基本的にギガクラスチップ並みの効果があるので決まれば一気に形勢逆転可能ではあるが、使用時にチップを複数枚消費する上に狙おうとするとフォルダの回転率が悪くなりやすく、外した時のリスクも高い(チップを複数枚消費するため、外したターンをチップ無しか少ないチップでやり過ごす必要がある)ので対戦や強敵戦では注意が必要である。エグゼ5からは同じプログラムアドバンスは1バトルにつき1回のみ使用可能となったため、より吟味の必要性が出てきている。

加えて、エグゼ5からはココロウィンドウの状態が「怒り」になる条件に、一度に300以上のダメージを食らうと言うものがあるため、通信対戦ではトドメを刺せなければ手痛い反撃をもらう可能性もある。

なお、シリーズによっては文字通り一撃必殺(威力はなんと驚異の3000×2)のものもある。

(詳しくは後述)

流星のロックマン3にも似たようなものでギャラクシーアドバンスというものがある。

こちらは合成技と言えるプログラムアドバンスとは方向性が異なり、メガ・ギガカードの強化版と言った感じのものである。

プログラムアドバンスの例

ここでは主に対戦で人気だったプログラムアドバンスや著名なものを取り上げる。

エグゼ1

初代は処女作ということもあり、見た目的にも性能的にも試験的に作られたPAが少なくない。

特にベータ系やシグマ系のPA（組み合わせたチップを規定回数使える）は本作のみでの登場である。

ダブルヒーロー

ロックマンとブルースによる連携攻撃。

詳細は該当項目参照。

ガッツシュート

メットガード+ダッシュアタック+ガッツマン系の組み合わせで発動する初心者向きのPA。

ガッツマンがロックマンをロケットよろしく発射する技で、某実況プレイヤーが愛用していた事から「嫁グラムアドバンス」とも呼ばれる。

ライフセーバー

バリア+アクアオーラ+ロール系の組み合わせで発動。

HP全快に加え、30秒のインビジブルを与える。

当時のインビジブルには対抗手段がほぼほぼないため、実質無敵という反則的性能である。

2から3ではホーリーパネル+リカバリー300+ロール(V2orV3)の組み合わせで発動する「ビッグハート」が登場しているが、こちらはメガクラスチップのロールの強化版である。

パワードキャノン

ショットガン+クロスガン+スプレッドガン+メガキャノンの組み合わせで発動するPA。

チップが4枚必要、かつ組み合わせがユニークではあるが実際のところは威力200のスプレッドガンなので、費用対効果自体がとりわけ高いものではない。

むしろ、個別に使って当てた方が10程度だが威力が高い。

…が、使用時に巨大なキャノン砲を展開するためとにかく見た目がかっこいい。これに尽きる。

のちの作品では後述のハイパーバーストに演出を取られてしまった

エグゼ2

ドリームソードやギガカウントボムなど、シリーズでおなじみのPAが初登場。

ドリームソード

前方広範囲をぶった斬る巨大なソードで攻撃する。

詳細は該当項目参照。

ハイパーバースト

主にスプレッドガンを三枚揃える事で発動する無属性のPA。

威力の高い弾丸を発射し、命中すると着弾点及びその周囲1マスを連続攻撃するというシンプルな効果を持つ。

アニメ版では突起が複数伸びたスプレットガンからビームを放つ技として表現された。

2ではスプレッドガン5枚で強化版の「メガデスバースト」が登場。プリズムとのコンボで威力を上げることが可能。

交互に攻撃する周囲1マスと異なり、着弾点は毎回攻撃するため、周囲よりも攻撃回数が多いのだが、仰け反り効果がないため、敵が誘爆の少ないマスへ移動することもできるという欠点があった。5以降には麻痺効果が加わっており、その欠点は解消された。

ポイズンファラオ

毒で相手のHPを削るポイズンアヌビスの上位互換で、初登場の2ではポイズンマスク+ポイズンフェイス+ポイズンアヌビスの組み合わせで発動。

紫色のファラオマン像を相手フィールドに設置し、毒気でHPを削っていく。エリアスチールでエリアを全て奪われた状態でこれを使われるとほぼ打つ手がない。一応は自分の周囲をブレイク性能持ちの鉄球で攻撃してくれるナイトマンやポルターガイストで破壊できるものの、フォルダに入れるのは現実的ではないので、全国のプレイヤーが泣きを見たPAの一つに挙げられる。

