスタルによって幻想世界に閉じ込められ、半ば自給自足の生活を送ることとなる。
そのせいか原作で出番があまり無い生徒もよく登場する。