概要
カプコンから発売されたゲームボーイアドバンス専用のデータアクションRPG。2001年12月14日に発売。
ストーリー
ネット犯罪組織『WWW』（ワールドスリー）の事件から3ヵ月。学校は夏休みに入り、熱斗たちは楽しい夏休み生活を送っていた。
しかし、その一方で世界各国ではネットワークが次々に破壊されるという事件が発生していた。
WWWは壊滅したはずである。一体誰が…
新システム
スタイルチェンジ
ロックマンを強化する『スタイルチェンジ』が導入された。
マップ名表示
メニュー画面を開くと、現在どこにいるのかが表示されるようになった。現実世界なら現実世界の場所名、電脳世界ならば「〜エリア」「〜の電脳」と言った表示が出る。
これによって、前作での問題点であった迷路ともいえる電脳世界で自分の現在地が簡単に把握できるようになった。
サブチップ
戦闘中に使うバトルチップとは異なり、電脳世界の移動中に使うチップ。現実世界で使うことはできない。各サブチップの名称と効果は以下の通り。この関係で、ロックマンのHPが戦闘後自動的に回復しなくなっている。詳しくは戦闘システムの変更点を参照。
ミニエネルギー
HPを50回復する。
フルエネルギー
HPを最大まで回復する。
シノビダッシュ
しばらくの間、弱いウイルスと出遭わなくなる。
アントラップ
あらかじめ使っておくと、ミステリーデータにウイルスが潜んでいた場合、それをウイルスバスティング無しで自動的にデリートする。
オープンロック
セキュリティのかかったミステリーデータを解析する。
エネミーサーチ
使うと、直前に遭遇したウイルスに再び出遭いやすくなる。
このサブチップによる不具合が報告されている。バグの欄を参照。
レギュラーチップ
新システム。事前に指定しておくことで、特定のチップ1枚を戦闘開始直後に必ずカスタム画面で選べるようになった。レギュラーチップを何にするかで、戦略は変わってくる。各チップにはレギュラー容量（単位はMB）が設定されており、その容量がフォルダのレギュラー容量以下でないと、レギュラーチップに指定できない。
例えば、レギュラー容量が55MBのチップをレギュラー容量が45MBしかないフォルダのレギュラーチップに指定することはできない。
レギュラー容量の上限は強化チップ「レギュラーUP」で増やすことができる。それでも最大50MBなので、それ以上のレギュラー容量を持つチップは指定できない。強力なチップほどレギュラー容量が高い。
PAメモ
データライブラリに追加された新項目。発動したプログラムアドバンス（PA）がここに自動的に記録される。戦闘中以外はいつでも見ることができるので、組み合わせを確認するのに重宝する。
特殊パネル
前作の足場はたとえ模様は違っても普通のパネルしかなかった。それに対し今作では、ノーマルパネルの模様は統一されたものの、特殊な効果を持つパネルが追加された。
パネルの効果は敵味方にかかわらず受ける。しかし、飛んで（浮いて）いる敵には無効。
マグネットパネル
このパネルの上下1マス以内に立つと、このパネルの上に引き寄せられる。ただし、このパネル同士が上下に並ぶと、効果を打ち消しあって引き寄せられなくなる。木属性の攻撃でノーマルパネルに戻る。
マグマパネル
このパネル上に乗ると50ダメージを受け、ノーマルパネルに戻る。ロックマンが炎属性（ヒートスタイル）の場合は、上に乗ってもダメージを受けない。水属性の攻撃でノーマルパネルに戻る。
アイスパネル
このパネルの上に乗ると滑ってしまい、端に行くまで止まらない。この上で電気属性の攻撃を受けた場合、ダメージが2倍になる。電気属性の攻撃でもノーマルパネルに戻らない。
クサムラパネル
木属性（ウッドスタイル）のキャラクターはHPが徐々に回復する。この上で炎属性の攻撃を受けると、ダメージが2倍になる。炎属性の攻撃でノーマルパネルに戻る。
ホーリーパネル
この上で攻撃を受けると、ダメージが半減する。
毒沼パネル
この上に乗っている間、徐々にHPが減り続ける。インビジブル、オーラでも防げない。
レトロチップトレーダー
前作エグゼ1と通信することで、ゲーム終盤でしか入手できないレアチップが入手可能になる。
ただし、1度使うと壊れて使えなくなる。このトレーダーは全部で4つある。
戦闘システムの変更点
これらの変更点はすべて以降のシリーズにも受け継がれている。
- チップ選択欄にチップコードが表示されるようになった。プログラムアドバンスの成功率が格段に上昇している。
- カスタム画面でLボタンを押すことで逃走できるようになった。本作では、前作のエスケープのバトルチップも存在するため、100％確実に逃走する事も可能だった。後のシリーズではエスケープのバトルチップが廃止されるため、二つの逃走方法があるのは本作のみとなる。
- ADDシステムの仕様変更。エグゼ1ではADDボタンを押すことで1ターンチップ無しでのバトルを強いられる代わり、次にカスタム画面を開くとチップ選択欄に5枚のチップが追加されていた。エグゼ2からADDボタンを押す前に捨てるチップを選び、次にカスタム画面を開くと捨てた枚数分だけ選択欄にチップが追加されるようになった。この仕様は次回作エグゼ3まで使われた。
- 戦闘終了後のHP回復が廃止された。新要素「サブチップ」の存在が重要となる。
- なお、HPが一定割合以下の場合はリザルト画面でその場でHPを回復できる「エネルギーボール」を入手できることがあるように。
- 暗転攻撃の仕様が変更された。
その他変更点
- 今作以降チップトレーダーを1度使うと自動的にセーブされるようになった。これにより欲しいバトルチップが出なかったらセーブしないでゲーム機本体の電源切ってやり直しという不正行為ができなくなった。