流星のロックマンではギガクラスカードとして登場しているが、破壊は容易になっている。

ダークメシア

上記の3000×2ダメージの一撃必殺技がこれ。フォルテV3+ナビスカウト+ゴスペル系チップの組み合わせで発動する。

エグゼ2のロックマンの最大HPは1000が限界であり、更にこのプログラムアドバンスはガードブレイク、対ユカシタ性能持ちであり、2回攻撃のためバリアも意味をなさないので、インビジブル等で無敵になるしか対処法はない。そのかわりチップの入手難易度は非常に高く、現在の実機版ではゴスペル系チップは配信終了済のチップなのて通常プレイでは発動できない。(バーチャルコンソール版及びアドバンスドコレクションでは大分マシになっている。とはいえ、隠しダンジョン最深部にあるナビスカウトが必須だが)。

6にも登場したが、威力が大幅に下げられた。

4では「ダークメシアネオ」という別バージョンが登場しており、ダメージも抑えめとなっているが、それでも合計1000という凄まじいダメージを与える事が可能である…が、悪状態専用なので使い所が非常に限られる。

ボディガード

初登場作品ではテンジョウウラ+カワリミ+シャドーマン系で発動。

上空から敵に向かって大量の手裏剣が投げつけられる。

さらに、2ではフルカスタムと上記のチップを合計5セットガン積みできる仕様だったので、手裏剣攻撃を重ねがけすることも可能だった。

2と3では合計1800ダメージを与える事が出来た。

攻撃を回避して手裏剣攻撃をするカワリミと異なり、発動させると即座に攻撃が始まっていた。6ではカワリミと同じ発動条件となり、正真正銘カワリミの上位互換となった。

ゲートマジック

トップウ+スイコミ+ゲートマン（V2orV3)の組み合わせで発動。

詳細は該当項目参照。

エグゼ3

チップ投入制限及びチップのクラス分けが刷新。

オメガ系などの一度にチップを5枚使うPAはなくなっている。

エレメントソード

フレイムソード+アクアソード+エレキソード+バンブーソードの組み合わせで発動。

縦一列を４属性の剣で4回ずつ切り裂く。

属性持ちのボス戦では重要な切り札となりうる強力なプログラムアドバンスである。

…が、範囲がワイドソードなどと同等の狭さな上、同作のバリアブルソードにはＡを押しながらＢ+Ｂ+←+↓+↑とコマンド入力すると4属性のソニックブームを発生させて遠くの敵に攻撃できる「エレメントソニック」があるので非常に影が薄くなってしまっている。

もっとも、エレメントソニックのコマンドは非常に難易度が高いのでコマンド入力が苦手であればこのプログラムアドバンスを使用するという選択肢も考えてもよい。

グランプリパワー

ブラザーフッド1+2+ミストマンorボウルマンorキングマンいずれかのV5(ギガクラス)の組み合わせで発動。

公募ナビが威力300の攻撃を3回繰り出す技で全て命中すれば威力は900にもなる。

エグゼ4では特別配信チップとして同名のチップが登場。公募ナビであるビデオマンとレーザーマン、ケンドーマンによる攻撃を行う。

マスタースタイル

サラマンダー+ダイフンスイ+サンダーボルト+ガイアブレードの組み合わせで発動。

ロックマンの各スタイルが登場し、ソード、パンチ、キックの連続攻撃を浴びせて締めにエリア全体を爆発させる。

単体の敵には900ダメージ、ウイルス3体には300ダメージが入る。

6ではファイアパンチ３+アクアニードル３+エレキパルス３+リスキーハニー３の組み合わせで発動する「マスタークロス」が登場。こちらはクロスチェンジしたロックマンのコンボ技となっている。なお、こちらはバージョンによって性能や属性が異なるのが特徴である。

