ストーリー
遠い昔、ルミナスという種族が放浪の果てに惑星エーテルを発見し定住した。ルミナスたちは繁栄の時代を築いてきたが、やがて惑星のエネルギーが枯渇している事を知り、この危機を乗り越えるため、惑星内部のエネルギーを吸い上げ地表全体に供給する3つのエネルギー制御装置を開発。それらをルミナス大聖堂とリンクさせることで惑星消滅の危機を乗り越え再び平和と繁栄の時代を迎えた。
しかしエーテルに突然落下した巨大隕石により、その平和は終焉を迎える事になる。隕石の爆発と衝撃は次元を歪め、もう一つのエーテル「ダークエーテル」を作り出してしまう。ダークエーテルからは凶暴な闇の種族「イング」が現れ、イングは次々とライトエーテルの生物にスナッチ(憑依)し、これによりルミナス達に襲い掛かった。
スナッチによってライトエーテルでの戦闘を可能とするイングとは逆に、ルミナスたちは瘴気が渦巻くダークエーテルでは長く活動できず、次第に追い詰められていく。しかし追い詰められたルミナスたちはエネルギー転送モジュールにより一方のエーテルに存在するエネルギーをもう一方のエーテルに集めれば、エネルギーを失ったエーテルを消滅させられる事に気がつく。
しかしその計画は失敗に終わり、エネルギー転送モジュールをイングに奪われ、逆にこの奪われた転送モジュールによりライトエーテルとルミナスが消滅の危機に瀕する事態へと陥ってしまった。
同時期、惑星の外ではスペースパイレーツを追っていた銀河連邦ブラボー中隊が惑星エーテルにて消息を絶つという事件が報告される。その8日後、銀河連邦は消息を絶ったブラボー中隊捜索のため、サムス・アランを惑星エーテルに派遣する。エーテルを訪れたサムスの前に現れたのはイングの群れ、そしてターロンIVで瀕死に追いやったメトロイドプライムの生まれ変わり、ダークサムスだった。
新たな敵
本作ではダークエーテル誕生によって誕生したイングに加え、サムスに酷似した敵ダークサムスが登場する。基本的にイングとの戦いが主体となる本作でダークサムスはエーテルの存亡に無関係な存在であるものの、サムスの行く先々で戦うことになり、本作の最後では崩壊する世界の中でサムス・アランとの一騎打ちを迎えることになる。