前作、前前作で導入されていたスタイルチェンジシステムに変わり、
ソウルユニゾンが導入され、戦闘中にはココロウィンドウが表示されるようになった。
「ボクらの太陽」シリーズからおてんこさまとジャンゴがゲスト出演し、以降完結作まで登場する。
また、ロックマンゼロ3とも連動しており、通信するとバトルチップ「Zセイバー」が手に入れられる。
キャラクターなどの詳細は⇒ロックマンエグゼを参照。
ストーリー
WWW（ワールドスリー）との戦いから5ヶ月。
プロトに取り込まれて行方不明になっていたロックマンは無事に帰還し、光熱斗は6年生となった。
科学省の「ウィルス研究室」の尽力により、召喚したウィルスとネットナビがより長くネットバトルで共闘できる技術が広まった。
そんなある日小惑星が地球に衝突し、地球に甚大な被害を及ぼそうとしていた。世界中から科学者達が招集される事が決定された中、世界でも有名な科学者である熱斗の父・裕一郎は久しぶりに息子達と買い物に出掛けていた…。
本作の特色
前述の通り、本作から「ソウルユニゾン」が導入され、シリーズ初の「周回制」が設けられたことで一度クリアしてもフォルダーを引き継いで最初から始めることができる。
しかし、同時に周回するたびに敵が強くなるという問題点と同じシナリオを何度も繰り返すと言うことで一部のプレイヤーから不評を買っている(この影響で本作のラスボスはシリーズ最強とまで言われている)。
また、ダークチップも今作から導入され、ロックマンのココロウィンドウが不安定になると自動で出現する。
バグ
公式が正式に認めていないものの本作は、小さなものから大きなものまでバグが数多く発見されている(中にはデータが消えるものも確認されている)。
例をいくつか挙げると
・シェードマンSPをダークチップで倒す⇒本来のコードがXなのにSとなって入手できない
・DSでプレイする⇒「アクアマン」や「ガッツマン」の系統のチップを使うときに、動作が重くなる。また、ウッドマンとのイベント時にフリーズしたりする。
などが存在する。
余談
- 本作では新たな組織「ネビュラ」の名が上がるが構成員であるダークロイドはシェードマンしか登場しない(但し、リーガルのナビであるレーザーマンに関しては立場的にはダークロイドと言えるかもしれない)。
- 前作と比べて不評な面が多い本作だが所々に散りばめられている個別のエピソードは良作なものもある。
- ストーリー上のトーナメント戦で組み合わせ次第ではこれまで戦ったことがないロールと戦うことができる。それに反してグライドとは一度も戦闘することはなく、本作を含めシリーズで一度も戦わないナビとなってしまった。
