ゲームボーイアドバンス発売に合わせて登場した、ロックマンシリーズ派生作品のひとつ。
本家とは登場キャラクターや世界観、設定が異なっている。
ロックマンシリーズではロボット工学が発展しているのに対し、
『ロックマンエグゼ』の世界ではネットワーク工学が発達している。

本家ロックマン～ロックマンDASHまでのキャラクターが設定を変えて登場する。(ただし、時系列はつながらない。)

時系列的に続編となるのが、流星のロックマンシリーズである。

ストーリー

コンピューターネットワークが高度に発達し、ネットワークがあらゆる電子機器に利用されるようになった社会。
人々は「PET」と呼ばれる携帯端末をもち、PETに入っている擬似人格プログラム「ネットナビ」のおかげで、専門知識を持たずして数々のネットワークの恩恵を得られるようになっていた。
暮らしが便利になる一方で、増え続けるネットワーク犯罪は深刻な社会問題となっているのであった。

主人公、秋原町に住む小学生の光熱斗は、相棒のネットナビロックマンEXEとともに、身の回りで起きる事件を解決していく。

シリーズ

シリーズは『ロックマンエグゼ6』で完結している。
『ロックマンエグゼ4』からは『ボクらの太陽』シリーズとコラボレーションしている。
ジャンゴらが登場するほか、「ガンデルソル」といった特製のバトルチップも入手できる。

バトルネットワークロックマンエグゼ
バトルネットワークロックマンエグゼ2
バトルネットワークロックマンエグゼ3
ロックマンエグゼ4 トーナメントレッドサン / ブルームーン
ロックマンエグゼ5 チームオブブルース / チームオブカーネル
ロックマンエグゼ5DS ツインリーダーズ
ロックマンエグゼ6 電脳獣グレイガ / ファルザー

番外編

『オペレートシューティングスター』は、『流星のロックマン』とコラボレーションした、
『ロックマンエグゼ1』のリメイク作である。

ロックマンエグゼ4.5 リアルオペレーション
ロックマンエグゼトランスミッション
ロックマンエグゼバトルチップGP
ロックマンエグゼ N1バトル
ロックマンエグゼファントムオブネットワーク
ロックマンエグゼレジェンドオブネットワーク
ロックマンエグゼバトルチップスタジアム
ロックマンエグゼWS
ロックマンエグゼオペレートシューティングスター

登場人物（所属は基本的に原作初登場作品基準）

メインキャラクター

その他のキャラクター

WWW

Dr.ワイリー

初代

2代目

3代目

ネットマフィア『ゴスペル』

ダークチップシンジケート『ネビュラ』

市民ネットバトラー

トーナメント参加者

チームオブブルース/カーネル

才葉学園の非常勤講師

無所属のナビ

その他のキャラクター

トランスミッションのキャラクター

アニメオリジナル

余談

時系列については本家ロックマン～ロックマンDASHまでのキャラクターが設定を変えて登場するが本家シリーズと時系列は繋がらない理由としては…

ロボット工学よりインターネットが発達している。
ライト博士は本家と異なり日本人かつ専門がロボット工学ではなく、子孫が存在する。
ワイリーが最後に理解者を得て、悪事から完全に足を洗う。
初代と同じく21世紀の話ではあるが、ゼロやカーネルなどのXシリーズのキャラクターといった初代の時代にはいないはずのキャラクターがすでに存在している。（ゼロはちょっと事情が違うが。）
バレルやシュー、ヤイトといったキャラクターがデコイではなく、原典でいうオリジナルの人間。
原典のアクションシリーズと異なり、人類と機械が上手く共存する人類生存ルート。

などが挙げられる。

ロックマンゼロ3のリマスタートラックテロスのミニドラマによると21世紀初頭にロックマンエグゼ4らしきソフト（どちらも互いにタイアップしている作品である。）が発売されていたり、ZX時点では人形がUFOキャッチャーの景品として存在することから、初代ルートの世界観ではエグゼシリーズはフィクションの存在だと思われる。
ただ、ゼロ3ではエグゼ4と連動させることでエグゼのウィルスが現れ、上記の説に矛盾が生じるが、隠将ファントムがあらゆるデータがサイバー空間に流れ着くと発言しているので恐らく平行世界のデータも流れ着くのだろう。補足しておくとX7にはコンピューターシステムを使って平行世界の事を知り得たボスもいるうえにエグゼのアニメ第4期では何らかの拍子でパラレルワールドと繋がることが分かっている。