レイニングゼリー

スチールゼリー系3つの組み合わせで発動。

スチールゼリー(威力150)を2セットに渡って発動するPAで、エリアスチールとは異なり、与えるダメージ量も奪えるエリアも段違いである。水属性な為、炎属性の相手には有効打となる。

マザーズクエイク

ストーンキューブ2つとゴッドストーンの組み合わせで発動。

1発200ダメージの瓦礫を相手陣にランダムで20回落とす。

このシリーズではエリアスチールで相手陣をギリギリまで奪い取れる為、残り1マスに追い込んでから放つと威力は4000になる。相手は死ぬ。尤も、これは事が上手く運べば話であり、普通に撃ってもそこそこのダメージしか期待できない。

エグゼ4

ゼータ系のPAが全削除。また善悪度により使用できなくなるものもあるので要注意。

なお、本作ではバージョンごとに登場するナビの違いからか、ナビチップを使用したPAは存在しない（例外あり）。

ギガキャノン

キャノン系を3つ組み合わせて発動。グレードが3つ存在する為、各グレードに合わせたナンバリングを揃える必要がある。

威力の高いキャノンを発射し、敵を最後列にまで後退させる性能を持つ。

さらに最終作の6では、敵や障害物に直接当たらなくても最後列で着弾する、着弾点の周り1マスに誘爆するなど、強化されたスプレッドガンという仕様になっている。

アニメではハイパーバーストと並んでロックマンの使用するPAとして活躍していた。

ジゴクホッケー

エアホッケー系を3枚組み合わせて発動。ギガキャノン同様にグレードが3つ存在し、発動条件も同様。

ブレイク性能を持つエアホッケーを放つ。エアホッケー同様に放つ場所によって軌道が変わるが、斜め3列の中心に敵がいれば凄まじいダメージを与える事ができ、「4」の3は合計1800という数値を叩き出す為、「合法ダークチップ」の異名を取る。

しかし、穴パネルがあると落ちて不発になったり、ラスボス戦では全く役に立たないなどの弱点が山積みであり、上級者向きのPAだと言える。

パイルドライバー

初登場の4ではガンデルソル系を3つ組み合わせて発動。「ボクらの太陽」とのコラボ技となる。

ブレイク性能と対インビジブル効果を持つ熱線を放つPAだが、相手が最後列にいると発射装置が1台無くなり、威力が低くなってしまう弱点を持つ。更に悪状態だと使用不可能。

5では発動にガンデルソル3が2枚とジャンゴ(SP/DS)が必要。威力も弱体化しているものの、善悪度に関係なく使用できるようになった。

6ではパイルドライバーの代わりにジャンゴ+ジャンゴV2+ジャンゴV3で発動するクロスオーバーが登場。メガクラスチップ3枚というかなりハイコストな組み合わせだが、なんと威力は920もある。

エグゼ5

ナビチップを使用するPAが復活。ただし前作同様チームメンバー関係のPAは無し。

下記のビッグノイズがかの悪名高いABD戦法で乱発されたとかどうとか…。

ムゲンバルカン

バルカン系を3つ組み合わせて発動。ギガキャノン同(ry

連射回数はグレードによって異なるが、最低でも20回以上は下らない…とここまで言えば魅力的だが、怯まない相手に対しては単なる弱攻撃にしかならない。5ではナンバーカオスと組み合わせて使われたが使用率は低め。アニメではサーチマンの切り札として活躍した。

ビッグノイズ

パルスビーム3×2+シェードマン(SP/DS)の組み合わせで発動。

最大10マスにシェードマンが攻撃力400の対インビジ+麻痺効果を持つ超音波を放つ。

シンプルに強い効果を持つ上に汎用性が高いのが強み。

6ではエレキパルス1+2+3の組み合わせで発動する「デストロイパルス」が登場。こちらは元のチップ同様に暗転せずに使用する。範囲が狭まった代わりに障害物を貫通し、対インビジかつマヒ+盲目+HPバグを付与（これらの状態異常はステータスガードを貫通する）と性能が強化された。更に電気属性なので水属性相手ならダメージ2倍。