概要
ロックマンエグゼ3のラスボス。
現在のネットワークの基盤として制作された、インターネットのプロトタイプ。
しかしバグに感染した事が原因で『自我』が芽生えてしまい、ウイルスやネットナビを無差別に捕食して無尽蔵に成長していくという『プロトの反乱』を引き起こした。
また、この事件で犯人ではないかと科学省に疑われたのがフォルテであり、彼の胸の傷及び彼が人間を憎むようになったきっかけとなっている。
事件はプロトがインターネットを食い尽くした隙を付いた科学省により解決され、ガーディアンと呼ばれる防御プログラムにより封印が施された。
この封印が解かれた際には、インターネットを丸ごと凍結できるという『ギガフリーズ』なるプログラムが有効とされているが、その凶悪さから通常のネット回線から隔離された空間が設けられ、厳重に保管されていた。それこそが後のウラインターネットである。
作中ではWWWによって外部に持ち出されてしまい、更にワイリーに利用されたフォルテがガーディアンを破壊した事で復活。ロックマンの前に立ちはだかる。
初期型インターネットという設定から、戦闘時の登場シーンは初代ロックマンエグゼにおける敵キャラの出現と同じになっており、プロトと戦える電脳世界の名前もまた『プロト』と呼ばれている。
戦闘時は両腕『プロトアーム』を前方&ロックマンの頭上へ発射したり、両肩からバルカンを発射する戦法を多用する。
また体力が減ってくると、画面端で大爆発する『オメガロケット』を繰り出してくる。
弱点は胴体中心のコアだが、このコアは時間と共に再生する膜に覆われており、これを剥がさなければダメージを与えられない。
更にプロトの立っている場所は巨大な空洞になっている為、パネル変化系の技も一切無効である。
シリーズ恒例のエンブレムコンプリート時は、強化版『プロトSP』が登場。ロックマンの立つエリアを侵食し、パネルを毒沼などに変えてくる戦術が追加される。
このSPを倒すとプロトを召喚できるチップ『プロトアームΣ』『プロトアームΩ』を入手可能。
ちなみに本体は登場しないが、後作『ロックマンエグゼ5』でもプロトのチップ『オメガロケット』を手に入れる事が出来る。